biomedgpt_r1.ipynb示例代码执行失败的问题请教 #99
Description
尊敬的作者您好，@youngking0727
我是苏州某高校的一名学生，在试用BioMedGPT-R1的时候遇到一些问题，特来寻求帮助和指导。
我下载了docker环境，merge后的BioMedGPT-R1文件也放在了docker里面checkpoints文件夹下面，系统坏境是ubuntu server20.04，6卡4090GPU，
然后在执行biomedgpt_r1.ipynb示例代码的时候遇到了问题，如下图：
为了检查jupyter代码执行情况，我加了一些“断点”：
第一个cell能正常执行，但是第二个cell执行的时候遇到了问题，
agent = BioMedGPTR14Chat.from_pretrained("./checkpoints/biomedgpt-r1", "cuda:4")这行代码执行后貌似代码就down了，
然后大概在4分钟后就出现了弹出框“Kernel Restarting The kernel for Untitled.ipynb appears to have died. It will restart automatically.”。
其他地方也没有报错，代码如下：
import os
os.chdir("/app")
import logging
print("point 0")
#logging.basicConfig(level=logging.ERROR)
from open_biomed.models.foundation_models.biomedgpt import BioMedGPTR14Chat
from open_biomed.data import Molecule, Protein, Text
# 初始化 agent（以 BiomedGPT 为例）
print("point 1")
agent = BioMedGPTR14Chat.from_pretrained("./checkpoints/biomedgpt-r1", device="cuda:4") # 也可以使用 cpu
print("point 2")
# 测试文本输入
answer = agent.chat(Text.from_str("What is the mechanism of action of aspirin?"))
print("point 3")
print(answer)
print("point 4")
我也尝试直接在docker环境里面执行代码，但是也有一样的问题。
想请教一下可能是什么问题，谢谢！