при использовании РаботаСФайлами.КомандаСистемыКопироватьФайл файлы копируются только из корневого каталога. Рекурсивно не обрабатываются.

[chelnokovsb]

так как используется XCOPY
добавить параметр
/E - Копирование каталогов с подкаталогами, включая пустые. Эквивалентен сочетанию ключей /S /E. Совместим с ключом /T.

в РаботаСФайлами.КомандаСистемыКопироватьФайл