diff --git a/breakpoint-detection/README.md b/breakpoint-detection/README.md new file mode 100644 index 0000000..647b091 --- /dev/null +++ b/breakpoint-detection/README.md @@ -0,0 +1,22 @@ +Breakpoint Analysis +=== + +In order to run our code you will require: + +1. Set of contigs to run your reads against (this will be called the assembly) +2. Set of unaligned reads (this is generated by bowtie) + + +You run our program as follows: + + python breakpoint_indices.py -a + -u -o + --alpha + +The detected errors will be spilled into the output file. The alpha determines the legngth of the string at the front of the sequence we will attempt to match. + +For more examples of how to run our program, look at the test scripts. They're informative and well commented. + +To be continued +--- +dun dun dun! \ No newline at end of file diff --git a/breakpoint-detection/breakpoint_indices.py b/breakpoint-detection/breakpoint_indices.py new file mode 100644 index 0000000..c390715 --- /dev/null +++ b/breakpoint-detection/breakpoint_indices.py @@ -0,0 +1,275 @@ +""" +Input: an assembly fasta file and a set of unaligned reads in fasta format. +Input: alpha, window size at the beginning of the unaligned reads. +Output: a distribution over the indices of the assembly where errors are likely + +Example usage (from inside tutorials directory): +python breakpoint_indices.py -a ../../data/influenza-A/influenza-A.assembly.fasta -u unaligned.txt --alpha 5 +""" + +import sys +from optparse import OptionParser +from math import sqrt, pi, exp + + +#reads an assembly from a FASTA file as one contiguous string. Returns said string. +def readAssembly(assembly_file): + infile = open(assembly_file,'r') + + assembly=[] + headerCount = 0 + for line in infile: + #if this line is a header line, skip it + if line[0]==">": + headerCount+=1 + continue + else: + assembly.append(line) + + + print 'Read %d headers' % headerCount + + assemblyString = "".join(assembly) + strippedString = assemblyString.strip().replace('\n','') + return strippedString + +#reads in a list of singletons from a FASTA file. Returns list of strings. +def readSingletons(unaligned_file): + infile = open(unaligned_file,'r') + + singletons=[] + currentSingleton=[] + singletonCount=0 + for line in infile: + if line[0]==">": + singletonCount+=1 + + #if the current singleton is not the empty list, join it and add it to the singletons list + if len(currentSingleton)!=0: + singletonString = "".join(currentSingleton) + strippedString = singletonString.strip().replace('\n','') + singletons.append(strippedString) + + currentSingleton=[] + continue + else: + currentSingleton.append(line) + + #get last singleton, since there are no more header lines + singletonString = "".join(currentSingleton) + strippedString = singletonString.strip().replace('\n','') + singletons.append(strippedString) + + return singletons + + +# given a singleton, an assembly, and a windowsize alpha +# returns a list of indices where the singleton matches the assembly + +def matchSingleton(singleton,assembly,alpha): + #ensure alpha is a small window + if alpha >= len(singleton): + print 'Alpha = '+str(alpha)+' is greater than length of singleton '+singleton + sys.exit() + + #get alpha string + alphaString = singleton[0:alpha] + + #result set of indices + indices=[] + + resultIndex = 0 + currentStart=0 + while resultIndex != -1: + resultIndex = assembly.find(alphaString,currentStart,len(assembly)) + if resultIndex != -1: + print 'Found match at position: '+str(resultIndex) + #now find where singleton stops matching assembly + curInd = resultIndex + for char in singleton: + if char == assembly[curInd]: + curInd+=1 + print 'matches up to %d' % curInd + else: + print 'distance: %d' % (curInd - resultIndex) + break + + indices.append(curInd) + currentStart=resultIndex+1 + + return indices + +# given a list of singletons, an assembly, and a windowsize alpha +# returns an array where each index represents the number of singletons that match at that point +# with that alpha +def naiveBreakpointDetect(singletons,assembly,alpha,outputFile=None): + #initialize empty array + matchArray = [] + for i in range(len(assembly)): + matchArray.append(0) + + #for each singleton, increment matchArray everywhere a singleton matches + i=1 + for s in singletons: + print 'Processing singleton ' + str(i) + ' of ' + str(len(singletons)) + matchIndices = matchSingleton(s,assembly,alpha) + for index in matchIndices: + matchArray[index]+=1 + i+=1 + + if outputFile != None: + outputStream = open(outputFile,'w') + + + errorCount = 0 + for i in range(len(matchArray)): + if matchArray[i] > 0: + outputStream.write("error_"+str(errorCount)+"\t"+str(i)+"\t"+str(i)+"\tbreak\t"+str(matchArray[i])+"\n") + errorCount+=1 + + outputStream.close() + + + return matchArray + +# generates a gaussian filter of size n with stdev 1 +def gauss(n,sigma): + r = range(-int(n/2),int(n/2)+1) + return [1 / (sigma * sqrt(2*pi)) * exp(-float(x)**2/(2*sigma**2)) for x in r] + +# given an array of numbers, an index at which to add the gaussian, +# the size of the window, and the stdev of the gaussian +# returns the array with the gaussian added +def addGaussian(arr,index,n,sigma): + gaussian = gauss(n,sigma) + startInd = index - (int(n/2)) + endInd = index + (int(n/2)) + + gaussianCenter = int(n/2) + + for i in range(gaussianCenter): + distance = gaussianCenter - i + arrayIndex = index-distance + if arrayIndex > 0 and arrayIndex < len(arr): + arr[arrayIndex]+=gaussian[i] + + for i in range(gaussianCenter,len(gaussian)): + distance = gaussianCenter - i + arrayIndex = index-distance + if arrayIndex > 0 and arrayIndex < len(arr): + arr[arrayIndex]+=gaussian[i] + + return arr + + +# given a list of singletons, an assembly, and a windowsize alpha +# returns an array where each index represents the number of singletons that match at that point +# with that alpha +def gaussianBreakpointDetect(singletons,assembly,alpha,n,sigma,outputFile=None): + try: + n = int(n) + except: + print 'n was: '+str(n) + raw_input() + sys.exit() + + #initialize empty array + matchArray = [] + for i in range(len(assembly)): + matchArray.append(0) + + #for each singleton, increment matchArray everywhere a singleton matches + i=1 + for s in singletons: + print 'Processing singleton ' + str(i) + ' of ' + str(len(singletons)) + matchIndices = matchSingleton(s,assembly,alpha) + for index in matchIndices: + addGaussian(matchArray,index,n,sigma) + i+=1 + + if outputFile != None: + outputStream = open(outputFile,'w') + + outputStream.write("ContigName\tStartError\tEndError\ttype\tconfidence\n") + + errorCount = 0 + for i in range(len(matchArray)): + if matchArray[i] > 0: + outputStream.write("error_"+str(errorCount)+"\t"+str(i)+"\t"+str(i)+"\tbreak\t"+str(matchArray[i])+"\n") + errorCount+=1 + + outputStream.close() + + + return matchArray + + + + +def Main(): + parser = OptionParser() + parser.add_option("--algorithm",dest = "algorithm") + parser.add_option("-a","--assembly-file", dest = "assembly_file") + parser.add_option("-u","--unaligned-file",dest = "unaligned_file") + parser.add_option("--alpha",dest = "alpha") + parser.add_option("-o","--output-file",dest = "output_file") + parser.add_option("--gauss-window",dest = "gauss_window") + parser.add_option("--sigma",dest = "sigma") + + (options, args) = parser.parse_args() + + if not options.assembly_file: + print 'Provide assembly file (-a, --assembly-file)' + sys.exit() + + if not options.unaligned_file: + print 'Provide unaligned reads file (-u, --unaligned-file)' + sys.exit() + + if not options.alpha: + print 'Provide alpha (--alpha)' + sys.exit() + + output_file=None + if options.output_file: + output_file=options.output_file + + alpha = int(options.alpha) + + print 'Using alpha of: '+str(alpha) + + #read assembly + assemblyString = readAssembly(options.assembly_file) + + print 'Successfully read assembly of length %d' % len(assemblyString) + + #read singletons + singletons = readSingletons(options.unaligned_file) + + print 'Successfully read %d singletons' % len(singletons) + + + #match singletons to assembly + if options.algorithm == "naive": + matchArray = naiveBreakpointDetect(singletons,assemblyString,alpha,output_file) + elif options.algorithm == "window": + if not options.gauss_window: + print 'Provide --gauss-window' + sys.exit() + if not options.sigma: + print 'Provide --sigma' + sys.exit() + + n = int(options.gauss_window) + sigma = float(options.sigma) + + matchArray = gaussianBreakpointDetect(singletons,assemblyString,alpha,n,sigma,output_file) + else: + print '--algorithm must be naive or window' + print options.algorithm + sys.exit() + + + +if __name__=="__main__": + Main() diff --git a/breakpoint-detection/cleanUp.sh b/breakpoint-detection/cleanUp.sh new file mode 100755 index 0000000..83fb0ce --- /dev/null +++ b/breakpoint-detection/cleanUp.sh @@ -0,0 +1,4 @@ +#!/bin/bash + +rm -f inf* +rm -f una* diff --git a/breakpoint-detection/generate_unaligned.py b/breakpoint-detection/generate_unaligned.py new file mode 100644 index 0000000..de56473 --- /dev/null +++ b/breakpoint-detection/generate_unaligned.py @@ -0,0 +1,30 @@ +""" +Generates a file from an assembly file which is the unaligned reads from bowtie2. +""" + +import sys +import subprocess + +if (len(sys.argv) < 4): + print 'Provide an input assembly file, a reads file, and an output file.' + sys.exit() + +assembly_file = sys.argv[1] +reads_file = sys.argv[2] +output_file = sys.argv[3] + +# First build the index that bowtie2 will use the align the reads. +execString = "bowtie2-build assemblyIndex.bt2" +execString = execString.replace("",assembly_file) + +subprocess.call(execString,shell=True) + +# Run bowtie2 to get the alignments. +execString = "bowtie2 --un -x assemblyIndex.bt2 -f -U -S output.sam" +execString = execString.replace("",reads_file) +execString = execString.replace("",output_file) + +subprocess.call(execString,shell=True) + +execString = "rm -f *assemblyIndex*" +subprocess.call(execString,shell=True) \ No newline at end of file diff --git a/breakpoint-detection/generate_unaligned.sh b/breakpoint-detection/generate_unaligned.sh new file mode 100755 index 0000000..0c3e30d --- /dev/null +++ b/breakpoint-detection/generate_unaligned.sh @@ -0,0 +1,9 @@ +#!/bin/bash + +# First build the index that bowtie2 will use the align the reads. +bowtie2-build ../data/influenza-A/influenza-A.assembly.fasta influenza-A.bt2 + +# Run bowtie2 to get the alignments. +bowtie2 --un unaligned.txt -x influenza-A.bt2 -f -U ../data/influenza-A/influenza-A.sequences.fasta -S influenza-A.sam + +rm -f inf* \ No newline at end of file diff --git a/breakpoint-detection/generate_unalignedtxt.sh b/breakpoint-detection/generate_unalignedtxt.sh new file mode 100755 index 0000000..c536228 --- /dev/null +++ b/breakpoint-detection/generate_unalignedtxt.sh @@ -0,0 +1,12 @@ +#!/bin/bash + +# First build the index that bowtie2 will use the align the reads. +bowtie2-build ../data/influenza-A/influenza-A.assembly.fasta influenza-A.bt2 + +# Run bowtie2 to get the alignments. +bowtie2 --un unaligned.txt -x influenza-A.bt2 -f -U ../data/influenza-A/influenza-A.sequences.fasta -S influenza-A.sam + +rm -f inf* + +# Quick and dirty command to get the starting point and binning it in 100bp segments. +#awk '{print int($4/100)}' influenza-A.sam | sort -nr | uniq -c > influenza-A.cov diff --git a/breakpoint-detection/output.sam b/breakpoint-detection/output.sam new file mode 100644 index 0000000..9f394bf --- /dev/null +++ b/breakpoint-detection/output.sam @@ -0,0 +1,503 @@ +@HD VN:1.0 SO:unsorted +@SQ SN:gi|20517821|gb|AF012886.2| LN:6756 +@PG ID:bowtie2 PN:bowtie2 VN:2.1.0 +gi|20517821|gb|AF012886.2|_1739_2231_0:0:0_0:0:0_0/1 16 gi|20517821|gb|AF012886.2| 2132 42 100M * 0 0 CGGAATACACAGTATCAATTCTTAATAAAAAAGTATTACCTCCGATAAAAATTATTACAAAAAATAATTTTTACGATTATAGTTCTAAATATATAGAATC IIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIII AS:i:0 XN:i:0 XM:i:0 XO:i:0 XG:i:0 NM:i:0 MD:Z:100 YT:Z:UU +gi|20517821|gb|AF012886.2|_5226_5696_0:1:0_0:0:0_1/1 16 gi|20517821|gb|AF012886.2| 5597 42 100M * 0 0 ACATTGAGTTCACTAATTCAGCTGCTAAAAAAATAAAAAGCATTATTAAAGAAAAAAAAAATAAAAATGTTAAATTAAGAATATATATTATTGGTGGTGG IIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIII AS:i:0 XN:i:0 XM:i:0 XO:i:0 XG:i:0 NM:i:0 MD:Z:100 YT:Z:UU +gi|20517821|gb|AF012886.2|_411_932_0:0:0_0:0:0_2/1 0 gi|20517821|gb|AF012886.2| 411 42 100M * 0 0 GCAGCTAAAAAAAAAATATTCCTATATTATTAAGAGCTGAAATGCTTCAAATATTCATGCAATTTAAATTTGGAATAGCAGTTTCAGGGACACATGGAAA IIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIII AS:i:0 XN:i:0 XM:i:0 XO:i:0 XG:i:0 NM:i:0 MD:Z:100 YT:Z:UU +gi|20517821|gb|AF012886.2|_2584_3118_0:0:0_0:0:0_3/1 0 gi|20517821|gb|AF012886.2| 2584 42 100M * 0 0 ATCAGAACAGAATATACTATATTAGTGATATTTGTAATTTAATAAATAGCTATATCCTATAATATTTTTTTAAATAATCTTGTATAAATAAAAAAATAAA IIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIII AS:i:0 XN:i:0 XM:i:0 XO:i:0 XG:i:0 NM:i:0 MD:Z:100 YT:Z:UU +gi|20517821|gb|AF012886.2|_5184_5686_0:0:0_0:0:0_4/1 16 gi|20517821|gb|AF012886.2| 5587 42 100M * 0 0 CCTATAAAATACATTGAGTTCACTAATTCAGCTGCTAAAAAAATAAAAAGCATTATTAAAGAAAAAAAAAATAAAAATGTTAAATTAAGAATATATATTA IIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIII AS:i:0 XN:i:0 XM:i:0 XO:i:0 XG:i:0 NM:i:0 MD:Z:100 YT:Z:UU +gi|20517821|gb|AF012886.2|_4021_4551_0:0:0_0:0:0_5/1 16 gi|20517821|gb|AF012886.2| 4452 42 100M * 0 0 GGAATGGGTGGAGGAACTGGAACTGGAGCAGCACCTGTAGTTGCAGAAATAGCAAAAGAATTAGGTATTTTAACAGTTGCTGTAGTAACAAAACCCTTTA IIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIII AS:i:0 XN:i:0 XM:i:0 XO:i:0 XG:i:0 NM:i:0 MD:Z:100 YT:Z:UU +gi|20517821|gb|AF012886.2|_5272_5793_0:1:0_0:0:0_6/1 0 gi|20517821|gb|AF012886.2| 5272 42 100M * 0 0 CAGCATTTCTTAGCAAACGACCTGATTAACTTTTCTTACAAGCATTTAAAAAATGAATATATTAAGAAATATTATTGTAAATCTTTTTTTATTCTAACGA IIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIII AS:i:-6 XN:i:0 XM:i:1 XO:i:0 XG:i:0 NM:i:1 MD:Z:20T79 YT:Z:UU +gi|20517821|gb|AF012886.2|_4636_5033_0:0:0_0:0:0_7/1 0 gi|20517821|gb|AF012886.2| 4636 0 48M2I11M2D39M * 0 0 CTAATGACAAATTACTCAAAGTATTAAGTCGAGGTATTTCTTTATTCGCCGTGGTTTTCGTAGATAACAACGTTTTAAAAGGAGCTGTACAAGGAATTGC IIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIII AS:i:-58 XN:i:0 XM:i:6 XO:i:2 XG:i:4 NM:i:10 MD:Z:46A1A2C4G2^GC0C1C36 YT:Z:UU +gi|20517821|gb|AF012886.2|_956_1504_0:0:0_0:0:0_8/1 0 gi|20517821|gb|AF012886.2| 956 42 100M * 0 0 CAATTAAATAATTTAGAAATTATCTTAAATTTACCCGGTGAACATAACGCATTAAATGCTACAGCTGCTATTGCTTTTGCAACATATCAAAAAATACCTG IIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIII AS:i:0 XN:i:0 XM:i:0 XO:i:0 XG:i:0 NM:i:0 MD:Z:100 YT:Z:UU +gi|20517821|gb|AF012886.2|_3484_3971_0:0:0_0:0:0_9/1 16 gi|20517821|gb|AF012886.2| 3872 42 100M * 0 0 TAACAGAATGTGCAGAAAAAATTTTCCAAAAAAAAATTCGAATTGCCAAACCTCTTAATATTTCAGGACTAACAGACAATGTAACTGAACCGCATTATTC IIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIII AS:i:0 XN:i:0 XM:i:0 XO:i:0 XG:i:0 NM:i:0 MD:Z:100 YT:Z:UU +gi|20517821|gb|AF012886.2|_2081_2587_0:0:0_0:0:0_a/1 16 gi|20517821|gb|AF012886.2| 2488 42 100M * 0 0 AATAAATAAATAAAAAAAATAATTTTTATAATTATTACTAATTTTTAATTTTTTGATTAATAAAACTATTTAAAATTAAAAATTTCTTCAATAAAGATCA IIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIII AS:i:0 XN:i:0 XM:i:0 XO:i:0 XG:i:0 NM:i:0 MD:Z:100 YT:Z:UU +gi|20517821|gb|AF012886.2|_3644_4150_0:0:0_0:0:0_b/1 0 gi|20517821|gb|AF012886.2| 3644 42 100M * 0 0 CTCCTGGAACATCAAAAAACATTGATTTGTCCAGTAAATATGGAAATTTTCAGAAAAATTTACAACAAGATACAGTGATAGAAGTAATTGATTCAAGATA IIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIII AS:i:0 XN:i:0 XM:i:0 XO:i:0 XG:i:0 NM:i:0 MD:Z:100 YT:Z:UU +gi|20517821|gb|AF012886.2|_2288_2847_0:1:0_0:0:0_c/1 16 gi|20517821|gb|AF012886.2| 2748 42 100M * 0 0 TTAAATAATTACGTTATAAAATAAATATAAAAAATTAGAAATCCTGTTTTATTATAAAAGTAATATTTAAAAATATAGTATAGGCTAAAGAATAATGATT IIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIII AS:i:0 XN:i:0 XM:i:0 XO:i:0 XG:i:0 NM:i:0 MD:Z:100 YT:Z:UU +gi|20517821|gb|AF012886.2|_2419_2975_0:0:0_0:0:0_d/1 16 gi|20517821|gb|AF012886.2| 2876 0 81M4D1M1D18M * 0 0 GATTAGAGATCGGCACTACGAAAGTGGTAACTTTAGTAGGAGAAGTTTTAACAAATGGTAAAATAAAAATAATTGGAATCGAGGCAATCTAACTGTATAA IIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIII AS:i:-49 XN:i:0 XM:i:4 XO:i:2 XG:i:5 NM:i:9 MD:Z:81^GAAT1^T1T9G1A3G0 YT:Z:UU +gi|20517821|gb|AF012886.2|_2021_2539_0:0:0_0:0:0_e/1 0 gi|20517821|gb|AF012886.2| 2021 42 100M * 0 0 GTTCTAGTATAGGAATCACAATAGTTAATCATCCAGATCTATTAATTGACTCTATTAATCTCGCATTCAATTATAGTAATAATATAATTATTGAAAAATT IIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIII AS:i:0 XN:i:0 XM:i:0 XO:i:0 XG:i:0 NM:i:0 MD:Z:100 YT:Z:UU +gi|20517821|gb|AF012886.2|_3014_3526_0:0:0_0:0:0_f/1 16 gi|20517821|gb|AF012886.2| 3427 42 100M * 0 0 GTTTTAACTGAAGATGAATGTAAACTGGGCGTTTGTATGATTGACATAGGAGGAGGAACAATAGACCTTATTACTTATATTGATGGATCTATACAAGATA IIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIII AS:i:0 XN:i:0 XM:i:0 XO:i:0 XG:i:0 NM:i:0 MD:Z:100 YT:Z:UU +gi|20517821|gb|AF012886.2|_5394_5836_0:0:0_0:0:0_10/1 0 gi|20517821|gb|AF012886.2| 5394 0 82M2D3M2D4M2I3M1I5M * 0 0 ATAACCTGCGCCAATAATTAATGTATTATCTATCGGCGCAAGGACTTATTTTTTATAGTAAAAAAAATTGATTTAACATTGTATAAAAATCATACTTTTT 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a/data/buchnera/7000/buchnera-udp.assembly.fasta b/data/buchnera/7000/buchnera-udp.assembly.fasta new file mode 100644 index 0000000..755ea37 --- /dev/null +++ b/data/buchnera/7000/buchnera-udp.assembly.fasta @@ -0,0 +1,98 @@ +>gi|20517821|gb|AF012886.2| Buchnera aphidicola truncated UDP-N-acetylmuramate: L-alanine ligase (murC157), D-alanine: D-alanine ligase (ddlB), cell division protein (ftsA), cell septation protein (ftsZ), and pfs genes, complete cds +AAGCTTATTCTCTTGGAATTAGAAATTCTACATCAAAAATTTCCAAAATTATTCACGATGTTAGCAATAA +AATATAAACAATTGCTAACAATACAAATATTAAATATTTTTACTTAAAAAATTAAAAAATGAACATAAAT +AAGATAAAAAAAAATAATTTTTTTAAAGAAAAAAAAATTCTAAAAATTCATCTGATTGGAATTGCTGGAT +CAGGAATGAGTGGAATTGCTTTAATTTTATTCAATTTAGGATATAAAATCAGTGGTTCGGATTTATTAGA +AAACTTTATGACAAAAAAATTAAAAAATATGGGAATAAATATTTATTTTCAACATTCTGAAGAAAATATT +AAATATGCTGATTTTATTATTATATCTAGTGCGATTCCTTCTGATAATCCCGAAATTAAAGCAGCTAAAA +AAAAAATATTCCTATATTATTAAGAGCTGAAATGCTTCAAATATTCATGCAATTTAAATTTGGAATAGCA 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You'll find three folders each containing a different lengthed sequence taken from [NCBI](http://www.ncbi.nlm.nih.gov/). + +3000 +-- +A sequence of 2913 basepairs: can be found [here](http://www.ncbi.nlm.nih.gov/nuccore/470476111?report=genbank) + +7000 +--- +A sequence of 6756 basepairs: can be found [here](http://www.ncbi.nlm.nih.gov/nuccore/AF012886.2) + +600,000 +--- +A sequence of 640681 basepairsL can be found [here](http://www.ncbi.nlm.nih.gov/nuccore/BA000003.2) \ No newline at end of file diff --git a/error_reads.1.fasta b/error_reads.1.fasta new file mode 100644 index 0000000..db2696f --- /dev/null +++ b/error_reads.1.fasta @@ -0,0 +1,1000 @@ +>gi|20517821|gb|AF012886.2|_1739_2231_0:0:0_0:0:0_0/1 +GATTCTATATATTTAGAACTATAATCGTAAAAATTATTTTTTGTAATAATTTTTATCGGAGGTAATACTTTTTTATTAAGAATTGATACTGTGTATTCCG +>gi|20517821|gb|AF012886.2|_5226_5696_0:1:0_0:0:0_1/1 +CCACCACCAATAATATATATTCTTAATTTAACATTTTTATTTTTTTTTTCTTTAATAATGCTTTTTATTTTTTTAGCAGCTGAATTAGTGAACTCAATGT 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0000000..d082c39 --- /dev/null +++ b/errorgenerator/convertFASTQ.py @@ -0,0 +1,19 @@ +""" +converts a FASTQ file to a FASTA file +""" + +import sys +import subprocess + +if len(sys.argv) < 3: + print 'provide an input and output file' + sys.exit() + +infile = sys.argv[1] +outfile = sys.argv[2] + +execString = "awk 'NR % 4 == 1 || NR % 4 == 2' "+infile+" | sed -e 's/@/>/' > "+outfile + +print execString + +subprocess.call(execString,shell=True) \ No newline at end of file diff --git a/errorgenerator/errorGen.py b/errorgenerator/errorGen.py new file mode 100644 index 0000000..9946d9a --- /dev/null +++ b/errorgenerator/errorGen.py @@ -0,0 +1,191 @@ +import random +import sys +from optparse import OptionParser + +class AssemblyMesser(object): + """docstring for AssemblyMesser""" + def __init__(self, options): + super(AssemblyMesser, self).__init__() + self.options = options + self.header = "" + self.errorPoints = [] + self.errorEndPoints = [] + self.bad_data = "" + + def setHeader(self,header): + """docstring for setHeader""" + self.header = header + + def getHeader(self): + """docstring for getHeader""" + return self.header + + def setErrorPoints(self, ep): + self.errorPoints = ep + + def getErrorPoints(self): + return self.errorPoints + + def setBadData(self, bd): + self.bad_data = bd + + def getBadData(self): + return self.bad_data + + def addErrorEndPoint(self,ep): + self.errorEndPoints.append(ep) + + def getErrorEndPoint(self,i): + return self.errorEndPoints[i] + + +#reads an assembly from a FASTA file as one contiguous string. Returns said string. +def readAssembly(assembly_file): + infile = open(assembly_file,'r') + + assembly=[] + headerCount = 0 + for line in infile: + #if this line is a header line, skip it + if line[0]==">": + headerCount+=1 + continue + else: + assembly.append(line) + + + print 'Read %d headers' % headerCount + + assemblyString = "".join(assembly) + strippedString = assemblyString.strip().replace('\n','') + return strippedString + + +def errorWrite(messer): + options = messer.options + with open (options.output_file, "w") as outputFile: + outputFile.write(messer.getHeader()+"\n") + outputFile.write(messer.getBadData()+"\n") + + with open (options.metadata_file, "w") as metaDataFile: + header = messer.getHeader() + curIter = 0 + for point in messer.getErrorPoints(): + endpoint = messer.getErrorEndPoint(curIter) + printDebug(point) + metaDataFile.write("%s\t%d\t%d\t%s\t%d\n" %(header,point,endpoint,"break",100)) + curIter+= 1 + + +def printDebug(myst): + print "="*79 + print myst + print "-"*80 + +def errorDo(messer): + + opts = messer.options + + """ + with open(opts.assembly_file,"r") as assembly: + good_data = assembly.read().replace('\n','') + messer.setHeader(good_data[:good_data.index('cds')+3]) + """ + dummyHeader = ">1" + messer.setHeader(dummyHeader) + + genomeString = readAssembly(opts.assembly_file) + + errorStartPoints = [] + + start = 0 + errorLength = opts.error_length + #Errors : + # 1. Inversion + # 2. Rearrangement + # 3. Insertion/Deletion + + for iter in range(0,(len(genomeString)/opts.error_frequency)): + if (iter*opts.error_frequency < len(genomeString)): + errorStartPoints.append(random.randint(start, (iter+1)*opts.error_frequency)) + start += opts.error_frequency + else: + errorStartPoints.append(random.randint(start, len(data))) + + + + errorString = genomeString + for errorPointIndex in range(len(errorStartPoints)): + errorCode = random.randint(1,2) + i = errorStartPoints[errorPointIndex] + + if (errorCode == 1): + print 'Seeding inversion error at position '+str(i) + errorString = errorString[:i] + errorString[i:i+errorLength][::-1] + errorString[i+errorLength:] + messer.addErrorEndPoint(i+errorLength) + + if(errorCode == 2): + print 'Seeding rearrangement error at position '+str(i) + if (errorPointIndex == len(errorStartPoints) - 1): + continue # no point to exchange with + + exchangePoint = errorStartPoints[errorPointIndex+1] + + #exchange i+errorLen with exchangePoint+errorLen + str1 = errorString[i:i+errorLength] + str2 = errorString[exchangePoint:exchangePoint+errorLength] + + errorString = errorString[:i]+str2+errorString[i+errorLength:] + errorString = errorString[:exchangePoint]+str1+errorString[exchangePoint+errorLength:] + messer.addErrorEndPoint(i+errorLength) + + + messer.setErrorPoints(errorStartPoints) + messer.setBadData(errorString) + + +def verifyOpts(options): + if not options.assembly_file: + print 'Provide assembly file (-a, --assembly-file)' + sys.exit() + + if not options.output_file: + print 'Provide output file (-o, --output-file)' + sys.exit() + + if not options.metadata_file: + print 'Provide metadata file (-m, --metadata-file)' + sys.exit() + + if not options.error_frequency: + options.error_frequency = 1000 + else: + options.error_frequency = int(options.error_frequency) + + if not options.error_length: + options.error_length = 20 + else: + options.error_length = int(options.error_length) + + +def main(): + parser = OptionParser() + parser.add_option("-a","--assembly-file", dest = "assembly_file") + parser.add_option("-o","--output-file",dest = "output_file") + parser.add_option("-m","--metadata-file",dest = "metadata_file") + parser.add_option("-e","--error-frequency", dest = "error_frequency") + parser.add_option("-l","--error-length", dest="error_length") + + (options, args) = parser.parse_args() + + verifyOpts(options) + + myMesser = AssemblyMesser(options) + + errorDo(myMesser) + errorWrite(myMesser) + +if __name__ == '__main__': + main() + + \ No newline at end of file diff --git a/run_tests.sh b/run_tests.sh index 53a940b..24672b7 100755 --- a/run_tests.sh +++ b/run_tests.sh @@ -1,5 +1,3 @@ -#! /usr/bin/sh - timestamp=`date +%FT%R:%S` tests=0 failures=0 @@ -32,4 +30,4 @@ cat tmp.results echo "" echo "" -rm tmp.results \ No newline at end of file +rm tmp.results diff --git a/testcases/group_3/.run_test.sh.swp b/testcases/group_3/.run_test.sh.swp new file mode 100644 index 0000000..eda49b5 Binary files /dev/null and b/testcases/group_3/.run_test.sh.swp differ diff --git a/testcases/group_3/create_run_test.py b/testcases/group_3/create_run_test.py new file mode 100644 index 0000000..9587571 --- /dev/null +++ b/testcases/group_3/create_run_test.py @@ -0,0 +1,28 @@ +import sys + +if len(sys.argv) != 8: + print 'provide input and output files and numbers' + sys.exit() + +input = open(sys.argv[1],'r') + +raw = input.read() + +input.close() + +num1 = sys.argv[3] +num2 = sys.argv[4] +num3 = sys.argv[5] +num4 = sys.argv[6] +num5 = sys.argv[7] + + +output = open(sys.argv[2],'w') +raw = raw.replace('<1>',num1) +raw = raw.replace('<2>',num2) +raw = raw.replace('<3>',num3) +raw = raw.replace('<4>',num4) +raw = raw.replace('<5>',num5) + +output.write(raw) +output.close() diff --git a/testcases/group_3/run_test.sh b/testcases/group_3/run_test.sh new file mode 100755 index 0000000..fbac2b0 --- /dev/null +++ b/testcases/group_3/run_test.sh @@ -0,0 +1,45 @@ +rm -f errorDetected.txt +rm -f success + +#Generate assembly on short original with one error (2000 out of 3000) +python ../../../errorgenerator/errorGen.py -a ../../../data/buchnera/3000/buchnera-udp.assembly.fasta -o assembly.fasta -m oracle -e 2000 -l 200 + +#Generate 5x read coverage over error assembly +wgsim -1 300 -2 300 -R 0.0 -X 0.0 -e 0.0 -N 100 assembly.fasta reads.1.fastq reads.2.fastq + +#Convert fastq to fasta +python ../../../errorgenerator/convertFASTQ.py reads.1.fastq reads.fasta + +rm -f reads.1.fastq +rm -f reads.2.fastq + + +python ../../../breakpoint-detection/generate_unaligned.py ../../../data/buchnera/3000/buchnera-udp.assembly.fasta reads.fasta singleUnaligned.txt + + +#attempt to align +python ../../../breakpoint-detection/breakpoint_indices.py -a ../../../data/buchnera/3000/buchnera-udp.assembly.fasta -u singleUnaligned.txt -o errorDetected.txt --alpha 20 --algorithm naive + + +if [ ! -f "errorDetected.txt" ] +then + echo "No errors found" + exit 1 +fi + +#run verifier +python ../../../verifier/verifier.py -o oracle -r errorDetected.txt + + +if [ ! -f "success" ] +then + echo "No errors found" + exit 1 +fi + +rm -f singleUnaligned.txt +rm -f singleErrorAssembly.fasta +rm -f singleReads.1.fasta +rm -f *.sam + +exit 0 diff --git a/testcases/group_3/run_test_template.sh b/testcases/group_3/run_test_template.sh new file mode 100644 index 0000000..7e4c49d --- /dev/null +++ b/testcases/group_3/run_test_template.sh @@ -0,0 +1,45 @@ +rm -f errorDetected.txt +rm -f success + +#Generate assembly on short original with one error (2000 out of 3000) +python ../../../errorgenerator/errorGen.py -a ../../../data/buchnera/<1>/buchnera-udp.assembly.fasta -o assembly.fasta -m oracle -e <2> -l <3> + +#Generate 5x read coverage over error assembly +wgsim -1 <4> -2 <4> -R 0.0 -X 0.0 -e 0.0 -N <5> assembly.fasta reads.1.fastq reads.2.fastq + +#Convert fastq to fasta +python ../../../errorgenerator/convertFASTQ.py reads.1.fastq reads.fasta + +rm -f reads.1.fastq +rm -f reads.2.fastq + + +python ../../../breakpoint-detection/generate_unaligned.py ../../../data/buchnera/<1>/buchnera-udp.assembly.fasta reads.fasta singleUnaligned.txt + + +#attempt to align +python ../../../breakpoint-detection/breakpoint_indices.py -a ../../../data/buchnera/<1>/buchnera-udp.assembly.fasta -u singleUnaligned.txt -o errorDetected.txt --alpha 20 --algorithm naive + + +if [ ! -f "errorDetected.txt" ] +then + echo "No errors found" + exit 1 +fi + +#run verifier +python ../../../verifier/verifier.py -o oracle -r errorDetected.txt + + +if [ ! -f "success" ] +then + echo "No errors found" + exit 1 +fi + +rm -f singleUnaligned.txt +rm -f singleErrorAssembly.fasta +rm -f singleReads.1.fasta +rm -f *.sam + +exit 0 diff --git a/testcases/group_3/tc_influenza/README.md b/testcases/group_3/tc_influenza/README.md new file mode 100644 index 0000000..a18f78b --- /dev/null +++ b/testcases/group_3/tc_influenza/README.md @@ -0,0 +1,12 @@ +Influenza Case +=== + +--- + + +This script creates and tests a natural test case. + +Settings used for this test case + + Unknown + diff --git a/testcases/group_3/tc_influenza/cleanup.sh b/testcases/group_3/tc_influenza/cleanup.sh new file mode 100755 index 0000000..9d25699 --- /dev/null +++ b/testcases/group_3/tc_influenza/cleanup.sh @@ -0,0 +1,5 @@ +#!/bin/bash + +rm -f multiple* + +rm -f errorDetected* diff --git a/testcases/group_3/tc_influenza/run_test.sh b/testcases/group_3/tc_influenza/run_test.sh new file mode 100755 index 0000000..f6f2c1a --- /dev/null +++ b/testcases/group_3/tc_influenza/run_test.sh @@ -0,0 +1,16 @@ + + + + + +python ../../breakpoint-detection/generate_unaligned.py ../../data/influenza-A/influenza-A.assembly.fasta ../../data/influenza-A/influenza-A.sequences.fasta influenzaUnaligned.txt + + +#attempt to align +python ../../breakpoint-detection/breakpoint_indices.py -a ../../data/influenza-A/influenza-A.assembly.fasta -u influenzaUnaligned.txt -o errorDetected.txt --alpha 8 --algorithm naive + +#rm -f influenzaUnaligned.txt +rm -f *.sam + + +exit 0 diff --git a/testcases/group_3/tc_multiple_break_high/README.md b/testcases/group_3/tc_multiple_break_high/README.md new file mode 100644 index 0000000..db084b1 --- /dev/null +++ b/testcases/group_3/tc_multiple_break_high/README.md @@ -0,0 +1,16 @@ +Multiple breakpoint, low coverage test case +=== + +--- + + +This script creates and tests a multiple breakpoint and low coverage test case. + +Settings used for this test case + + Length of genome sequence = 3000 + Number of errors = 3000/250 = 12 + Error Length = 200 + Read Coverage = 5x + + diff --git a/testcases/group_3/tc_multiple_break_high/cleanup.sh b/testcases/group_3/tc_multiple_break_high/cleanup.sh new file mode 100755 index 0000000..9d25699 --- /dev/null +++ b/testcases/group_3/tc_multiple_break_high/cleanup.sh @@ -0,0 +1,5 @@ +#!/bin/bash + +rm -f multiple* + +rm -f errorDetected* diff --git a/testcases/group_3/tc_multiple_break_high/errorDetected.txt b/testcases/group_3/tc_multiple_break_high/errorDetected.txt new file mode 100644 index 0000000..dbac86a --- /dev/null +++ b/testcases/group_3/tc_multiple_break_high/errorDetected.txt @@ -0,0 +1,13 @@ +Alpha = 20 +Errors detected at: + 24 1 + 290 1 + 297 1 + 454 1 + 675 1 + 793 1 + 1002 1 + 1591 1 + 1891 1 + 1909 1 + 1945 1 diff --git a/testcases/group_3/tc_multiple_break_high/multipleErrorAssembly.fasta b/testcases/group_3/tc_multiple_break_high/multipleErrorAssembly.fasta new file mode 100644 index 0000000..eee68d6 --- /dev/null +++ b/testcases/group_3/tc_multiple_break_high/multipleErrorAssembly.fasta @@ -0,0 +1,2 @@ +>1 +GGTTAAGCAAATAAGCGTACATGGTGAATGCCTTGGCAGTCAGAGGCGAAGAAGGACGTGCTAATCTGCGAAAAGCGTCGGCAAGCTGATATGAAGCGCAATAACCGTCGATATCCGAATGGGGAAACCCGATGCAATATTGCATCATTATTAACTGAATCAAATAACTTAGGTGTTATATTTTATAAAACATATGCCCCGATAGTGGAACATAGCGACTTTAAAGGTTTAGTAAGATGATATTAAATATAACTAAAACTAAGACCCGACAAGGGAAAAGCGAGCGGTGATGACTCCCTTAGAGCCAACTAAAGAAAAGGAGTTCCATGAATCTACAAAGTCATACGAAGGTGACGAACATGCATGTGCCAAAGTCCAAGATAAAGTGAGGGGAGCGGCCCCAAGAAAAGCGGAAAGGGAATGCCATGATCAAGTGATAGCCAGTCAGTCCTCATAAATCGGAACCTCCTACCAGGGGGGTATAAGTTTGTCCTAAAGAGCACAGGGCGAGATGAAAAAGTTAATAAAGCAAACAGGAGGTCAACCAAAATGGGTTGGAAGTTGGACGGGCACCGATCTAGTGGCCCAAAGCCCAGACATGGGACTTTGAATTGCGGATAAATCCTGAGCCAAAGGGAAGCCGAGGGAATAATTCAATTGGAACGATGTCTCATGTTCAGCGACTGGGTAATATGTTTTCCATGCGTCAGTGTTTAATAAAATTTTAAGGGAACCCGAACCGACTGATGTTGAAAAATCAGCGGATGACCTATGGCTAGGGGTGAAAGGCCAATCAAACCGGGAGATAGCTGGTTCTCCCCGAAAGCTATTTAGGTAGCGCCTCGTGAATTCATCTTCGGGGGTAGAGCACTGTTTCGACTAGGGGGCCATCCCGGCTTACCAAACCGATGCAAACTCCGAATACCGTACAGCAAAAATTATATTTTTGCTGGGTAGGGGAGCGTTCTGTAAGCCAACGAAGATATATTGTAAAATATATTGGAGGTATCAGAAGTGCGAATGCTGACATGAGTAACGATAAAGCAGGTGAAAAACCTGCTCGCCGAAAAACCAAGGTTTCCTGTCCAACGTTAATCGGGGCAGGGTAAGCCGACCCCTAAGGCGAGGCAAGATGTAACGGGGCTCAAACTATGCACCGAAGCTGCGGGACGAAGAAGGTTAAGTTATCCAGGTGACGGTTATCCTGGTTTAAATGTGTAGGTATGATAATTAGGCAAATCCGATTATCTTTAATCTGAGGCATGATGACGAATCATTAAGGTGATGAAGTAACTGATACCACGCTTCCAAGAAAAGCCTCTAAGCATCAGGTAAAATTAAATCGTACCCCAAACCGACACAGGTGGTTGAAAAGCGTAGTCGATGGACAACAGGTTAATATTCCTGTGCTTAATATTACTGCGAAGTGGGGGCGCGTCCGGCTGAACTGGTCACTCGATAATGCGAAAGAAATTTACTACCGACGAAGATTCGGTTGTAGGACCGACAAATACGGAAGGGTGTAGCAAAGGGTGAATTGATACTGAAACCCTGGAATCGACCGCCAGACCCAACAAAGGGAGAGGTGTTGCTTGCAATCGTGGGCGACACACAGAGGGCACTATTGTAAGTAGGTAGAGAATACTAAGGCGCTTGAGAGAACCCAGGTGAAGGAACTAGGCAAAATTCAAAGGAAACTGAGGAAGCTAATTGGAAGGCCGTGGCCCGTCCGCAGTGTGGCATATGAAGGTGAAAGCACAAACGTGTCACGACACAAAAATTATTTGTCAACGTCGCGTGAACCTTTACTATAGCTTGACACTGAATTCTGAATTTTAATGTGTAGGATAGGTGGGAGGCCATGAAGTTAAAACGCTAGTTTTAATGGAGCCAAACTTGAAATACCACCCTTTAAAATTCGGTATTCTAACCTAGTGCCGTAATCCGGCACAGAGACAGTGTCTGGTGGGTAGTTTGACTGGGGCGGTCTCCTCCCGCTGTCTCCACCTGGGACTCAGTGAAATTGAATTTGCTGTGAAGATGCAGTATATCCGCGGCAAGACGGAAAGACCCAAAAGGTACTCCGGGGATAACAGGCTGATACCGCCCAAGAGTTCATATCGACGGCGGTGTTTGGCACCTCGATGTCGGCTCATCACATCCTGGGGCTGAAGCAGGTCCCAAGGGTATGGCTGTTCGCCATTTAAAGTGGTACGCGAGCTGGGTTTAGAACGTCGTGAGACAGTTCGGTCCCTATCTGCCGTGGGCGTTGGAAAGAGTAACGGAGGAGTACGAAGATTGGCTAATCACGGTCGGACATCGTGAGGTTAGTGCAAAGGCATAAGCCAGTTTGACTGTGAGCGTGATAACGCGAGCAGGTGCGAAAGCAGGTCTTAGTGATCCGGTGGTTCTGAATGGAAGGGCCATCGCTCAACGGATTGCGGGAAAGATAAGCGCTGAACGCATATAAGCACGAAACTTGCCCCAAGATGAATCTTCCCTGAAACAGAAATGTTTACTGAAGGGACGTTGAAGACTACGACGTTGATAGGCTAGGTGTGTAAGCATAGCAATATGTTGAGCTAACTAGTACTAATGACCCAAGAGGCTTAACCTTAAGATTGAGGGGGGCTGCTTCTAGTACGAGAGGACCGAAGTGGACGCATCACTGGTGTTCGGGTTGTCATGCCAATGGCATTGCCCGGTAGCTAAATGCGGGAAAGATAAGCGCTGAAGTCGACCATAGAAGCTGATTGAAGTCGATATCCTCATTTAGGAAAGTGAATTGTAATCGCACGGAAGAGGGCTTCAATGCCGTGATAAAGCTCTGAACTGAAGCCCCGGTAAACGGCGGCCGTAACTATAACGGTCCTAAGGTAGCGAAATTCCTTGTCGGGTAAGTTCCGACCTGCACGAATGGCGTAATGATGGCCAG diff --git a/testcases/group_3/tc_multiple_break_high/multipleReads.1.fasta b/testcases/group_3/tc_multiple_break_high/multipleReads.1.fasta new file mode 100644 index 0000000..624eaca --- /dev/null +++ b/testcases/group_3/tc_multiple_break_high/multipleReads.1.fasta @@ -0,0 +1,200 @@ +>1_1756_2170_0:0:0_0:0:0_0/1 +GCACAAACGTGTCACGACACAAAAATTATTTGTCAACGTCGCGTGAACCTTTACTATAGCTTGACACTGAATTCTGAATTTTAATGTGTAGGATAGGTGGGAGGCCATGAAGTTAAAACGCTAGTTTTAATGGAGCCAAACTTGAAATACCACCCTTTAAAATTCGGTATTCTAACCTAGTGCCGTAATCCGGCACAGAGACAGTGTCTGGTGGGTAGTTTGACTGGGGCGGTCTCCTCCCGCTGTCTCCACCTGGGACTCAGTGAAATTGAATTTGCTGTGAAGATGCAGTATATCCGC +>1_476_936_0:0:0_0:0:0_1/1 +TTTGCTGTACGGTATTCGGAGTTTGCATCGGTTTGGTAAGCCGGGATGGCCCCCTAGTCGAAACAGTGCTCTACCCCCGAAGATGAATTCACGAGGCGCTACCTAAATAGCTTTCGGGGAGAACCAGCTATCTCCCGGTTTGATTGGCCTTTCACCCCTAGCCATAGGTCATCCGCTGATTTTTCAACATCAGTCGGTTCGGGTTCCCTTAAAATTTTATTAAACACTGACGCATGGAAAACATATTACCCAGTCGCTGAACATGAGACATCGTTCCAATTGAATTATTCCCTCGGCTTC +>1_2041_2617_0:0:0_0:0:0_2/1 +ATGCAGTATATCCGCGGCAAGACGGAAAGACCCAAAAGGTACTCCGGGGATAACAGGCTGATACCGCCCAAGAGTTCATATCGACGGCGGTGTTTGGCACCTCGATGTCGGCTCATCACATCCTGGGGCTGAAGCAGGTCCCAAGGGTATGGCTGTTCGCCATTTAAAGTGGTACGCGAGCTGGGTTTAGAACGTCGTGAGACAGTTCGGTCCCTATCTGCCGTGGGCGTTGGAAAGAGTAACGGAGGAGTACGAAGATTGGCTAATCACGGTCGGACATCGTGAGGTTAGTGCAAAGGC +>1_290_803_0:0:0_0:0:0_3/1 +CCCGGTTTGATTGGCCTTTCACCCCTAGCCATAGGTCATCCGCTGATTTTTCAACATCAGTCGGTTCGGGTTCCCTTAAAATTTTATTAAACACTGACGCATGGAAAACATATTACCCAGTCGCTGAACATGAGACATCGTTCCAATTGAATTATTCCCTCGGCTTCCCTTTGGCTCAGGATTTATCCGCAATTCAAAGTCCCATGTCTGGGCTTTGGGCCACTAGATCGGTGCCCGTCCAACTTCCAACCCATTTTGGTTGACCTCCTGTTTGCTTTATTAACTTTTTCATCTCGCCCT +>1_834_1321_0:1:0_0:1:0_4/1 +GGTAGCGCCTCGTGAATTCATCTTCGGGGGTAGAGCACTGTTTCGACTAGGGGGCCATCCCGGCTTACCAAACCGATGCAAACTCCGAATACCGTACAGCAAAAATTATATTTTTGCTGGGTAGGGGAGCGTTCTGTAAGCCAACGAAGATATATTGTAAAATATATTGGAGGTATCAGAAGTGCGAATGCTGACATGAGTAACGATAAAGCAGGTGAAAAACCTGCTCGCCGAAAAACCAAGGTTTCCTGTCCAACGTTAATCGGGGCAGGGTAAGCCGACCCCTAAGGCGAGGCGAGA +>1_1618_2195_0:1:0_0:1:0_5/1 +GGCACTATTGTAAGTAGGTAGAGAATACTAAGGCGCTTGAGAGAACCCAGGTGAAGGAACTAGGCAAAATTCAAAGGAAACTGAGGAAGCTAATTGGAAGGCCGTGGCCCGTCCGCAGTGTGGCATATGAAGGTGAAAGCACAAACGTGTCACGACACAAAAATTATTTGTCAACGTCGCGTGACCCTTTACTATAGCTTGACACTGAATTCTGAATTTTAATGTGTAGGATAGGTGGGAGGCCATGAAGTTAAAACGCTAGTTTTAATGGAGCCAAACTTGAAATACCACCCTTTAAAA +>1_1657_2107_0:1:0_0:1:0_6/1 +AGAGAACCCAGGTGAAGGAACTAGGCAAAATTCAAAGGAAACTGAGGAAGCTAATTGGAAGGCCGTGGCCCGTCCGCAGTGTGGCATATGAAGGTGAAAGCACAAACGTGTCACGACACAAAAATTATTTGTCAACGTCGCGTGACCCTTTACTATAGCTTGACACTGAATTCTGAATTTTAATGTGTAGGATAGGTGGGAGGCCATGAAGTTAAAACGCTAGTTTTAATGGAGCCAAACTTGAAATACCACCCTTTAAAATTCGGTATTCTAACCTAGTGCCGTAATCCGGCACAGAGA +>1_2214_2767_0:0:0_0:0:0_7/1 +GATATCGACTTCAATCAGCTTCTATGGTCGACTTCAGCGCTTATCTTTCCCGCATTTAGCTACCGGGCAATGCCATTGGCATGACAACCCGAACACCAGTGATGCGTCCACTTCGGTCCTCTCGTACTAGAAGCAGCCCCCCTCAATCTTAAGGTTAAGCCTCTTGGGTCATTAGTACTAGTTAGCTCAACATATTGCTATGCTTACACACCTAGCCTATCAACGTCGTAGTCTTCAACGTCCCTTCAGTAAACATTTCTGTTTCAGGGAAGATTCATCTTGGGGCAAGTTTCGTGCTTA +>1_1960_2458_0:1:0_0:0:0_8/1 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+GTGTCGTGACACGTTTGTGCTTTCACCTTCATATGCCACACTGCGGACGGGCCACGGCCTTCCAATTAGCTTCCTCAGTTTCCTTTGAATTTTGCCTAGTTCCTTCACCTGGGTTCTCTCAAGCGCCTTAGTATTCTCTACCTACTTACAATAGTGCCCTCTGTGTGTCGCCCACGATTGCAAGCAACACCTCTCCCTTTGTTGGGTCTGGCGGTCGATTCCAGGGTTTCAGTATCAATTCACCCTTTGCTACACCCTTCCGTATTTGTCGGTCCTACAACCGAATCTTCGTCGGTAGTA +>1_2096_2566_0:0:0_0:0:0_c/1 +GCTTACACACCTAGCCTATCAACGTCGTAGTCTTCAACGTCCCTTCAGTAAACATTTCTGTTTCAGGGAAGATTCATCTTGGGGCAAGTTTCGTGCTTATATGCGTTCAGCGCTTATCTTTCCCGCAATCCGTTGAGCGATGGCCCTTCCATTCAGAACCACCGGATCACTAAGACCTGCTTTCGCACCTGCTCGCGTTATCACGCTCACAGTCAAACTGGCTTATGCCTTTGCACTAACCTCACGATGTCCGACCGTGATTAGCCAATCTTCGTACTCCTCCGTTACTCTTTCCAACGC +>1_1824_2294_0:1:0_0:0:0_d/1 +GAATTCTGAATTTTAATGTGTAGGATAGGTGGGAGGCCATGAAGTTAAAACGCTAGTTTTAATGGAGCCAAACTTGAAATACCACCCTTTAAAATTCGGTATTCTAACCTAGTGCCGTAATCCGGCACAGAGACAGTGTCTGGTGGGTAGTTTGGCTGGGGCGGTCTCCTCCCGCTGTCTCCACCTGGGACTCAGTGAAATTGAATTTGCTGTGAAGATGCAGTATATCCGCGGCAAGACGGAAAGACCCAAAAGGTACTCCGGGGATAACAGGCTGATACCGCCCAAGAGTTCATATCG +>1_169_666_0:1:0_0:0:0_e/1 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../../../data/buchnera/3000/buchnera-udp.assembly.fasta reads.fasta singleUnaligned.txt + + +#attempt to align +python ../../../breakpoint-detection/breakpoint_indices.py -a ../../../data/buchnera/3000/buchnera-udp.assembly.fasta -u singleUnaligned.txt -o errorDetected.txt --alpha 20 --algorithm naive + + +if [ ! -f "errorDetected.txt" ] +then + echo "No errors found" + exit 1 +fi + +#run verifier +python ../../../verifier/verifier.py -o oracle -r errorDetected.txt + + +if [ ! -f "success" ] +then + echo "No errors found" + exit 1 +fi + +rm -f singleUnaligned.txt +rm -f singleErrorAssembly.fasta +rm -f singleReads.1.fasta +rm -f *.sam + +exit 0 diff --git a/testcases/group_3/tc_multiple_break_long_high/README.md b/testcases/group_3/tc_multiple_break_long_high/README.md new file mode 100644 index 0000000..db084b1 --- /dev/null +++ b/testcases/group_3/tc_multiple_break_long_high/README.md @@ -0,0 +1,16 @@ +Multiple breakpoint, low coverage test case +=== + +--- + + +This script creates and tests a multiple breakpoint and low coverage test case. + +Settings used for this test case + + Length of genome sequence = 3000 + Number of errors = 3000/250 = 12 + Error Length = 200 + Read Coverage = 5x + + diff --git a/testcases/group_3/tc_multiple_break_long_high/cleanup.sh b/testcases/group_3/tc_multiple_break_long_high/cleanup.sh new file mode 100755 index 0000000..7f68269 --- /dev/null +++ b/testcases/group_3/tc_multiple_break_long_high/cleanup.sh @@ -0,0 +1,5 @@ +#!/bin/bash + +rm -f multiple* +rm -f oracle +rm -f errorDetected* diff --git a/testcases/group_3/tc_multiple_break_long_high/errorDetected.txt b/testcases/group_3/tc_multiple_break_long_high/errorDetected.txt new file mode 100644 index 0000000..3989302 --- /dev/null +++ b/testcases/group_3/tc_multiple_break_long_high/errorDetected.txt @@ -0,0 +1,160 @@ +ContigName StartError EndError type confidence +error_0 2829 2829 break 2 +error_1 7189 7189 break 1 +error_2 7389 7389 break 1 +error_3 9296 9296 break 2 +error_4 23448 23448 break 3 +error_5 27105 27105 break 2 +error_6 31836 31836 break 1 +error_7 36414 36414 break 1 +error_8 41420 41420 break 2 +error_9 47805 47805 break 2 +error_10 48733 48733 break 1 +error_11 52698 52698 break 3 +error_12 52947 52947 break 1 +error_13 59454 59454 break 2 +error_14 62254 62254 break 1 +error_15 65152 65152 break 1 +error_16 69707 69707 break 1 +error_17 72481 72481 break 4 +error_18 76451 76451 break 3 +error_19 82779 82779 break 1 +error_20 83153 83153 break 1 +error_21 86641 86641 break 1 +error_22 86742 86742 break 3 +error_23 86943 86943 break 2 +error_24 91351 91351 break 1 +error_25 91528 91528 break 2 +error_26 100482 100482 break 4 +error_27 106622 106622 break 1 +error_28 109197 109197 break 1 +error_29 112880 112880 break 2 +error_30 116280 116280 break 1 +error_31 121298 121298 break 1 +error_32 121611 121611 break 2 +error_33 124427 124427 break 2 +error_34 130543 130543 break 1 +error_35 134650 134650 break 1 +error_36 145112 145112 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a/testcases/group_3/tc_multiple_break_long_high/multipleErrorAssembly.fasta b/testcases/group_3/tc_multiple_break_long_high/multipleErrorAssembly.fasta new file mode 100644 index 0000000..2327f8f --- /dev/null +++ b/testcases/group_3/tc_multiple_break_long_high/multipleErrorAssembly.fasta @@ -0,0 +1,2 @@ +>1 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100 +>1 602944 603144 break 100 +>1 604959 605159 break 100 +>1 610928 611128 break 100 +>1 613744 613944 break 100 +>1 618186 618386 break 100 +>1 622546 622746 break 100 +>1 626808 627008 break 100 +>1 630041 630241 break 100 +>1 635277 635477 break 100 +>1 638855 639055 break 100 diff --git a/testcases/group_3/tc_multiple_break_long_high/run_test.sh b/testcases/group_3/tc_multiple_break_long_high/run_test.sh new file mode 100755 index 0000000..77248a4 --- /dev/null +++ b/testcases/group_3/tc_multiple_break_long_high/run_test.sh @@ -0,0 +1,45 @@ +rm -f errorDetected.txt +rm -f success + +#Generate assembly on short original with one error (2000 out of 3000) +python ../../../errorgenerator/errorGen.py -a ../../../data/buchnera/600000/buchnera-udp.assembly.fasta -o assembly.fasta -m oracle -e 4000 -l 200 + +#Generate 5x read coverage over error assembly +wgsim -1 600 -2 600 -R 0.0 -X 0.0 -e 0.0 -N 5000 assembly.fasta reads.1.fastq reads.2.fastq + +#Convert fastq to fasta +python ../../../errorgenerator/convertFASTQ.py reads.1.fastq reads.fasta + +rm -f reads.1.fastq +rm -f reads.2.fastq + + +python ../../../breakpoint-detection/generate_unaligned.py ../../../data/buchnera/600000/buchnera-udp.assembly.fasta reads.fasta singleUnaligned.txt + + +#attempt to align +python ../../../breakpoint-detection/breakpoint_indices.py -a ../../../data/buchnera/600000/buchnera-udp.assembly.fasta -u singleUnaligned.txt -o errorDetected.txt --alpha 20 --algorithm naive + + +if [ ! -f "errorDetected.txt" ] +then + echo "No errors found" + exit 1 +fi + +#run verifier +python ../../../verifier/verifier.py -o oracle -r errorDetected.txt + + +if [ ! -f "success" ] +then + echo "No errors found" + exit 1 +fi + +rm -f singleUnaligned.txt +rm -f singleErrorAssembly.fasta +rm -f singleReads.1.fasta +rm -f *.sam + +exit 0 diff --git a/testcases/group_3/tc_multiple_break_long_low/README.md b/testcases/group_3/tc_multiple_break_long_low/README.md new file mode 100644 index 0000000..db084b1 --- /dev/null +++ b/testcases/group_3/tc_multiple_break_long_low/README.md @@ -0,0 +1,16 @@ +Multiple breakpoint, low coverage test case +=== + +--- + + +This script creates and tests a multiple breakpoint and low coverage test case. + +Settings used for this test case + + Length of genome sequence = 3000 + Number of errors = 3000/250 = 12 + Error Length = 200 + Read Coverage = 5x + + diff --git a/testcases/group_3/tc_multiple_break_long_low/cleanup.sh b/testcases/group_3/tc_multiple_break_long_low/cleanup.sh new file mode 100755 index 0000000..7f68269 --- /dev/null +++ b/testcases/group_3/tc_multiple_break_long_low/cleanup.sh @@ -0,0 +1,5 @@ +#!/bin/bash + +rm -f multiple* +rm -f oracle +rm -f errorDetected* diff --git a/testcases/group_3/tc_multiple_break_long_low/errorDetected.txt b/testcases/group_3/tc_multiple_break_long_low/errorDetected.txt new file mode 100644 index 0000000..d7ff312 --- /dev/null +++ b/testcases/group_3/tc_multiple_break_long_low/errorDetected.txt @@ -0,0 +1,39 @@ +ContigName StartError EndError type confidence +error_0 4669 4669 break 1 +error_1 5205 5205 break 2 +error_2 20587 20587 break 1 +error_3 49296 49296 break 2 +error_4 82172 82172 break 2 +error_5 99941 99941 break 1 +error_6 111511 111511 break 1 +error_7 154154 154154 break 1 +error_8 176435 176435 break 2 +error_9 184789 184789 break 1 +error_10 193870 193870 break 1 +error_11 201647 201647 break 1 +error_12 205153 205153 break 1 +error_13 229926 229926 break 1 +error_14 237446 237446 break 1 +error_15 263180 263180 break 1 +error_16 268711 268711 break 1 +error_17 272428 272428 break 1 +error_18 275986 275986 break 1 +error_19 318790 318790 break 1 +error_20 329089 329089 break 1 +error_21 360608 360608 break 1 +error_22 379166 379166 break 2 +error_23 400505 400505 break 2 +error_24 429953 429953 break 1 +error_25 431255 431255 break 1 +error_26 436904 436904 break 1 +error_27 440527 440527 break 2 +error_28 464661 464661 break 1 +error_29 490120 490120 break 1 +error_30 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break 100 +>1 33336 33536 break 100 +>1 38010 38210 break 100 +>1 44335 44535 break 100 +>1 49296 49496 break 100 +>1 53471 53671 break 100 +>1 58429 58629 break 100 +>1 64574 64774 break 100 +>1 68774 68974 break 100 +>1 70443 70643 break 100 +>1 78932 79132 break 100 +>1 82172 82372 break 100 +>1 87902 88102 break 100 +>1 94557 94757 break 100 +>1 99941 100141 break 100 +>1 103266 103466 break 100 +>1 105241 105441 break 100 +>1 111510 111710 break 100 +>1 119615 119815 break 100 +>1 123302 123502 break 100 +>1 127019 127219 break 100 +>1 132770 132970 break 100 +>1 138614 138814 break 100 +>1 143855 144055 break 100 +>1 146622 146822 break 100 +>1 154154 154354 break 100 +>1 159485 159685 break 100 +>1 161132 161332 break 100 +>1 166141 166341 break 100 +>1 171904 172104 break 100 +>1 176481 176681 break 100 +>1 184789 184989 break 100 +>1 188841 189041 break 100 +>1 193870 194070 break 100 +>1 199708 199908 break 100 +>1 201447 201647 break 100 +>1 205152 205352 break 100 +>1 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0.0 -N 1000 assembly.fasta reads.1.fastq reads.2.fastq + +#Convert fastq to fasta +python ../../../errorgenerator/convertFASTQ.py reads.1.fastq reads.fasta + +rm -f reads.1.fastq +rm -f reads.2.fastq + + +python ../../../breakpoint-detection/generate_unaligned.py ../../../data/buchnera/600000/buchnera-udp.assembly.fasta reads.fasta singleUnaligned.txt + + +#attempt to align +python ../../../breakpoint-detection/breakpoint_indices.py -a ../../../data/buchnera/600000/buchnera-udp.assembly.fasta -u singleUnaligned.txt -o errorDetected.txt --alpha 20 --algorithm naive + + +if [ ! -f "errorDetected.txt" ] +then + echo "No errors found" + exit 1 +fi + +#run verifier +python ../../../verifier/verifier.py -o oracle -r errorDetected.txt + + +if [ ! -f "success" ] +then + echo "No errors found" + exit 1 +fi + +rm -f singleUnaligned.txt +rm -f singleErrorAssembly.fasta +rm -f singleReads.1.fasta +rm -f *.sam + +exit 0 diff --git a/testcases/group_3/tc_multiple_break_low/README.md b/testcases/group_3/tc_multiple_break_low/README.md new file mode 100644 index 0000000..db084b1 --- /dev/null +++ b/testcases/group_3/tc_multiple_break_low/README.md @@ -0,0 +1,16 @@ +Multiple breakpoint, low coverage test case +=== + +--- + + +This script creates and tests a multiple breakpoint and low coverage test case. + +Settings used for this test case + + Length of genome sequence = 3000 + Number of errors = 3000/250 = 12 + Error Length = 200 + Read Coverage = 5x + + diff --git a/testcases/group_3/tc_multiple_break_low/cleanup.sh b/testcases/group_3/tc_multiple_break_low/cleanup.sh new file mode 100755 index 0000000..9d25699 --- /dev/null +++ b/testcases/group_3/tc_multiple_break_low/cleanup.sh @@ -0,0 +1,5 @@ +#!/bin/bash + +rm -f multiple* + +rm -f errorDetected* diff --git a/testcases/group_3/tc_multiple_break_low/errorDetected.txt b/testcases/group_3/tc_multiple_break_low/errorDetected.txt new file mode 100644 index 0000000..dbac86a --- /dev/null +++ b/testcases/group_3/tc_multiple_break_low/errorDetected.txt @@ -0,0 +1,13 @@ +Alpha = 20 +Errors detected at: + 24 1 + 290 1 + 297 1 + 454 1 + 675 1 + 793 1 + 1002 1 + 1591 1 + 1891 1 + 1909 1 + 1945 1 diff --git a/testcases/group_3/tc_multiple_break_low/multipleErrorAssembly.fasta b/testcases/group_3/tc_multiple_break_low/multipleErrorAssembly.fasta new file mode 100644 index 0000000..0d0c4a3 --- /dev/null +++ b/testcases/group_3/tc_multiple_break_low/multipleErrorAssembly.fasta @@ -0,0 +1,2 @@ +>1 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+GCCTACTGGATACCGATCCCCACTTTCCGGTTAGTTTGGCCCTCTATCGACCAAGAGGGGCTTTCGATAAATCCATCGCGGAGCACTTAAGTAGAAGCCCCCATCTCGTGACAAAGCTGATCCCCCGGTAGGGCCGAATCGGGGAGAACCAGCTATCTCCCGGTTTGATTGGCCTTTCACCCCTAGCCATAGGTCATCCGCCGTGGCTAGATCACCGGGTTTCGGGTCTGTACCCTGAAACTTAACGCCTATTTAGGACTCGGTTTCCCTTCGGCTCCCTTATTAAGTTAACCTTGCTAC +>1_696_1157_0:0:0_0:0:0_2a/1 +CACGGCGGATGACCTATGGCTAGGGGTGAAAGGCCAATCAAACCGGGAGATAGCTGGTTCTCCCCGATTCGGCCCTACCGGGGGATCAGCTTTGTCACGAGATGGGGGCTTCTACTTAAGTGCTCCGCGATGGATTTATCGAAAGCCCCTCTTGGTCGATAGAGGGCCAAACTAACCGGAAAGTGGGGATCGGTATCCAGTAGGCGACTAAAAAGTTGTAGTCAGCCAAGCCAGGAGGTCAACCAAAATGGGTTGGAAGTTGGACGTAACGTTCGTTGTGGAGAGGGAAACAACCCAGAC +>1_1419_1889_0:0:0_0:0:0_2b/1 +TTTGGTCCTATTGGCAGTGGACCTATTGAATTGGAAGAAGCAGGGGTGAAGCGTCATTATAATTCGTGTCCTTCTGTAAGCCAACGAAGATATATTGTAAAATATATTGGAGGTATCAGAAGTGCGAAGATGAAGTAACTGATACCACGCTTCCAAGAAAAGCCTCTAAGCATCAGGTAAAATTAAATCGTACCCCAAACCGACACAGGTGGTTAGGTAGAGAATACTAAGGCGCTTGAGAGAACCCAGGTGAAGGAACTAGGCTTCAAAGGAAACTGAGGAAGCTAATTGGAAGGCCGT +>1_2080_2622_0:0:0_0:1:0_2c/1 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a/testcases/group_3/tc_multiple_break_low/oracle b/testcases/group_3/tc_multiple_break_low/oracle new file mode 100644 index 0000000..5a4033c --- /dev/null +++ b/testcases/group_3/tc_multiple_break_low/oracle @@ -0,0 +1,10 @@ +>1 72 272 100 break +>1 284 484 100 break +>1 700 900 100 break +>1 761 961 100 break +>1 1203 1403 100 break +>1 1346 1546 100 break +>1 1682 1882 100 break +>1 1966 2166 100 break +>1 2058 2258 100 break +>1 2290 2490 100 break diff --git a/testcases/group_3/tc_multiple_break_low/run_test.sh b/testcases/group_3/tc_multiple_break_low/run_test.sh new file mode 100755 index 0000000..5effc6d --- /dev/null +++ b/testcases/group_3/tc_multiple_break_low/run_test.sh @@ -0,0 +1,45 @@ +rm -f errorDetected.txt +rm -f success + +#Generate assembly on short original with one error (2000 out of 3000) +python ../../../errorgenerator/errorGen.py -a ../../../data/buchnera/3000/buchnera-udp.assembly.fasta -o assembly.fasta -m oracle -e 250 -l 200 + +#Generate 5x read coverage over error assembly +wgsim -1 300 -2 300 -R 0.0 -X 0.0 -e 0.0 -N 50 assembly.fasta reads.1.fastq reads.2.fastq + +#Convert fastq to fasta +python ../../../errorgenerator/convertFASTQ.py reads.1.fastq reads.fasta + +rm -f reads.1.fastq +rm -f reads.2.fastq + + +python ../../../breakpoint-detection/generate_unaligned.py ../../../data/buchnera/3000/buchnera-udp.assembly.fasta reads.fasta singleUnaligned.txt + + +#attempt to align +python ../../../breakpoint-detection/breakpoint_indices.py -a ../../../data/buchnera/3000/buchnera-udp.assembly.fasta -u singleUnaligned.txt -o errorDetected.txt --alpha 20 --algorithm naive + + +if [ ! -f "errorDetected.txt" ] +then + echo "No errors found" + exit 1 +fi + +#run verifier +python ../../../verifier/verifier.py -o oracle -r errorDetected.txt + + +if [ ! -f "success" ] +then + echo "No errors found" + exit 1 +fi + +rm -f singleUnaligned.txt +rm -f singleErrorAssembly.fasta +rm -f singleReads.1.fasta +rm -f *.sam + +exit 0 diff --git a/testcases/group_3/tc_multiple_break_mid_high/README.md b/testcases/group_3/tc_multiple_break_mid_high/README.md new file mode 100644 index 0000000..db084b1 --- /dev/null +++ b/testcases/group_3/tc_multiple_break_mid_high/README.md @@ -0,0 +1,16 @@ +Multiple breakpoint, low coverage test case +=== + +--- + + +This script creates and tests a multiple breakpoint and low coverage test case. + +Settings used for this test case + + Length of genome sequence = 3000 + Number of errors = 3000/250 = 12 + Error Length = 200 + Read Coverage = 5x + + diff --git a/testcases/group_3/tc_multiple_break_mid_high/assembly.fasta b/testcases/group_3/tc_multiple_break_mid_high/assembly.fasta new file mode 100644 index 0000000..1a25cd1 --- /dev/null +++ b/testcases/group_3/tc_multiple_break_mid_high/assembly.fasta @@ -0,0 +1,2 @@ +>1 +AAGCTTATTCTCTTGGAATTAGAAATTCTACATCAAAAATTTCCAAAATTATTCACGATGTTAGCAATAAAATATATTTAGGCTTGGTGACTAAAATATAGGATTTAACTTATTTTAATTTCGTTAAGGTGAGTAAGGACTAGGTCGTTAAGGTTAGTCTACTTAAAAATCTTAAAAAAAAAGAAATTTTTTTAATAAAAAAAAATAGAATAAATACAAGTAAAAAATTAAAAAATTCATTTTTATAAATTATAAACATAACAATCGTTAACAAATTAGAAAACTTTATGACAAAAAAATTAAAAAATATGGGAATAAATATTTATTTTCAACATTCTGAAGAAAATATTAAATATGCTGATTTGGTGAATTTAAACTATTAAAAAAAACATTTTTAGATTTCTTAAATAAAATTCCATCATACGGTATTGCTATACTATGTACAGACAACAAAGCCATTCTTAATATTTTACCGAAAATAAAATGCAAAGTTATTACATATGGATTTAATAAAAGTGCAGAATTTCGTATTACATCTTATAAACAATCTGATTTTATAAGTAATACAGTTATTAATGGAGGTTTGATAAAATCAATTAATTCTCATGCAAAACTTGGGTTTTCTAAATATTTTATTGCAGAAGCAGATGAAAGTGATGGTTCTTTTCTTTGTTTAAATCCAACAACAGCTATTATAACTAATATAGAACCTGATCATATAGATAATTATAATTATCTTAAATTTACCCGGTGAACATAACGCATTAAATGCTACAGCTGCTATTGCTTTTGCAACATATCAAAAAATACCTGATGAAAAAATTTATCAATCGTTAAAAAATTTTAAAGGCACTTCAAGACGATTTGAATATGTTGGAAAATTATTTATAAAAAAAAAATCTATTCAAAATAAAAGTGTTATGTTAATAAATGTTTTACATTAATTAGAAAAAAACAATTAAATAATTTAGAAATCCTAGATTAAATAAAACTAAATTATATAGTTTTTAGTAACGTTCATCACATCAAAAAGGTACACAGGGACTTTGACGATAAGGTTTAAATTTAACGTACTTATAAACTTCGTAAAGTCGAGAATTATTATATCCTTATAAAAAAAAAATCGACGAAATTAAAGCCCTAATAGTCTTCCTTAGCGTGATCTATATTATTATATTATGGACATCATCCTACTAATGATATTTCAACCTCATCGATATACAAGAACCCGAAATCTATATTTCGATTTTACTTTTTGATAGACGAGGACTTTATTTACTAAGCAAACGTCTTATATGTAAATCATAATTATTTCTCAGATGAACTCTATTTTAAAATTATTTTAGCTTTATATCTAAAGCCCAAGAACATATAGCTACTCCAACTTTATAGTAATAATTTAAAAAAAATCCGGTCGAAAAAGCATAACAAAATTATCAAAGTCTATTAAGATTTAATATTAAATTATCTTCTGCCTCATTTAAACGGAAATGATATTATTTTAATACAAGGTGCGGGAGATATAGATACTATAATAAATAAAATTTTTATCTTAAAAAATAAAAAAGTGATAATATGAATCTTGAATATTTAAATATTCCTTATACAGGTAGTGGAATCATGTCCTCTGCAATTTCTTTAGATAAATGGAGAACTAAATTATTGTGGAAATCTTTATCGCTGCGAGTATTACCAGATATATATCTACAAAAAAAAGATATTTCAAAATATACGTATTCTTATATTTTAAAAAAAATTTTAAAATTAAAATTTCCCGTTGATGGTAGTATTCAAGGAATTAGAATCTTCGACTGAATATATATGTCCAAGTGGATTAAATTATCAAAAAGAAGAAGAGTTAAAAAAAATTGTAGAAATAGCTTGGAATTCTTTAGGATGTAAAGGTTGCGGAAGAATAGATGCAATATTAGATAATAAAGATAAATTTTGGTTGTTAGAAATAAACACTATTCCTGGCATGACTCATCGAAGTTTAGTTTAATAAAACCAAATAATGCTGGTTCTAGTATAGGAATCACAATAGTTAATCATCCAGATCTATTAATTGACTCTATTAATCTCGCATTCAATTATAGTAATAATATAATTATTGAAAAATTTTTAAAAGGAACGGAATACACAGTATCAATTCTTAATAAAAAAGTATTACCTCCGATAAAAATTATTACAAAAAATAATTTTTACGATTATAGTTCTAAATATAGAAGTGGAGGACAAGGTACGTCACGTTATTATATCCTATAATATTTTTTTAAATAATCTTGTATAAATAAAAAAATAAACTAATTTATAAAAATTAATCATTTCTATAAAATAAACACCGTAAAAAAGCAAATATTATTTATATTAAATAATTACGTTATAAAATAAATATAAAAAATTAGAAATCCTGTTTTATTATAAAAGTAATATTTAAAAATATAGTATAGGCTATTTGTGAATCTGATATTAAAAATTTTGAAAATAAATAAATAAATAAAAAAAATAATTTTTATAATTATTACTAATTTTTAATTTTTTGATTAATAAAACTATTTAAAATTAAAAATTTCTTCAATAAAGATCAGAACAGAATATACTATATTAGTGATATTTGTAATTTAATAAATAGCCTATAGGATATGAAAAACGACCGGTAACCAAAAAAAATAGCAGTATTATTAGGAGGAATTCTTTCTGAAAGGAAAATTTCAATTAAATCAGGATATGCAATTCTTCAAAGTTTATTAAGATCTGCATATATTACATGTAATTCCACAAGAGTATTCTATTGATCAACAATCTGGTATAAAAAATCCTATAGGTTTATCTGGAACAAGAATGCAAGTAAGAGTACATTTAATTACATGTCATCAAAATATGGCTAAAAATATTATTAAAGCAGTAGAAAAGTGTGATATTAAAGTTGATCAAGTTATATTTTCTGGTCTTGCTTCAATATGTCAATCTAACGGAATAGACAAAGGTAGAATAAATGATTTAGATGCAGTAATTTCATGTATACGAGAATCTATCCATCAAGCTGAAATTATGGCTAATTGTCAAATAACTTCTGTTTATTTATCTTTGTCAAGTAAGTATATTAACTGTCCAAATGAAATAGGCATAGTTCCTATTTCTGAAGATGAAGTTACAAAGGAAGATATAGAAAACGTAATACATACTGCAAAATCTGTAAAAATTCTTAATGAACATGGCTAAGGTTAATAAAAATAAAATGGTAAACAATTTTGAAGAGGATGATTTCAATGGTGAAAGCATCACGGCTAGAGATTAGGTTGATGATTAAAAGATAAAAAACTATATTAGTAATAAGAAAATTCGTGACAGTTTTGGAACAAAAAAATCAACGTATTATCCATATGGAAATTTTCAGAAAAATTTACAACAAGATACAGTGATAGAAGTAATTGATTCAAGATATAATGAATTATTGCATTTAATTAACAATAGAATTCTTTATGTACAAAAAAAACTTTATAAAGAAGGAAGAAAATATCAATTAACAGGTGGTATAGTTCTTACTGGAGGTGCTTCAACAATTTCGTTTTTAACAGAATTAGTACATCTTATTCTGATTCAGAAAAGATCAAAATTAAATATGGTTCTGCAATAAAACTTTCTCCTGGAACATCAAAAAACATTGATTTGTCCAGTAACATTATTCAACAGTAGTTGGCTTATTACACTACGGAAAAGAATTTTACTTTGATGACACAAACCAAAAAAGGGAAATTTCTTTTATTGAAAAATGGTTTCAAAAAATTAGTAATTGGTTTAAAAAAGAATTTTAAAAATTAAAAAACCTTCTAACATTAAAGATAGATAATGGAATTAAATTATGTTTGAACCTGTAGAAGTGCAGAAAAAATTTTCCAAAAAAAAATTCGAATTGCCAAACCTCTTAATATTTCAGGACTAACAGACAATGTAACTGAACCGTGGATCTATACAAGATAGTCAGGTTATTCCATATGCAGGTAATATTGTAACTAAAGATATTTCATATGCTTTTTAAGTAATAATGCAGTAATTAAGGTAGTTGGTGTTGGTGGTGGTGGTGGAAATGCTTTCGTATACTTTATAGAAATCAATGTTATAATGGACGTATACCTTATTGGACTGATAGAACATATCTAGGTAGTTATATTCATTATTCCAGATAACAAGGAGGAGGATACAGTTAGTATGTTTGCGGGTCAAATGTAAGTAGAAGTCAATTTTGTCGAAACGATGATTTAACGCATATGCAATTGATACTCGTGATTTTAAGAAAGGTAGAAGTGGGACAAACTATACAAATAGGGAATAATATTACTAAAGGATTAGGAGCTGGTGCCAATCCAGAAATTGGAGTAACTTCGAGTCGTTGGTAGTAAGAAAAAAATGGAAGTTTTAATTTCCCAAAACAATGATGTCGTTGACAATTTTATGGATTAAGAAAACGATAAAGACGTTGATGTCCACGACGAGGTCAAGGTCAAGGAGGTGGGTAAGGACGACGATATTTATGGTATAGTCTTGGTAGATTACGTCTAAAATTATTAAGAAATAGAAGAAGACGTCAAGGAGTTTTAGAACTATCAAAACATGTAGATTCTTTGATTACAATACCTAATGACAAATTACTCAAAGTATTAAGTCGAGTAGAAGATATAGATTTATCAGGAGCACGAGGTGTCTTAGTGAATATTACCGCTGGTTTTGATTTAAAATTAGATGAATTTGAAACTGTGGGTAATACCATTAGATCTTTCGCTTCAGATAACGCAACAGTGGTTATAGGAACTTCTTTAGATCCTGATATGAATGATACACTTCGAGTAACAGTAGTTGCAACAGGTATTATTGCTATATCTAGCCCCTTGTAAGACGCCGAAGAAGTCGTGCTAAAAGAGGTCTTCTATAAGGTCAAGGGTAGTAACGTATAGGGTAAAGTTGGTATTGTCAAGAGTGCAGCCGTTTTAGATGCAAGTAA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diff --git a/testcases/group_3/tc_multiple_break_mid_high/cleanup.sh b/testcases/group_3/tc_multiple_break_mid_high/cleanup.sh new file mode 100755 index 0000000..7f68269 --- /dev/null +++ b/testcases/group_3/tc_multiple_break_mid_high/cleanup.sh @@ -0,0 +1,5 @@ +#!/bin/bash + +rm -f multiple* +rm -f oracle +rm -f errorDetected* diff --git a/testcases/group_3/tc_multiple_break_mid_high/errorDetected.txt b/testcases/group_3/tc_multiple_break_mid_high/errorDetected.txt new file mode 100644 index 0000000..247852c --- /dev/null +++ b/testcases/group_3/tc_multiple_break_mid_high/errorDetected.txt @@ -0,0 +1,15 @@ +error_0 364 364 break 1 +error_1 1175 1175 break 1 +error_2 1675 1675 break 1 +error_3 1999 1999 break 1 +error_4 2224 2224 break 1 +error_5 2424 2424 break 2 +error_6 2633 2633 break 1 +error_7 3216 3216 break 2 +error_8 3582 3582 break 1 +error_9 3880 3880 break 1 +error_10 4163 4163 break 1 +error_11 4385 4385 break 1 +error_12 4668 4668 break 1 +error_13 5090 5090 break 5 +error_14 6014 6014 break 1 diff --git a/testcases/group_3/tc_multiple_break_mid_high/oracle b/testcases/group_3/tc_multiple_break_mid_high/oracle new file mode 100644 index 0000000..2c72cc0 --- /dev/null +++ b/testcases/group_3/tc_multiple_break_mid_high/oracle @@ -0,0 +1,27 @@ +>1 75 275 break 100 +>1 364 564 break 100 +>1 733 933 break 100 +>1 975 1175 break 100 +>1 1195 1395 break 100 +>1 1251 1451 break 100 +>1 1580 1780 break 100 +>1 1799 1999 break 100 +>1 2224 2424 break 100 +>1 2253 2453 break 100 +>1 2633 2833 break 100 +>1 2757 2957 break 100 +>1 3216 3416 break 100 +>1 3381 3581 break 100 +>1 3680 3880 break 100 +>1 3963 4163 break 100 +>1 4091 4291 break 100 +>1 4385 4585 break 100 +>1 4668 4868 break 100 +>1 4890 5090 break 100 +>1 5005 5205 break 100 +>1 5332 5532 break 100 +>1 5636 5836 break 100 +>1 5825 6025 break 100 +>1 6047 6247 break 100 +>1 6424 6624 break 100 +>1 6622 6822 break 100 diff --git a/testcases/group_3/tc_multiple_break_mid_high/reads.fasta 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+ACTTGCATTCTTGTTCCAGATAAACCTATAGGATTTTTTATACCAGATTGTTGATCAATAGAATACTCTTGTGGAATTACATGTAATATATGCAGATCTTAATAAACTTTGAAGAATTGCATATCCTGATTTAATTGAAATTTTCCTTTCAGAAAGAATTCCTCCTAATAATACTGCTATTTTTTTTGGTTACCGGTCGTTTTTCATATCCTATAGGCTATTTATTAAATTACAAATATCACTAATATAGTATATTCTGTTCTGATCTTTATTGAAGAAATTTTTAATTTTAAATAGTTTTATTAATCAAAAAATTAAAAATTAGTAATAATTATAAAAATTATTTTTTTTATTTATTTATTTATTTTCAAAATTTTTAATATCAGATTCACAAATAGCCTATACTATATTTTTAAATATTACTTTTATAATAAAACAGGATTTCTAATTTTTTATATTTATTTTATAACGTAATTATTTAATATAAATAATATTTGCTTTTTTACGGTGTTTATTTTATAGAAATGATTAATTTTTATAAATTAGTTTATTTTTTTATTTATACAAGATTATTTAAAAAAATATTATAGGATATAATAACGTGACGTACCTTGTCCTCCACTTCTATATTTAGAACTATAATCGTAAAAATTATTTTTTGTAATAATTTTTATCGGAGGTAATACTTTTTTATTAAGAA +>1_1653_2352_0:0:0_0:0:0_5f/1 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+ACATAACACTTTTATTTTGAATAGATTTTTTTTTTATAAATAATTTTCCAACATATTCAAATCGTCTTGAAGTGCCTTTAAAATTTTTTAACGATTGATAAATTTTTTCATCAGGTATTTTTTGATATGTTGCAAAAGCAATAGCAGCTGTAGCATTTAATGCGTTATGTTCACCGGGTAAATTTAAGATAATTATAATTATCTATATGATCAGGTTCTATATTAGTTATAATAGCTGTTGTTGGATTTAAACAAAGAAAAGAACCATCACTTTCATCTGCTTCTGCAATAAAATATTTAGAAAACCCAAGTTTTGCATGAGAATTAATTGATTTTATCAAACCTCCATTAATAACTGTATTACTTATAAAATCAGATTGTTTATAAGATGTAATACGAAATTCTGCACTTTTATTAAATCCATATGTAATAACTTTGCATTTTATTTTCGGTAAAATATTAAGAATGGCTTTGTTGTCTGTACATAGTATAGCAATACCGTATGATGGAATTTTATTTAAGAAATCTAAAAATGTTTTTTTTAATAGTTTAAATTCACCAAATCAGCATATTTAATATTTTCTTCAGAATGTTGAAAATAAATATTTATTCCCATATTTTTTAATTTTTTTGTCATAAAGTTTTCTAATTTGTTAACGATTGTTATGTTTATAATTTATAAAAATGAATTTTTGAATTT +>1_4809_5508_0:0:0_0:0:0_63/1 +ACTTCTTTAGATCCTGATATGAATGATACACTTCGAGTAACAGTAGTTGCAACAGGTATTATTGCTATATCTAGCCCCTTGTAAGACGCCGAAGAAGTCGTGCTAAAAGAGGTCTTCTATAAGGTCAAGGGTAGTAACGTATAGGGTAAAGTTGGTATTGTCAAGAGTGCAGCCGTTTTAGATGCAAGTAATTTGGTAAAAAAATAGATAACGACATCCTCTTTATAAATTTATAACTATCGCTATTAGGTAATCATAAAGAAATCTTCTAAATAAAAAACAGACTAACTGTAGACTTATAAAAAGGTAAGGGTATTTCTTTATTAGATGCTTTTGGTGCCGCTAACAACGTTTTAAAAGGAGCTGTACAAGGAATTGCAGAATTAATTACTCGACCATGTAAAAAATGAAATAAAAGAAACAGATAATAAAAAAAGAAAGGAACCAGAATATTTAGATATTCCAGCATTTCTTAGCAAACGATCTGATTAACTTTTCTTACAAGCATTTAAAAAATGAATATATTTTATAAAATAAATTAAAATAGTATTTTTTGTTAAAATTTGTATAAAAATCATACTTTTTACAATTTAGTTAAAAAAAATGATATTTTTTATTCAGGAACGCGGCTATCTATTATGTAATTAATAACCGCGTCCAATACCTTATTATTATAATAAAATTAAGCAATCTTATTTTT diff --git a/testcases/group_3/tc_multiple_break_mid_high/run_test.sh b/testcases/group_3/tc_multiple_break_mid_high/run_test.sh new file mode 100755 index 0000000..c6a6861 --- /dev/null +++ b/testcases/group_3/tc_multiple_break_mid_high/run_test.sh @@ -0,0 +1,45 @@ +rm -f errorDetected.txt +rm -f success + +#Generate assembly on short original with one error (2000 out of 3000) +python ../../../errorgenerator/errorGen.py -a ../../../data/buchnera/7000/buchnera-udp.assembly.fasta -o assembly.fasta -m oracle -e 250 -l 200 + +#Generate 5x read coverage over error assembly +wgsim -1 700 -2 700 -R 0.0 -X 0.0 -e 0.0 -N 100 assembly.fasta reads.1.fastq reads.2.fastq + +#Convert fastq to fasta +python ../../../errorgenerator/convertFASTQ.py reads.1.fastq reads.fasta + +rm -f reads.1.fastq +rm -f reads.2.fastq + + +python ../../../breakpoint-detection/generate_unaligned.py ../../../data/buchnera/7000/buchnera-udp.assembly.fasta reads.fasta singleUnaligned.txt + + +#attempt to align +python ../../../breakpoint-detection/breakpoint_indices.py -a ../../../data/buchnera/7000/buchnera-udp.assembly.fasta -u singleUnaligned.txt -o errorDetected.txt --alpha 20 --algorithm naive + + +if [ ! -f "errorDetected.txt" ] +then + echo "No errors found" + exit 1 +fi + +#run verifier +python ../../../verifier/verifier.py -o oracle -r errorDetected.txt + + +if [ ! -f "success" ] +then + echo "No errors found" + exit 1 +fi + +rm -f singleUnaligned.txt +rm -f singleErrorAssembly.fasta +rm -f singleReads.1.fasta +rm -f *.sam + +exit 0 diff --git a/testcases/group_3/tc_multiple_break_mid_high/success b/testcases/group_3/tc_multiple_break_mid_high/success new file mode 100644 index 0000000..fc0e7cb --- /dev/null +++ b/testcases/group_3/tc_multiple_break_mid_high/success @@ -0,0 +1 @@ +yay \ No newline at end of file diff --git a/testcases/group_3/tc_multiple_break_mid_low/README.md b/testcases/group_3/tc_multiple_break_mid_low/README.md new file mode 100644 index 0000000..db084b1 --- /dev/null +++ b/testcases/group_3/tc_multiple_break_mid_low/README.md @@ -0,0 +1,16 @@ +Multiple breakpoint, low coverage test case +=== + +--- + + +This script creates and tests a multiple breakpoint and low coverage test case. + +Settings used for this test case + + Length of genome sequence = 3000 + Number of errors = 3000/250 = 12 + Error Length = 200 + Read Coverage = 5x + + diff --git a/testcases/group_3/tc_multiple_break_mid_low/cleanup.sh b/testcases/group_3/tc_multiple_break_mid_low/cleanup.sh new file mode 100755 index 0000000..7f68269 --- /dev/null +++ b/testcases/group_3/tc_multiple_break_mid_low/cleanup.sh @@ -0,0 +1,5 @@ +#!/bin/bash + +rm -f multiple* +rm -f oracle +rm -f errorDetected* diff --git a/testcases/group_3/tc_multiple_break_mid_low/run_test.sh b/testcases/group_3/tc_multiple_break_mid_low/run_test.sh new file mode 100755 index 0000000..3d35041 --- /dev/null +++ b/testcases/group_3/tc_multiple_break_mid_low/run_test.sh @@ -0,0 +1,45 @@ +rm -f errorDetected.txt +rm -f success + +#Generate assembly on short original with one error (2000 out of 3000) +python ../../../errorgenerator/errorGen.py -a ../../../data/buchnera/7000/buchnera-udp.assembly.fasta -o assembly.fasta -m oracle -e 250 -l 200 + +#Generate 5x read coverage over error assembly +wgsim -1 700 -2 700 -R 0.0 -X 0.0 -e 0.0 -N 50 assembly.fasta reads.1.fastq reads.2.fastq + +#Convert fastq to fasta +python ../../../errorgenerator/convertFASTQ.py reads.1.fastq reads.fasta + +rm -f reads.1.fastq +rm -f reads.2.fastq + + +python ../../../breakpoint-detection/generate_unaligned.py ../../../data/buchnera/7000/buchnera-udp.assembly.fasta reads.fasta singleUnaligned.txt + + +#attempt to align +python ../../../breakpoint-detection/breakpoint_indices.py -a ../../../data/buchnera/7000/buchnera-udp.assembly.fasta -u singleUnaligned.txt -o errorDetected.txt --alpha 20 --algorithm naive + + +if [ ! -f "errorDetected.txt" ] +then + echo "No errors found" + exit 1 +fi + +#run verifier +python ../../../verifier/verifier.py -o oracle -r errorDetected.txt + + +if [ ! -f "success" ] +then + echo "No errors found" + exit 1 +fi + +rm -f singleUnaligned.txt +rm -f singleErrorAssembly.fasta +rm -f singleReads.1.fasta +rm -f *.sam + +exit 0 diff --git a/testcases/group_3/tc_single_break_high/README.md b/testcases/group_3/tc_single_break_high/README.md new file mode 100644 index 0000000..7b60b20 --- /dev/null +++ b/testcases/group_3/tc_single_break_high/README.md @@ -0,0 +1,16 @@ +Single breakpoint, high coverage test case +=== + +--- + + +This script creates and tests a single breakpoint and high coverage test case. + +Settings used for this test case + + Length of genome sequence = 3000 + Number of errors = 1 + Error Length = 200 + Read Coverage = 10x (100 reads of length 300) + + diff --git a/testcases/group_3/tc_single_break_high/assembly.fasta b/testcases/group_3/tc_single_break_high/assembly.fasta new file mode 100644 index 0000000..4b21dc6 --- /dev/null +++ b/testcases/group_3/tc_single_break_high/assembly.fasta @@ -0,0 +1,2 @@ +>1 +GGTTAAGCAAATAAGCGTACATGGTGAATGCCTTGGCAGTCAGAGGCGAAGAAGGACGTGCTAATCTGCGAAAAGCGTCGGCAAGCTGATATGAAGCGCAATAACCGTCGATATCCGAATGGGGAAACCCGATGCAATATTGCATCATTATTAACTGAATCAAATAAGTTAATAAAGCAAACCAAGGGAACTGAAACATCTAAGTACCTTGAGGAAAAGAAATCAACCGAGATTCCCTCAGTAGTGGCGAGCGAAAAGGGAACAGCCCAGAATCAAAATCAATATAAATTATAGTAGAATGATTTGGAAATTTCAGCGATACAAGGTGATAGCCCCGTATACAAAATATTTTATATTGTGGATTCAAAAAGTAGAGCGGGACACGAGAAATCCTGTTTGAATATGGGGGGACCATCCTCCAAGGCTAAATACTCCTGACTGACCGATAGTGAACTAGTACCGTAAGGGAAAGGCGAAAAGAACCCCGGCGAGGGGAGTGAAATAGAACCTGAAACCGTGTACGTACAAGCAGTGGAAGCATATTTTAAAATAATTTGTGACTGCGTACCTTTTGTATAATGGGTCAGCGACTTGTACTCTGTAGCAAGGTTAACTTAATAAGGGAGCCGAAGGGAAACCGAGTCCTAAATAGGCGTTAAGTTTCAGGGTACAGACCCGAAACCCGGTGATCTAGCCACGGGCAGGTTGAAGGTTGGGTAAAACCAACTGGAGGACCGAACCGACTGATGTTGAAAAATCAGCGGATGACCTATGGCTAGGGGTGAAAGGCCAATCAAACCGGGAGATAGCTGGTTCTCCCCGAAAGCTATTTAGGTAGCGCCTCGTGAATTCATCTTCGGGGGTAGAGCACTGTTTCGACTAGGGGGCCATCCCGGCTTACCAAACCGATGCAAACTCCGAATACCGTAGAATGTTATCACGGGAGACACACAGCGGGTGCTAACGTTCGTTGTGGAGAGGGAAACAACCCAGACCGCCAGCTAAGGTCCCAAAGTCATAGTTAAGTGGGAAACGATGTGGGAAGGCATAAACAGCCAGGATGTTGGCTTAGAAGCAGCCATCATTTAAAGAAAGCGTAATAGCTCACTGGTCAAGTCGGCCTGCGCGGAAGATGTAACGGGGCTCAAACTATGCACCGAAGCTGCGGCAGCAAAAATTATATTTTTGCTGGGTAGGGGAGCGTTCTGTAAGCCAACGAAGATATATTGTAAAATATATTGGAGGTATCAGAAGTGCGAATGCTGACATGAGTAACGATAAAGCAGGTGAAAAACCTGCTCGCCGAAAAACCAAGGTTTCCTGTCCAACGTTAATCGGGGCAGGGTAAGCCGACCCCTAAGGCGAGGCTGAAAAGCGTAGTCGATGGACAACAGGTTAATATTCCTGTGCTTAATATTACTGCGAAGTGGGGACGAAGAAGGTTAAGTTATCCAGGTGACGGTTATCCTGGTTTAAATGTGTAGGTATGATAATTAGGCAAATCCGATTATCTTTAATCTGAGGCATGATGACGAATCATTAAGGTGATGAAGTAACTGATACCACGCTTCCAAGAAAAGCCTCTAAGCATCAGGTAAAATTAAATCGTACCCCAAACCGACACAGGTGGTTAGGTAGAGAATACTAAGGCGCTTGAGAGAACCCAGGTGAAGGAACTAGGCAAAATAGTGCCGTAACTTCGGGAGAAGGCACGCTAATGTTAAGTGAAAGGATTTACTCCTATAGCTGAAGTTAGTCGAAGATACCAGCTGGCTGCAACTGTTTATTAAAAACACAGCACTGTGCAAACACGAAAGTGGAAGTATACGGTGTGACGCCTGCCCGGTGCCGGAAGGTTAATCGAAGGAGTCAAAGGAAACTTAAAGCTCTGAACTGAAGCCCCGGTAAACGGCGGCCGTAACTATAACGGTCCTAAGGTAGCGAAATTCCTTGTCGGGTAAGTTCCGACCTGCACGAATGGCGTAATGATGGCCAGGCTGTCTCCACCTGGGACTCAGTGAAATTGAATTTGCTGTGAAGATGCAGTATATCCGCGGCAAGACGGAAAGACCCCGTGAACCTTTACTATAGCTTGACACTGAATTCTGAATTTTAATGTGTAGGATAGGTGGGAGGCCATGAAGTTAAAACGCTAGTTTTAATGGAGCCAAACTTGAAATACCACCCTTTAAAATTCGGTATTCTAACCTAGTGCCGTAATCCGGCACAGAGACAGTGTCTGGTGGGTAGTTTGACTGGGGCGGTCTCCTCCCAAAGAGTAACGGAGGAGTACGAAGATTGGCTAATCACGGTCGGACATCGTGAGGTTAGTGCAAAGGCATAAGCCAGTTTGACTGTGAGCGTGATAACGCGAGCAGGTGCGAAAGCAGGTCTTAGTGATCCGGTGGTTCTGAATGGAAGGGCCATCGCTCAACGGATAAAAGGTACTCCGGGGATAACAGGCTGATACCGCCCAAGAGTTCATATCGACGGCGGTGTTTGGCACCTCGATGTCGGCTCATCACATCCTGGGGCTGAAGCAGGTCCCAAGGGTATGGCTGTTCGCCATTTAAAGTGGTACGCGAGCTGGGTTTAGAACGTCGTGAGACAGTTCGGTCCCTATCTGCCGTGGGCGTTGGAAGATTGAGGGGGGCTGCTTCTAGTACGAGAGGACCGAAGTGGACGCATCACTGGTGTTCGGGTTGTCATGCCAATGGCATTGCCCGGTAGCTAAATGCGGGAAAGATAAGCGCTGAACGCATATAAGCACGAAACTTGCCCCAAGATGAATCTTCCCTGAAACAGAAATGTTTACTGAAGGGACGTTGAAGACTACGACGTTGATAGGCTAGGTGTGTAAGCATAGCAATATGTTGAGCTAACTAGTACTAATGACCCAAGAGGCTTAACCTT diff --git a/testcases/group_3/tc_single_break_high/cleanup.sh b/testcases/group_3/tc_single_break_high/cleanup.sh new file mode 100755 index 0000000..ef2af3e --- /dev/null +++ b/testcases/group_3/tc_single_break_high/cleanup.sh @@ -0,0 +1,5 @@ +#!/bin/bash + +rm -f single* + +rm -f errorDetected* diff --git a/testcases/group_3/tc_single_break_high/oracle b/testcases/group_3/tc_single_break_high/oracle new file mode 100644 index 0000000..e69de29 diff --git a/testcases/group_3/tc_single_break_high/output.sam b/testcases/group_3/tc_single_break_high/output.sam new file mode 100644 index 0000000..a835353 --- /dev/null +++ b/testcases/group_3/tc_single_break_high/output.sam @@ -0,0 +1,103 @@ +@HD VN:1.0 SO:unsorted +@SQ SN:gi|470476111|ref|NR_076320.1| LN:2913 +@PG ID:bowtie2 PN:bowtie2 VN:2.1.0 +1_2273_2821_0:0:0_0:0:0_0/1 16 gi|470476111|ref|NR_076320.1| 2522 42 300M * 0 0 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../../../errorgenerator/convertFASTQ.py reads.1.fastq reads.fasta + +rm -f reads.1.fastq +rm -f reads.2.fastq + + +python ../../../breakpoint-detection/generate_unaligned.py ../../../data/buchnera/3000/buchnera-udp.assembly.fasta reads.fasta singleUnaligned.txt + + +#attempt to align +python ../../../breakpoint-detection/breakpoint_indices.py -a ../../../data/buchnera/3000/buchnera-udp.assembly.fasta -u singleUnaligned.txt -o errorDetected.txt --alpha 20 --algorithm naive + + +if [ ! -f "errorDetected.txt" ] +then + echo "No errors found" + exit 1 +fi + +#run verifier +python ../../../verifier/verifier.py -o oracle -r errorDetected.txt + + +if [ ! -f "success" ] +then + echo "No errors found" + exit 1 +fi + +rm -f singleUnaligned.txt +rm -f singleErrorAssembly.fasta +rm -f singleReads.1.fasta +rm -f *.sam + +exit 0 diff --git a/testcases/group_3/tc_single_break_high/singleUnaligned.txt b/testcases/group_3/tc_single_break_high/singleUnaligned.txt new file mode 100644 index 0000000..e69de29 diff --git a/testcases/group_3/tc_single_break_long_high/README.md b/testcases/group_3/tc_single_break_long_high/README.md new file mode 100644 index 0000000..db084b1 --- /dev/null +++ b/testcases/group_3/tc_single_break_long_high/README.md @@ -0,0 +1,16 @@ +Multiple breakpoint, low coverage test case +=== + +--- + + +This script creates and tests a multiple breakpoint and low coverage test case. + +Settings used for this test case + + Length of genome sequence = 3000 + Number of errors = 3000/250 = 12 + Error Length = 200 + Read Coverage = 5x + + diff --git a/testcases/group_3/tc_single_break_long_high/cleanup.sh b/testcases/group_3/tc_single_break_long_high/cleanup.sh new file mode 100755 index 0000000..7f68269 --- /dev/null +++ b/testcases/group_3/tc_single_break_long_high/cleanup.sh @@ -0,0 +1,5 @@ +#!/bin/bash + +rm -f multiple* +rm -f oracle +rm -f errorDetected* diff --git a/testcases/group_3/tc_single_break_long_high/errorDetected.txt b/testcases/group_3/tc_single_break_long_high/errorDetected.txt new file mode 100644 index 0000000..0aba55b --- /dev/null +++ b/testcases/group_3/tc_single_break_long_high/errorDetected.txt @@ -0,0 +1,3 @@ +ContigName StartError EndError type confidence +error_0 156092 156092 break 1 +error_1 156263 156263 break 2 diff --git a/testcases/group_3/tc_single_break_long_high/multipleErrorAssembly.fasta b/testcases/group_3/tc_single_break_long_high/multipleErrorAssembly.fasta new file mode 100644 index 0000000..9839092 --- /dev/null +++ b/testcases/group_3/tc_single_break_long_high/multipleErrorAssembly.fasta @@ -0,0 +1,2 @@ +>1 +TTATCCACAGATTTGTTCTTTACTAATAATAATAGTAATTATTATTTTTTATTTTTTTTATTTTTTTGAATTTAAACCTTAAAGAAAAGAAAAAGATCTTTTTTTTAAGATATTATGTTTTTAAGATTAACATGTGTTATCTTGAATAAAATATTAATACTATTTGAATATTTTTAAATTTTTAAAAGGTTTTTATATGTTTAATTTAAGAAATTTTGATGTAATCGTTGTTGGAGCAGGACATGCTGGTACTGAAGCAGCTATGGCTTCATCAAGAATGGGTTGTAAAACATTATTGCTCACTCAAAAAATTTCAGATTTAGGTGCTTTATCATGTAATCCAGCTATTGGAGGGATAGGAAAAAGTCATTTAGTAAAAGAAATAGATGCATTAGGTGGTATGATGGCTAAAGCTATTGATTACTCTGGTATTCAGTTTAGAATTCTGAATTCTAGCAAAGGTCCTGCTGTAAGATCTACTAGAGCTCAAGCCGATAAAATCCTGTATCATGAGACAGTAAAAAAAATATTAAAAAAGCAAAATAATTTGTTAATTTTAGAAGCAGAAGTTAAGGATTTAATTTTTAAAAATTACTCTGTTGTTGGTGTGTTAACACAAAATGAAATTAATTTCTACTCTCGTTCAGTTGTGTTAGCAGCAGGCACTTTTTTAGGAGGTAAAATACATATAGGGTTAAAAAGTTATTCTGCTGGTAGAATAGGAGATAAGTCTGCTATAGATTTATCTGTTCGTTTAAGAGAATTGTCTTTGCGAGTTAATAGATTAAAAACAGGAACGCCGCCTCGAATTGATATCAACACTGTTAATTTTAACAATTTATTAATTCAAAATAGCGATACTCCTGTTCCAGTTTTTTCATTTATGGGAAACGTTTCACATCATCCTAAACAGATACCATGTTACCTCACACATACTAATGAAAAAACACATGAAATAATACGTAAAAATTTAGATAAAAGTCCAATATATACGGGTTTTTTAAAAGGTTTAGGACCTCGATACTGTCCTTCTATTGAAGATAAAATTGTACGTTTTCCAGATAGAAAATCACATCAAGTATTTTTAGAACCTGAAGGATTATCTAGTATTAAAGTATATCCTAATGGTATTTCGACCAGTCTTCCAATAGAAGTTCAAGAACAAATAGTAGCGTCTATAAAAGGTTTAGAAAAATCCAAAATTATCAGACCTGGATATGCCATTGAATATGATTTTTTTGATCCAAAAGACTTAAATTTAACTTTAGAAAGCAAATTAATTAAAGGGTTATTTTTTGCCGGGCAAATTAACGGAACTACTGGTTATGAAGAAGCGGCTTCACAAGGATTGTTGGCAGGATTAAATGCAGCATTAAGTTCAAAGAATACTGAAGGATGGTTTCCTAGACGTGATCAAGCATATTTGGGTGTTTTAATAGATGATTTAACTACTCAAGGCACAGAGGAACCATACCGCATGTTTACTTCACGTGCCGAATATCGACTTTCTTTAAGAGAAGATAATGCAGATTTACGTTTAACTGAAATTGGTCGTAAACTTGGTTTAGTAAATGATTCAAGATGGATTCGTTATAATCAAAAAGTATTGAATATTCAAACAGAAATGAATCGTTTAAAAAAAAATAAAATAAGTCCTATATCACCAGATGCTGATATTTTAAAAAAATTATATAATATTAATTTAATTAAAGAAATAAGTATGTCTGAATTATTAAAACGACCGCAAATTAGATATCAAGACTTACAATCTCTAGAATCTTTTAGAACAGGAATTGTTGATTTGGAAGCGATAGGACAGATAGAAAATGAGATTAAATATGCAGGTTATATTAAACGACAATCAGAAGAGATCGAGCGACATTTAAAAAATGAAAATACTTTCTTATCATCTATTTATGATTATAACAAAATAAGAGGTTTATCTTCTGAGGTTGTTAAAAAATTAAATGATTACAAACCCATTTCTATTGGTCAAGCATCACGTATTTCTGGAATTACACCAGCTGCTATATCAATTTTATTAATTCATCTAAAAAAAGAATCTTATAAACATACTTTGTAGATTACAAAATGATTAATTTTTTAGTTTTCAAATCATTTTTTATAATTTTTAAAAATTAAAATTTGATTTTAATGTATTTAAAATACATAATAATTGTTTAAATTTGATTTTATTGCTAAATGGTAACTGTTTGCTGAATGTATTTTTTTTGTTGTATAATCTTTTTTAAAATTATAAAAATATGAGAGAAACATATGATTTTAGAAAAGATATCTGATCCTCAAAAATATATTAGTCATCATTTAAGTCACTTGCAGATAGATTTGCGTTCTTTTAAAATTATTCAACCAGGTGCATTGTCTTCTGATTATTGGACTGTAAATGTTGATTCAATGTTTTTTTCTCTTGTACTGGGTAGTTTTTTTTTAAGTATTTTTTATATGGTAGGAAAAAAAATTACTCAAGGTATACCAGGTAAATTACAAACTGCAATTGAGTTAATTTTTGAATTTGTAAATTTAAATGTAAAAAGCATGTATCAAGGTAAAAATGCTCTTATTGCACCTTTATCATTAACAGTATTTATTTGGGTTTTTTTAATGAATCTAATGGATTTAGTTCCGATTGATTTCTTTCCATTTATTTCTGAAAAAGTGTTTGAATTACCTGCTATGCGAATTGTACCTTCTGCTGATATTAATATTACACTATCAATGTCACTTGGCGTGTTTTTTTTAATTTTATTTTATACTGTTAAAATTAAAGGATATGTAGGCTTTTTAAAAGAACTTATTTTACAACCTTTCAACCATCCTGTATTTTCTATTTTTAATTTTATATTAGAATTTGTGTCATTGGTCTCGAAACCCATTTCTTTGGGATTGCGATTATTTGGAAACATGTACGCAGGTGAAATGATTTTTATTTTAATTGCAGGTTTGCTGCCATGGTGGACACAATGTTTTTTAAACGTACCGTGGGCTATTTTTCATATTTTAATAATTTCACTACAGGCTTTTATTTTTATGGTATTAACTATTGTATATTTATCAATGGCCTCTCAATCTCATAAAGATTAAAATCTATTGTGATTTTTTTAAAAACTGGAGTTTCTAATGGAAAATTTAAATGTTGACATGCTTTATATAGCAGTAGCTATAATGGTGGGATTAGCATCAATTGGAGCTGCAATCGGAATTGGAATTCTGGGCGGTAAGTTTTTAGAGGGAGCCGCTAGGCAACCTGATTTAGTTCCATTATTAAGAACACAGTTTTTTGTTGTCATGGGATTAGTTGATGCGATTCCAATGATTGCTGTAGGTTTAGGATTATATATGCTTTTTGCTATTTCATAATTTTTTTACTATAATTTTTTATAAAAAACATATTATTTTAGATTATTACATAAAATCTTTACGTTTTTTTAGATAACGTAAAGATTAATTTTCATATTGATATAAAAGGTGGATTCTCGTGAATCTTAATGCGACAATTCTTGGACAAGCTATTTCATTTGTTTTATTTGTCTGGTTTTGTATGAAATATATTTGGCCTCCTATTATTTTAGCTATTGAAACTAGACAGAAAGAGATTAAAGAATCATTAACTAATGCAAAAAAAGCTCGGGATGAATTATATATTCTCGAAAAAAAAATACATCAAAATATTATTGATGCCAAACAAAAAGCATCGAATATTTTAAATTCAGCAAATAAACAAAAAGTGTCAATTTTAGAAGATGCAAGAAATCAGGCGTTAGAAGAAAGTAAAAAAATTATCCTGAATACTCAATCAGAAATTAATATTGCTATTACACATGCACGTAAAAATTTACATAAAGAAGTAGTAGATTTATCTATTTCTATGGCAGAAAAAATTATCAAAAAAAATATTTCTAAAGATGATAATCAAGAGTTGTTAGATGAATTAGTTACTTCTTTATCACAGGTGAAAAATTAATGTCAGTAGCAGATACTATTGCTAGACCTTATGCTCAAGCAATTTTTGAAATTGCCATTGAGAATAATACAATTGAAAAATGGAAAAATATATTAATTTTTATTAAAACTATTGCTTCGCATAAAAAATTTAAAAATTTTTTGTCAGGTTCTATTTCACCTAAATATTTATCGTTAATATTTATCACAATTGGCACTAATATAATTGATGAAAACGCAAAAAATTTAATAAAATTATTATCTGAAAATCAACGTTTTAATATATTAAATAATATATTCGAACGATTTGTAAAATTAGAAGCATGTTATAAAAACATCATAATAGTTCAATTGAAATCAGCATTTTCTTTAAAAGAAAATCTCATTAACAAAATACGAAAAGTATTAGAACGGTTCTTCTTAAAAAAAACTAAAATTATATATAAAGTAGATCCTAATATACTTAATGGTATGATTGTAAAGGTGAATAATACTATTTTTGATTTATCTGCTCAAAATCATCTTAAACAATTATCTGATTCTTTAAATTTTTAAGAGAATAAAAATATATGAGATTAAATTCTACAGAAATCAGTAAATTAATTAAAGAAAGAATAGCGCAATTTGAAGTTTTTAATCAATCATACAATGAAGGCTCTATTATTTCTGTAAGTGATGGTATTATAAAAATCAATGGTCTTTCTAACGTAATGTTAGGTGAAATGATTTTATTGCCTAATAACGAGTATGCAATTGCTTTAAATATAGAAAGGGATACAGTTGGTGCTGTAGTTATGGGTCCCTATATTCATATTTCTGAAGGAGCTAAAGTACGGTGTACAGGGAAAATACTGGAAGTGCCAGTAGGTGATAATTTTTTAGGTCGAGTAGTAAATGCATTAGGTTTTCCTATTGATGGAAAGGATTCCATACAAAATGATGGTTTTTTTCCAGTAGAAGCTGATGCTCCTGGAGTAATTGACCGAAAATCAGTCAACCAGCCTATACAAACAGGTTATAAAGTTATCGATTCAATGAT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b/testcases/group_3/tc_single_break_long_high/run_test.sh new file mode 100755 index 0000000..98db960 --- /dev/null +++ b/testcases/group_3/tc_single_break_long_high/run_test.sh @@ -0,0 +1,45 @@ +rm -f errorDetected.txt +rm -f success + +#Generate assembly on short original with one error (2000 out of 3000) +python ../../../errorgenerator/errorGen.py -a ../../../data/buchnera/600000/buchnera-udp.assembly.fasta -o assembly.fasta -m oracle -e 500000 -l 200 + +#Generate 5x read coverage over error assembly +wgsim -1 600 -2 600 -R 0.0 -X 0.0 -e 0.0 -N 5000 assembly.fasta reads.1.fastq reads.2.fastq + +#Convert fastq to fasta +python ../../../errorgenerator/convertFASTQ.py reads.1.fastq reads.fasta + +rm -f reads.1.fastq +rm -f reads.2.fastq + + +python ../../../breakpoint-detection/generate_unaligned.py ../../../data/buchnera/600000/buchnera-udp.assembly.fasta reads.fasta singleUnaligned.txt + + +#attempt to align +python ../../../breakpoint-detection/breakpoint_indices.py -a ../../../data/buchnera/600000/buchnera-udp.assembly.fasta -u singleUnaligned.txt -o errorDetected.txt --alpha 20 --algorithm naive + + +if [ ! -f "errorDetected.txt" ] +then + echo "No errors found" + exit 1 +fi + +#run verifier +python ../../../verifier/verifier.py -o oracle -r errorDetected.txt + + +if [ ! -f "success" ] +then + echo "No errors found" + exit 1 +fi + +rm -f singleUnaligned.txt +rm -f singleErrorAssembly.fasta +rm -f singleReads.1.fasta +rm -f *.sam + +exit 0 diff --git a/testcases/group_3/tc_single_break_long_low/README.md b/testcases/group_3/tc_single_break_long_low/README.md new file mode 100644 index 0000000..db084b1 --- /dev/null +++ b/testcases/group_3/tc_single_break_long_low/README.md @@ -0,0 +1,16 @@ +Multiple breakpoint, low coverage test case +=== + +--- + + +This script creates and tests a multiple breakpoint and low coverage test case. + +Settings used for this test case + + Length of genome sequence = 3000 + Number of errors = 3000/250 = 12 + Error Length = 200 + Read Coverage = 5x + + diff --git a/testcases/group_3/tc_single_break_long_low/cleanup.sh b/testcases/group_3/tc_single_break_long_low/cleanup.sh new file mode 100755 index 0000000..7f68269 --- /dev/null +++ b/testcases/group_3/tc_single_break_long_low/cleanup.sh @@ -0,0 +1,5 @@ +#!/bin/bash + +rm -f multiple* +rm -f oracle +rm -f errorDetected* diff --git a/testcases/group_3/tc_single_break_long_low/errorDetected.txt b/testcases/group_3/tc_single_break_long_low/errorDetected.txt new file mode 100644 index 0000000..54a4f55 --- /dev/null +++ b/testcases/group_3/tc_single_break_long_low/errorDetected.txt @@ -0,0 +1,2 @@ +ContigName StartError EndError type confidence +error_0 432230 432230 break 1 diff --git a/testcases/group_3/tc_single_break_long_low/multipleErrorAssembly.fasta b/testcases/group_3/tc_single_break_long_low/multipleErrorAssembly.fasta new file mode 100644 index 0000000..bfd5ba0 --- /dev/null +++ b/testcases/group_3/tc_single_break_long_low/multipleErrorAssembly.fasta @@ -0,0 +1,2 @@ +>1 +TTATCCACAGATTTGTTCTTTACTAATAATAATAGTAATTATTATTTTTTATTTTTTTTATTTTTTTGAATTTAAACCTTAAAGAAAAGAAAAAGATCTTTTTTTTAAGATATTATGTTTTTAAGATTAACATGTGTTATCTTGAATAAAATATTAATACTATTTGAATATTTTTAAATTTTTAAAAGGTTTTTATATGTTTAATTTAAGAAATTTTGATGTAATCGTTGTTGGAGCAGGACATGCTGGTACTGAAGCAGCTATGGCTTCATCAAGAATGGGTTGTAAAACATTATTGCTCACTCAAAAAATTTCAGATTTAGGTGCTTTATCATGTAATCCAGCTATTGGAGGGATAGGAAAAAGTCATTTAGTAAAAGAAATAGATGCATTAGGTGGTATGATGGCTAAAGCTATTGATTACTCTGGTATTCAGTTTAGAATTCTGAATTCTAGCAAAGGTCCTGCTGTAAGATCTACTAGAGCTCAAGCCGATAAAATCCTGTATCATGAGACAGTAAAAAAAATATTAAAAAAGCAAAATAATTTGTTAATTTTAGAAGCAGAAGTTAAGGATTTAATTTTTAAAAATTACTCTGTTGTTGGTGTGTTAACACAAAATGAAATTAATTTCTACTCTCGTTCAGTTGTGTTAGCAGCAGGCACTTTTTTAGGAGGTAAAATACATATAGGGTTAAAAAGTTATTCTGCTGGTAGAATAGGAGATAAGTCTGCTATAGATTTATCTGTTCGTTTAAGAGAATTGTCTTTGCGAGTTAATAGATTAAAAACAGGAACGCCGCCTCGAATTGATATCAACACTGTTAATTTTAACAATTTATTAATTCAAAATAGCGATACTCCTGTTCCAGTTTTTTCATTTATGGGAAACGTTTCACATCATCCTAAACAGATACCATGTTACCTCACACATACTAATGAAAAAACACATGAAATAATACGTAAAAATTTAGATAAAAGTCCAATATATACGGGTTTTTTAAAAGGTTTAGGACCTCGATACTGTCCTTCTATTGAAGATAAAATTGTACGTTTTCCAGATAGAAAATCACATCAAGTATTTTTAGAACCTGAAGGATTATCTAGTATTAAAGTATATCCTAATGGTATTTCGACCAGTCTTCCAATAGAAGTTCAAGAACAAATAGTAGCGTCTATAAAAGGTTTAGAAAAATCCAAAATTATCAGACCTGGATATGCCATTGAATATGATTTTTTTGATCCAAAAGACTTAAATTTAACTTTAGAAAGCAAATTAATTAAAGGGTTATTTTTTGCCGGGCAAATTAACGGAACTACTGGTTATGAAGAAGCGGCTTCACAAGGATTGTTGGCAGGATTAAATGCAGCATTAAGTTCAAAGAATACTGAAGGATGGTTTCCTAGACGTGATCAAGCATATTTGGGTGTTTTAATAGATGATTTAACTACTCAAGGCACAGAGGAACCATACCGCATGTTTACTTCACGTGCCGAATATCGACTTTCTTTAAGAGAAGATAATGCAGATTTACGTTTAACTGAAATTGGTCGTAAACTTGGTTTAGTAAATGATTCAAGATGGATTCGTTATAATCAAAAAGTATTGAATATTCAAACAGAAATGAATCGTTTAAAAAAAAATAAAATAAGTCCTATATCACCAGATGCTGATATTTTAAAAAAATTATATAATATTAATTTAATTAAAGAAATAAGTATGTCTGAATTATTAAAACGACCGCAAATTAGATATCAAGACTTACAATCTCTAGAATCTTTTAGAACAGGAATTGTTGATTTGGAAGCGATAGGACAGATAGAAAATGAGATTAAATATGCAGGTTATATTAAACGACAATCAGAAGAGATCGAGCGACATTTAAAAAATGAAAATACTTTCTTATCATCTATTTATGATTATAACAAAATAAGAGGTTTATCTTCTGAGGTTGTTAAAAAATTAAATGATTACAAACCCATTTCTATTGGTCAAGCATCACGTATTTCTGGAATTACACCAGCTGCTATATCAATTTTATTAATTCATCTAAAAAAAGAATCTTATAAACATACTTTGTAGATTACAAAATGATTAATTTTTTAGTTTTCAAATCATTTTTTATAATTTTTAAAAATTAAAATTTGATTTTAATGTATTTAAAATACATAATAATTGTTTAAATTTGATTTTATTGCTAAATGGTAACTGTTTGCTGAATGTATTTTTTTTGTTGTATAATCTTTTTTAAAATTATAAAAATATGAGAGAAACATATGATTTTAGAAAAGATATCTGATCCTCAAAAATATATTAGTCATCATTTAAGTCACTTGCAGATAGATTTGCGTTCTTTTAAAATTATTCAACCAGGTGCATTGTCTTCTGATTATTGGACTGTAAATGTTGATTCAATGTTTTTTTCTCTTGTACTGGGTAGTTTTTTTTTAAGTATTTTTTATATGGTAGGAAAAAAAATTACTCAAGGTATACCAGGTAAATTACAAACTGCAATTGAGTTAATTTTTGAATTTGTAAATTTAAATGTAAAAAGCATGTATCAAGGTAAAAATGCTCTTATTGCACCTTTATCATTAACAGTATTTATTTGGGTTTTTTTAATGAATCTAATGGATTTAGTTCCGATTGATTTCTTTCCATTTATTTCTGAAAAAGTGTTTGAATTACCTGCTATGCGAATTGTACCTTCTGCTGATATTAATATTACACTATCAATGTCACTTGGCGTGTTTTTTTTAATTTTATTTTATACTGTTAAAATTAAAGGATATGTAGGCTTTTTAAAAGAACTTATTTTACAACCTTTCAACCATCCTGTATTTTCTATTTTTAATTTTATATTAGAATTTGTGTCATTGGTCTCGAAACCCATTTCTTTGGGATTGCGATTATTTGGAAACATGTACGCAGGTGAAATGATTTTTATTTTAATTGCAGGTTTGCTGCCATGGTGGACACAATGTTTTTTAAACGTACCGTGGGCTATTTTTCATATTTTAATAATTTCACTACAGGCTTTTATTTTTATGGTATTAACTATTGTATATTTATCAATGGCCTCTCAATCTCATAAAGATTAAAATCTATTGTGATTTTTTTAAAAACTGGAGTTTCTAATGGAAAATTTAAATGTTGACATGCTTTATATAGCAGTAGCTATAATGGTGGGATTAGCATCAATTGGAGCTGCAATCGGAATTGGAATTCTGGGCGGTAAGTTTTTAGAGGGAGCCGCTAGGCAACCTGATTTAGTTCCATTATTAAGAACACAGTTTTTTGTTGTCATGGGATTAGTTGATGCGATTCCAATGATTGCTGTAGGTTTAGGATTATATATGCTTTTTGCTATTTCATAATTTTTTTACTATAATTTTTTATAAAAAACATATTATTTTAGATTATTACATAAAATCTTTACGTTTTTTTAGATAACGTAAAGATTAATTTTCATATTGATATAAAAGGTGGATTCTCGTGAATCTTAATGCGACAATTCTTGGACAAGCTATTTCATTTGTTTTATTTGTCTGGTTTTGTATGAAATATATTTGGCCTCCTATTATTTTAGCTATTGAAACTAGACAGAAAGAGATTAAAGAATCATTAACTAATGCAAAAAAAGCTCGGGATGAATTATATATTCTCGAAAAAAAAATACATCAAAATATTATTGATGCCAAACAAAAAGCATCGAATATTTTAAATTCAGCAAATAAACAAAAAGTGTCAATTTTAGAAGATGCAAGAAATCAGGCGTTAGAAGAAAGTAAAAAAATTATCCTGAATACTCAATCAGAAATTAATATTGCTATTACACATGCACGTAAAAATTTACATAAAGAAGTAGTAGATTTATCTATTTCTATGGCAGAAAAAATTATCAAAAAAAATATTTCTAAAGATGATAATCAAGAGTTGTTAGATGAATTAGTTACTTCTTTATCACAGGTGAAAAATTAATGTCAGTAGCAGATACTATTGCTAGACCTTATGCTCAAGCAATTTTTGAAATTGCCATTGAGAATAATACAATTGAAAAATGGAAAAATATATTAATTTTTATTAAAACTATTGCTTCGCATAAAAAATTTAAAAATTTTTTGTCAGGTTCTATTTCACCTAAATATTTATCGTTAATATTTATCACAATTGGCACTAATATAATTGATGAAAACGCAAAAAATTTAATAAAATTATTATCTGAAAATCAACGTTTTAATATATTAAATAATATATTCGAACGATTTGTAAAATTAGAAGCATGTTATAAAAACATCATAATAGTTCAATTGAAATCAGCATTTTCTTTAAAAGAAAATCTCATTAACAAAATACGAAAAGTATTAGAACGGTTCTTCTTAAAAAAAACTAAAATTATATATAAAGTAGATCCTAATATACTTAATGGTATGATTGTAAAGGTGAATAATACTATTTTTGATTTATCTGCTCAAAATCATCTTAAACAATTATCTGATTCTTTAAATTTTTAAGAGAATAAAAATATATGAGATTAAATTCTACAGAAATCAGTAAATTAATTAAAGAAAGAATAGCGCAATTTGAAGTTTTTAATCAATCATACAATGAAGGCTCTATTATTTCTGTAAGTGATGGTATTATAAAAATCAATGGTCTTTCTAACGTAATGTTAGGTGAAATGATTTTATTGCCTAATAACGAGTATGCAATTGCTTTAAATATAGAAAGGGATACAGTTGGTGCTGTAGTTATGGGTCCCTATATTCATATTTCTGAAGGAGCTAAAGTACGGTGTACAGGGAAAATACTGGAAGTGCCAGTAGGTGATAATTTTTTAGGTCGAGTAGTAAATGCATTAGGTTTTCCTATTGATGGAAAGGATTCCATACAAAATGATGGTTTTTTTCCAGTAGAAGCTGATGCTCCTGGAGTAATTGACCGAAAATCAGTCAACCAGCCTATACAAACAGGTTATAAAGTTATCGATTCAATGAT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+ATGGAAAATGGTTTTCGCAAGCTTATTTATCAAAAAAATGCATATAAGAAATTGATGTTTTAAAATTATTGTTTTATCTTGATAAAATTTCAAATGAATAATTGTATGGATTCATTTTATTTTTGGTATTTTTTTTTCTAAATAATGTTTTCCAATATGGATATAACTTATATTCAGGAAAATAAGCATCACCAACAATATCAATATCTATATGAGTTAAATATAATTTATTAGCATAAAATAGCATTTCTTTATATATTTTAGCACCACCAATAATCATAATTTCTTGATTGTATTGTGCAGATATAATTGCATTAGATATTGAATCAGCCCAAATAATACCCTCTTGTTTGATTTCATTGCTACTAATAACTATGTTTTTACGCATTGGTAAGGGTTTTTTTTTAATAGACTCCCAAGTTAATCGACCCATAATTATGTTTTTATTAATCGTTTTTTGTTTAAACCATTTTAAATCTTCTGGAAGATACCAAGGTATTTTATTTTTATATCCGATAACTAAATTTTTAGATATAGCAGCAATTAAACTTATATTCATGTGAATATAGAGAACATCCCTTCATATAAATTATAAATATG +>1_378076_378675_0:0:0_0:0:0_3e3/1 +ATCAAAGGTAAATAACGTTTTATTATTTTCTACATGTACTTTAGGTTGAATCGTACTATGATCTGATAATCTTGTTACTATAAAATTTTTATCTTTAAAATATATAACATAATTCGTATTTTTAGCATCGCTAATAACAAGCCATTTTGCAGATACTTTAGAAGATGAACGATTACTTGAACTAGCTATTACTTCTGGTTGACTAATGTTAAAAATTTGTCTACCTAGGTGTCCGAACATATCATATCCTATTGCATGATAGGAGTTAATACTATCAGCAAAATTAATTATTAACTGTCCGATTTTATTTCTTGTATTTGTTAGCTCTTCTCTACGAAATTTAAGAAGAGCTCCTAAGGTGGCAGTCGGAATCATATCTTCTATTTTTTTTGCTACTTTGTCGTTAGTATCAACATATCCTACACTTATATATCTTTCATCTGATGTAGATGTTAATGCAATTAAATTTTGTTTTTTATTATTGTCTATAATAGATATACCATTATTTAGATTAAGTTTATAATTATCATGATCTTTAATAACTTTAATTCCAATTAAACCATTTAATTCGTCTACCAGACGATCTCGTTGTTCGATAAG +>1_356792_357391_0:1:0_0:1:0_3e4/1 +TATATTTGATTTTTCAGTAAAAGCACCAGGATTAGAACAAGAATATAAAATAGAAAATTCCCAGCTAAAATCCAGTCAATTTAGTAAGAAATATTCTAAAAATTCAATTGATGCTTACGAAAGATTGTTATTTGAAATTATGAGAGGTGTACAATCTTTATTCGTATGCCGAGATGAAATAGAAGCTGCGTGGAAATGGATAGATCCCATCATACATGCATGGAAAAATTCTAAAAATAATGCCCCTCAATTATATATGTCTGGTACTTGGGGGCCTAAAAATTCTGATTTGCTACTTGCTCATGATGGTCGTGTTTGGTATGAATTTCATTAAAAAAATCTTAAAAAATTTATCCATCTTGACTTAATTAAGATAACTATGATAGCTTAAAAATTAATTTTTTAATATTTTTTATAAATTAAAATAACATAAAAAAAATACAGGTTTTCATATTAAAAATATTTAGTTTAAAATACATGAAAACACCCATCTTGCTAATCGAGGAAGATAATATCTGATGACTCGTATTGTTCTTTTCTTATTAACTAATTTAGCAGTTATGTTAATATTTAGTCTAATTCTTTTCCTGACAGGTATTC +>1_110040_110639_0:0:0_0:0:0_3e5/1 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+ACATATTGTTACTGCTATATCTAACGGATTATCTCTTGGTCGTATTCATCATGCATGGTTATTATCTGGTACTAGAGGAATCGGAAAGACTACTATCGCTCGCTTACTTGCTAAAAGTCTAAATTGTCAAAATGGAATCACATCAGATCCTTGTAGACAATGTATTATTTGTAAAGAAATAGAAAAAGGGTTATGTTTAGACGTAATTGAAATAGATGGAGCTTCTCGGACTAAAGTTGAAGAAATGCGAGAAATTTTAGATAGTATTTATTATTCTCCTATTAAAAGTCGTTTTAAAGTATATTTAATTGATGAAGTACACATGCTTTCTCGTCATAGTTTTAATGCACTTCTTAAAACTCTTGAAGAACCACCTGAACATGTTAAGTTTGTTTTAGCAACTACAGATGTAGACAGAATCCCTAAAACTATTATCTCTCGTTGTTTGTATTTTAAATTGCAAATAATATCTGAAGAAAAAATTTTCAAATTTTTAAAGTATATTTTAATTAAAGAATCTATTGATACAGATGAATATTCTTTAAAAAAAATAGCTTATCATGCTCATGGAAGTATACGCGATGCACTTAATTTACTAGA +>1_174034_174633_0:2:0_0:2:0_3e7/1 +TATAAATATAGAAAATATACCTATATTTAAAGTATATCGTTTGAAAATAAAATCTTGTATAGTAGATAAAAATAAAAACCCGATTAGTGGAAATAAAATTATGAAAAAAATAATACTCATCCATTCATCTCACTTAAAATATCAATATTTAATGTTTTCTTTCGCCTATAAAGTTGTAATAATAATGCTAAAGCTATACTGGCTTCTGATGCGGCTAAAGTTATGACGAATATATACATTATTTGACCATATGCTTGATGCCAGTAACTACCAACTACTATTAACGCTAATCCAACAGCATTCATCATTATTTCTAAACTAATTAATATAAATAATATATTACGTCTGAAAATTAAAGATGTTAAACCTAAAATAAATAATATTAATGATAAAAATAACCCGTGAAATAAAGAAATCATGAATTATTGCCCTTAATAAAGATCAATTAATTACAAAACTTTATTTTTATCTACATTTTTTTCGGTTCCAATATGAAAAATAACGACTAAAGCAGATAATAAAAGAATGGAAGACAGTTCAACTAAAAATACATAAGGACCAAATAAATTTATACCTACTATTTTTGAATCAATTAAAAAT diff --git a/testcases/group_3/tc_single_break_long_low/oracle b/testcases/group_3/tc_single_break_long_low/oracle new file mode 100644 index 0000000..080274a --- /dev/null +++ b/testcases/group_3/tc_single_break_long_low/oracle @@ -0,0 +1 @@ +>1 432229 432429 break 100 diff --git a/testcases/group_3/tc_single_break_long_low/run_test.sh b/testcases/group_3/tc_single_break_long_low/run_test.sh new file mode 100755 index 0000000..d82282b --- /dev/null +++ b/testcases/group_3/tc_single_break_long_low/run_test.sh @@ -0,0 +1,45 @@ +rm -f errorDetected.txt +rm -f success + +#Generate assembly on short original with one error (2000 out of 3000) +python ../../../errorgenerator/errorGen.py -a ../../../data/buchnera/600000/buchnera-udp.assembly.fasta -o assembly.fasta -m oracle -e 500000 -l 200 + +#Generate 5x read coverage over error assembly +wgsim -1 600 -2 600 -R 0.0 -X 0.0 -e 0.0 -N 1000 assembly.fasta reads.1.fastq reads.2.fastq + +#Convert fastq to fasta +python ../../../errorgenerator/convertFASTQ.py reads.1.fastq reads.fasta + +rm -f reads.1.fastq +rm -f reads.2.fastq + + +python ../../../breakpoint-detection/generate_unaligned.py ../../../data/buchnera/600000/buchnera-udp.assembly.fasta reads.fasta singleUnaligned.txt + + +#attempt to align +python ../../../breakpoint-detection/breakpoint_indices.py -a ../../../data/buchnera/600000/buchnera-udp.assembly.fasta -u singleUnaligned.txt -o errorDetected.txt --alpha 20 --algorithm naive + + +if [ ! -f "errorDetected.txt" ] +then + echo "No errors found" + exit 1 +fi + +#run verifier +python ../../../verifier/verifier.py -o oracle -r errorDetected.txt + + +if [ ! -f "success" ] +then + echo "No errors found" + exit 1 +fi + +rm -f singleUnaligned.txt +rm -f singleErrorAssembly.fasta +rm -f singleReads.1.fasta +rm -f *.sam + +exit 0 diff --git a/testcases/group_3/tc_single_break_low/README.md b/testcases/group_3/tc_single_break_low/README.md new file mode 100644 index 0000000..ff92c30 --- /dev/null +++ b/testcases/group_3/tc_single_break_low/README.md @@ -0,0 +1,14 @@ +Single breakpoint, low coverage test case +=== + +--- + + +This script creates and tests a single breakpoint and low coverage test case. + +Settings used for this test case + + Length of genome sequence = 3000 + Number of errors = 1 + Error Length = 200 + Read Coverage = 5x (50 reads of length 300) \ No newline at end of file diff --git a/testcases/group_3/tc_single_break_low/cleanup.sh b/testcases/group_3/tc_single_break_low/cleanup.sh new file mode 100755 index 0000000..ef2af3e --- /dev/null +++ b/testcases/group_3/tc_single_break_low/cleanup.sh @@ -0,0 +1,5 @@ +#!/bin/bash + +rm -f single* + +rm -f errorDetected* diff --git a/testcases/group_3/tc_single_break_low/run_test.sh b/testcases/group_3/tc_single_break_low/run_test.sh new file mode 100755 index 0000000..3bf8c7d --- /dev/null +++ b/testcases/group_3/tc_single_break_low/run_test.sh @@ -0,0 +1,45 @@ +rm -f errorDetected.txt +rm -f success + +#Generate assembly on short original with one error (2000 out of 3000) +python ../../../errorgenerator/errorGen.py -a ../../../data/buchnera/3000/buchnera-udp.assembly.fasta -o assembly.fasta -m oracle -e 2000 -l 200 + +#Generate 5x read coverage over error assembly +wgsim -1 300 -2 300 -R 0.0 -X 0.0 -e 0.0 -N 50 assembly.fasta reads.1.fastq reads.2.fastq + +#Convert fastq to fasta +python ../../../errorgenerator/convertFASTQ.py reads.1.fastq reads.fasta + +rm -f reads.1.fastq +rm -f reads.2.fastq + + +python ../../../breakpoint-detection/generate_unaligned.py ../../../data/buchnera/3000/buchnera-udp.assembly.fasta reads.fasta singleUnaligned.txt + + +#attempt to align +python ../../../breakpoint-detection/breakpoint_indices.py -a ../../../data/buchnera/3000/buchnera-udp.assembly.fasta -u singleUnaligned.txt -o errorDetected.txt --alpha 20 --algorithm naive + + +if [ ! -f "errorDetected.txt" ] +then + echo "No errors found" + exit 1 +fi + +#run verifier +python ../../../verifier/verifier.py -o oracle -r errorDetected.txt + + +if [ ! -f "success" ] +then + echo "No errors found" + exit 1 +fi + +rm -f singleUnaligned.txt +rm -f singleErrorAssembly.fasta +rm -f singleReads.1.fasta +rm -f *.sam + +exit 0 diff --git a/testcases/group_3/tc_single_break_mid_high/README.md b/testcases/group_3/tc_single_break_mid_high/README.md new file mode 100644 index 0000000..db084b1 --- /dev/null +++ b/testcases/group_3/tc_single_break_mid_high/README.md @@ -0,0 +1,16 @@ +Multiple breakpoint, low coverage test case +=== + +--- + + +This script creates and tests a multiple breakpoint and low coverage test case. + +Settings used for this test case + + Length of genome sequence = 3000 + Number of errors = 3000/250 = 12 + Error Length = 200 + Read Coverage = 5x + + diff --git a/testcases/group_3/tc_single_break_mid_high/cleanup.sh b/testcases/group_3/tc_single_break_mid_high/cleanup.sh new file mode 100755 index 0000000..7f68269 --- /dev/null +++ b/testcases/group_3/tc_single_break_mid_high/cleanup.sh @@ -0,0 +1,5 @@ +#!/bin/bash + +rm -f multiple* +rm -f oracle +rm -f errorDetected* diff --git a/testcases/group_3/tc_single_break_mid_high/errorDetected.txt b/testcases/group_3/tc_single_break_mid_high/errorDetected.txt new file mode 100644 index 0000000..e1b6f90 --- /dev/null +++ b/testcases/group_3/tc_single_break_mid_high/errorDetected.txt @@ -0,0 +1,2 @@ +ContigName StartError EndError type confidence +error_0 2399 2399 break 6 diff --git a/testcases/group_3/tc_single_break_mid_high/multipleErrorAssembly.fasta b/testcases/group_3/tc_single_break_mid_high/multipleErrorAssembly.fasta new file mode 100644 index 0000000..cf3fba1 --- /dev/null +++ b/testcases/group_3/tc_single_break_mid_high/multipleErrorAssembly.fasta @@ -0,0 +1,2 @@ +>1 +AAGCTTATTCTCTTGGAATTAGAAATTCTACATCAAAAATTTCCAAAATTATTCACGATGTTAGCAATAAAATATAAACAATTGCTAACAATACAAATATTAAATATTTTTACTTAAAAAATTAAAAAATGAACATAAATAAGATAAAAAAAAATAATTTTTTTAAAGAAAAAAAAATTCTAAAAATTCATCTGATTGGAATTGCTGGATCAGGAATGAGTGGAATTGCTTTAATTTTATTCAATTTAGGATATAAAATCAGTGGTTCGGATTTATTAGAAAACTTTATGACAAAAAAATTAAAAAATATGGGAATAAATATTTATTTTCAACATTCTGAAGAAAATATTAAATATGCTGATTTTATTATTATATCTAGTGCGATTCCTTCTGATAATCCCGAAATTAAAGCAGCTAAAAAAAAAATATTCCTATATTATTAAGAGCTGAAATGCTTCAAATATTCATGCAATTTAAATTTGGAATAGCAGTTTCAGGGACACATGGAAAAACTACACTACTTGCAATGATTTTTGATATATTAAATCAAAATAAATTAGATCCTACAGTTATTAATGGAGGTTTGATAAAATCAATTAATTCTCATGCAAAACTTGGGTTTTCTAAATATTTTATTGCAGAAGCAGATGAAAGTGATGGTTCTTTTCTTTGTTTAAATCCAACAACAGCTATTATAACTAATATAGAACCTGATCATATAGATAATTATAATGGTGAATTTAAACTATTAAAAAAAACATTTTTAGATTTCTTAAATAAAATTCCATCATACGGTATTGCTATACTATGTACAGACAACAAAGCCATTCTTAATATTTTACCGAAAATAAAATGCAAAGTTATTACATATGGATTTAATAAAAGTGCAGAATTTCGTATTACATCTTATAAACAATCTGATTTTATAAGTAATTTTACATTAATTAGAAAAAAACAATTAAATAATTTAGAAATTATCTTAAATTTACCCGGTGAACATAACGCATTAAATGCTACAGCTGCTATTGCTTTTGCAACATATCAAAAAATACCTGATGAAAAAATTTATCAATCGTTAAAAAATTTTAAAGGCACTTCAAGACGATTTGAATATGTTGGAAAATTATTTATAAAAAAAAAATCTATTCAAAATAAAAGTGTTATGTTAATAAATGATTATGGACATCATCCTACTGAATTATCTGAAACTATTAAAACAATACGAAAAAGCTGGCCTAAAAAAAATTTAATAATGATATTTCAACCTCATCGATATACAAGAACCCGAAATCTATATTTCGATTTTATTAAAATTTTATCTCAAGTAGACTCTTTATTAATACTAAATGTATATTCTGCAAACGAATCATTTATTTCAGGAGCAGATAGTTTTTCACTTTATAGTGACATAAAGAAAATAAAAAAAAATGTAATCTTAGTAACTAATCGCAATTTAATATTAAATTATCTTCTGCCTCATTTAAACGGAAATGATATTATTTTAATACAAGGTGCGGGAGATATAGATACTATAATAAATAAAATTTTTATCTTAAAAAATAAAAAAGTGATAATATGAAAAAAAAAATAGCAGTATTATTAGGAGGAATTCTTTCTGAAAGGAAAATTTCAATTAAATCAGGATATGCAATTCTTCAAAGTTTATTAAGATCTGGATTTAACGCATATGCAATTGATACTCGTGATTTTCCTATTATGCAACTAAAAAAACAAGGTTTTGACAGTGCTTATATTGCACTGCATGGAACAGGAGGTGAAGATGGTAGTATTCAAGGAATTCTTGAATATTTAAATATTCCTTATACAGGTAGTGGAATCATGTCCTCTGCAATTTCTTTAGATAAATGGAGAACTAAATTATTGTGGAAATCTTTATCGCTGCGAGTATTACCAGATATATATCTACAAAAAAAAGATATTTCAAAATATACGTATTCTTATATTTTAAAAAAAATTTTAAAATTAAAATTTCCCGTTGTAATAAAACCAAATAATGCTGGTTCTAGTATAGGAATCACAATAGTTAATCATCCAGATCTATTAATTGACTCTATTAATCTCGCATTCAATTATAGTAATAATATAATTATTGAAAAATTTTTAAAAGGAACGGAATACACAGTATCAATTCTTAATAAAAAAGTATTACCTCCGATAAAAATTATTACAAAAAATAATTTTTACGATTATAGTTCTAAATATATAGAATCTTCGACTGAATATATATGTCCAAGTGGATTAAATTATCAAAAAGAAGAAGAGTTAAAAAAAATTGTAGAAATAGCTTGGAATTCTTTAGGATGTAAAGGTTGCGGAAGAATAGATGCAATATTAGATAATAAAGATAAATTTTGGTTGTTAGAAATAAACACTATTCCATATAAGACAAGACTAGAAATAACTTCTTTAAAAATTAAAATTTATCAAAATAATTAGTTTTTTAATTTTTAATCATTATTAATATTTTTAATAAAAAAAATAAATAAATAAATAAAAGTTTTAAAAATTATAGTCTAAGTGTTTACTATAGGATATGAAAAACGACCGGTAACCTTGATTTGAAGCTACTCAGTACGGTCTATATTAGTGATATTTGTAATTTAATAAATAGCTATATCCTATAATATTTTTTTAAATAATCTTGTATAAATAAAAAAATAAACTAATTTATAAAAATTAATCATTTCTATAAAATAAACACCGTAAAAAAGCAAATATTATTTATATTAAATAATTACGTTATAAAATAAATATAAAAAATTAGAAATCCTGTTTTATTATAAAAGTAATATTTAAAAATATAGTATAGGCTAAAGAATAATGATTATATCAAAAAATAGAAAATTAGTAGTTGGATTAGAGATCGGCACTACGAAAGTGGTAACTTTAGTAGGAGAAGTTTTAACAAATGGTAAAATAAAAATAATTGGAATCGGAATATGTCAATCTAACGGAATAGACAAAGGTAGAATAAATGATTTAGATGCAGTAATTTCATGTATACGAGAATCTATCCATCAAGCTGAAATTATGGCTAATTGTCAAATAACTTCTGTTTATTTATCTTTGTCAAGTAAGTATATTAACTGTCCAAATGAAATAGGCATAGTTCCTATTTCTGAAGATGAAGTTACAAAGGAAGATATAGAAAACGTAATACATACTGCAAAATCTGTAAAAATTCTTAATGAACATCATATATTACATGTAATTCCACAAGAGTATTCTATTGATCAACAATCTGGTATAAAAAATCCTATAGGTTTATCTGGAACAAGAATGCAAGTAAGAGTACATTTAATTACATGTCATCAAAATATGGCTAAAAATATTATTAAAGCAGTAGAAAAGTGTGATATTAAAGTTGATCAAGTTATATTTTCTGGTCTTGCTTCTAGCAAAGCTGTTTTAACTGAAGATGAATGTAAACTGGGCGTTTGTATGATTGACATAGGAGGAGGAACAATAGACCTTATTACTTATATTGATGGATCTATACAAGATAGTCAGGTTATTCCATATGCAGGTAATATTGTAACTAAAGATATTTCATATGCTTTTAGTACATCTTATTCTGATTCAGAAAAGATCAAAATTAAATATGGTTCTGCAATAAAACTTTCTCCTGGAACATCAAAAAACATTGATTTGTCCAGTAAATATGGAAATTTTCAGAAAAATTTACAACAAGATACAGTGATAGAAGTAATTGATTCAAGATATAATGAATTATTGCATTTAATTAACAATAGAATTCTTTATGTACAAAAAAAACTTTATAAAGAAGGAAGAAAATATCAATTAACAGGTGGTATAGTTCTTACTGGAGGTGCTTCAACAATTTCGTTTTTAACAGAATGTGCAGAAAAAATTTTCCAAAAAAAAATTCGAATTGCCAAACCTCTTAATATTTCAGGACTAACAGACAATGTAACTGAACCGCATTATTCAACAGTAGTTGGCTTATTACACTACGGAAAAGAATTTTACTTTGATGACACAAACCAAAAAAGGGAAATTTCTTTTATTGAAAAATGGTTTCAAAAAATTAGTAATTGGTTTAAAAAAGAATTTTAAAAATTAAAAAACCTTCTAACATTAAAGATAGATAATGGAATTAAATTATGTTTGAACCTGTAGAATTAAGTAATAATGCAGTAATTAAGGTAGTTGGTGTTGGTGGTGGTGGTGGAAATGCAGTAGAACATATGGTACGAGAACGAATTGAAGGTGTTGAATTTTTTGCTATTAATACTGATGCGCAAGCTTTAAGAAAGGTAGAAGTGGGACAAACTATACAAATAGGGAATAATATTACTAAAGGATTAGGAGCTGGTGCCAATCCAGAAATTGGAGTAACTTCGGCAGAAGAAGATAAAGAATTATTAAAATCTGCATTAGATGGTTCTGATATGGTATTTATAGCAGCAGGAATGGGTGGAGGAACTGGAACTGGAGCAGCACCTGTAGTTGCAGAAATAGCAAAAGAATTAGGTATTTTAACAGTTGCTGTAGTAACAAAACCCTTTAATTTTGAAGGTAAAAAAAGAATGATGGTTGCTGATCAAGGAGTTTTAGAACTATCAAAACATGTAGATTCTTTGATTACAATACCTAATGACAAATTACTCAAAGTATTAAGTCGAGGTATTTCTTTATTAGATGCTTTTGGTGCCGCTAACAACGTTTTAAAAGGAGCTGTACAAGGAATTGCAGAATTAATTACTCGACCTGGTTTAATGAACGTAGATTTTGCCGACGTGAGAACTGTTATGGTTGAAATGGGATATGCAATGATGGGAACTGGAATATCTTCTGGAGAAAATCGTGCTGAAGAAGCCGCAGAAATTGCTATATCTAGCCCCTTGTTAGAAGATATAGATTTATCAGGAGCACGAGGTGTCTTAGTGAATATTACCGCTGGTTTTGATTTAAAATTAGATGAATTTGAAACTGTGGGTAATACCATTAGATCTTT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+ATCTACTCCTATTGCTGAAGAAAATTGATTTTTTATTTTTTTTATACAATTACTTTTTCTAATAAAAGAATCTCCAGTAACAAGTAGTCCTGTCAAAAATTTAAATTTAAATTCAACAGCAATTTCTTTTAGAATTTCACGTAAATTTTTATTTGTTTTAAAGGTTTGAGGATATTCAGGTATTTGTCCCTTAGAATAGCCAAAATTTGTTAAATCTACATCATAGTAACATGTTTTTTTGGGAATAATAATATCACCTATCTTTAAACAAGCATTTAAACTTCCCGCAGAACCACTATTAATAATAAAATCAGGTTGAAATAAATTTATACTAATCGTAGTAGACATACTAGCAGAAACTTTTCCAATTCCTGATAGAATCAAGAAAATTTCTATTTTTTTAAATGTTCCTGTATAAATTTTAATATTGCCAATTTTTTTTATTTTTAAATTATTTATGATTTCTTTGATTTTTCTAATTTCTTGTTCTATAGCACCAATGATTCCAATTTTCATTTTTTCCAATAAGATATAATTTTTTTAGAGTATTAATAATTTTTAGAATTTTAATTTTTTAAAATTAATGCAATATTTTAAATACTGAAAGATAGACCGCATCCGCAGGTGTTTTTAGCGTTTGGATTAGATACTATAAATTTTGACCCTTCTAAATTTTCTAAATAATCTATTGTACCACCAT +>1_917_1616_0:0:0_0:0:0_5f/1 +GAAAGAATTCCTCCTAATAATACTGCTATTTTTTTTTTCATATTATCACTTTTTTATTTTTTAAGATAAAAATTTTATTTATTATAGTATCTATATCTCCCGCACCTTGTATTAAAATAATATCATTTCCGTTTAAATGAGGCAGAAGATAATTTAATATTAAATTGCGATTAGTTACTAAGATTACATTTTTTTTTATTTTCTTTATGTCACTATAAAGTGAAAAACTATCTGCTCCTGAAATAAATGATTCGTTTGCAGAATATACATTTAGTATTAATAAAGAGTCTACTTGAGATAAAATTTTAATAAAATCGAAATATAGATTTCGGGTTCTTGTATATCGATGAGGTTGAAATATCATTATTAAATTTTTTTTAGGCCAGCTTTTTCGTATTGTTTTAATAGTTTCAGATAATTCAGTAGGATGATGTCCATAATCATTTATTAACATAACACTTTTATTTTGAATAGATTTTTTTTTTATAAATAATTTTCCAACATATTCAAATCGTCTTGAAGTGCCTTTAAAATTTTTTAACGATTGATAAATTTTTTCATCAGGTATTTTTTGATATGTTGCAAAAGCAATAGCAGCTGTAGCATTTAATGCGTTATGTTCACCGGGTAAATTTAAGATAATTTCTAAATTATTTAATTGTTTTTTTCTAATTAATGTAAAATTACTTATAAAATCAGA +>1_4645_5344_0:0:0_0:0:0_60/1 +AATATTTCTTAATATATTCATTTTTTAAATGCTTGTAAGAAAAGTTAATCAGATCGTTTGCTAAGAAATGCTGGAATATCTAAATATTCTGGTTCCTTTCTTTTTTTATTATCTGTTTCTTTTATTTCATTTTTTACATTTTTTTTATCTATTGCTGTAGGAGAAATATTTAAATATTGATAGCGATAATCCATTAGTATTTCTTTAGAAGATTTATTTTTTGTCTGATTGACATCTGAATATTTTTCCATTCCAATACCTGTTGCAACTACTGTTACTCGAAGTGTATCATTCATATCAGGATCTAAAGAAGTTCCTATAACCACTGTTGCGTTATCTGAAGCGAAAGATCTAATGGTATTACCCACAGTTTCAAATTCATCTAATTTTAAATCAAAACCAGCGGTAATATTCACTAAGACACCTCGTGCTCCTGATAAATCTATATCTTCTAACAAGGGGCTAGATATAGCAATTTCTGCGGCTTCTTCAGCACGATTTTCTCCAGAAGATATTCCAGTTCCCATCATTGCATATCCCATTTCAACCATAACAGTTCTCACGTCGGCAAAATCTACGTTCATTAAACCAGGTCGAGTAATTAATTCTGCAATTCCTTGTACAGCTCCTTTTAAAACGTTGTTAGCGGCACCAAAAGCATCTAATAAAGAAATACCTCGACTTAATACTTTGAGTAATT +>1_4180_4879_0:1:0_0:1:0_61/1 +TAATTAAGGTAGTTGGTGTTGGTGGTGGTGGTGGAAATGCAGTAGAACATATGGTACGAGAACGAATTGAAGGTGTTGAATTTTTTGCTATTAATACTGATGCGCAAGCTTTAAGAAAGGTAGAAGTGGGAAAAACTATACAAATAGGGAATAATATTACTAAAGGATTAGGAGCTGGTGCCAATCCAGAAATTGGAGTAACTTCGGCAGAAGAAGATAAAGAATTATTAAAATCTGCATTAGATGGTTCTGATATGGTATTTATAGCAGCAGGAATGGGTGGAGGAACTGGAACTGGAGCAGCACCTGTAGTTGCAGAAATAGCAAAAGAATTAGGTATTTTAACAGTTGCTGTAGTAACAAAACCCTTTAATTTTGAAGGTAAAAAAAGAATGATGGTTGCTGATCAAGGAGTTTTAGAACTATCAAAACATGTAGATTCTTTGATTACAATACCTAATGACAAATTACTCAAAGTATTAAGTCGAGGTATTTCTTTATTAGATGCTTTTGGTGCCGCTAACAACGTTTTAAAAGGAGCTGTACAAGGAATTGCAGAATTAATTACTCGACCTGGTTTAATGAACGTAGATTTTGCCGACGTGAGAACTGTTATGGTTGAAATGGGATATGCAATGATGGGAACTGGAATATCTTCTGGAGAAAATCGTGCTGAAGAAGCCGCAGAAATTGCTATATC +>1_4381_5080_0:0:0_0:0:0_62/1 +CTTCGGCAGAAGAAGATAAAGAATTATTAAAATCTGCATTAGATGGTTCTGATATGGTATTTATAGCAGCAGGAATGGGTGGAGGAACTGGAACTGGAGCAGCACCTGTAGTTGCAGAAATAGCAAAAGAATTAGGTATTTTAACAGTTGCTGTAGTAACAAAACCCTTTAATTTTGAAGGTAAAAAAAGAATGATGGTTGCTGATCAAGGAGTTTTAGAACTATCAAAACATGTAGATTCTTTGATTACAATACCTAATGACAAATTACTCAAAGTATTAAGTCGAGGTATTTCTTTATTAGATGCTTTTGGTGCCGCTAACAACGTTTTAAAAGGAGCTGTACAAGGAATTGCAGAATTAATTACTCGACCTGGTTTAATGAACGTAGATTTTGCCGACGTGAGAACTGTTATGGTTGAAATGGGATATGCAATGATGGGAACTGGAATATCTTCTGGAGAAAATCGTGCTGAAGAAGCCGCAGAAATTGCTATATCTAGCCCCTTGTTAGAAGATATAGATTTATCAGGAGCACGAGGTGTCTTAGTGAATATTACCGCTGGTTTTGATTTAAAATTAGATGAATTTGAAACTGTGGGTAATACCATTAGATCTTTCGCTTCAGATAACGCAACAGTGGTTATAGGAACTTCTTTAGATCCTGATATGAATGATACACTTCGAGTAACAGTAGTTGC +>1_443_1142_0:0:0_0:0:0_63/1 +ATTTTTTTTTTATAAATAATTTTCCAACATATTCAAATCGTCTTGAAGTGCCTTTAAAATTTTTTAACGATTGATAAATTTTTTCATCAGGTATTTTTTGATATGTTGCAAAAGCAATAGCAGCTGTAGCATTTAATGCGTTATGTTCACCGGGTAAATTTAAGATAATTTCTAAATTATTTAATTGTTTTTTTCTAATTAATGTAAAATTACTTATAAAATCAGATTGTTTATAAGATGTAATACGAAATTCTGCACTTTTATTAAATCCATATGTAATAACTTTGCATTTTATTTTCGGTAAAATATTAAGAATGGCTTTGTTGTCTGTACATAGTATAGCAATACCGTATGATGGAATTTTATTTAAGAAATCTAAAAATGTTTTTTTTAATAGTTTAAATTCACCATTATAATTATCTATATGATCAGGTTCTATATTAGTTATAATAGCTGTTGTTGGATTTAAACAAAGAAAAGAACCATCACTTTCATCTGCTTCTGCAATAAAATATTTAGAAAACCCAAGTTTTGCATGAGAATTAATTGATTTTATCAAACCTCCATTAATAACTGTAGGATCTAATTTATTTTGATTTAATATATCAAAAATCATTGCAAGTAGTGTAGTTTTTCCATGTGTCCCTGAAACTGCTATTCCAAATTTAAATTGCATGAATATTTGAAGCATTTCAGCTCT diff --git a/testcases/group_3/tc_single_break_mid_high/oracle b/testcases/group_3/tc_single_break_mid_high/oracle new file mode 100644 index 0000000..ede2882 --- /dev/null +++ b/testcases/group_3/tc_single_break_mid_high/oracle @@ -0,0 +1 @@ +>1 2399 2599 break 100 diff --git a/testcases/group_3/tc_single_break_mid_high/run_test.sh b/testcases/group_3/tc_single_break_mid_high/run_test.sh new file mode 100755 index 0000000..253c4b8 --- /dev/null +++ b/testcases/group_3/tc_single_break_mid_high/run_test.sh @@ -0,0 +1,45 @@ +rm -f errorDetected.txt +rm -f success + +#Generate assembly on short original with one error (2000 out of 3000) +python ../../../errorgenerator/errorGen.py -a ../../../data/buchnera/7000/buchnera-udp.assembly.fasta -o assembly.fasta -m oracle -e 5000 -l 200 + +#Generate 5x read coverage over error assembly +wgsim -1 700 -2 700 -R 0.0 -X 0.0 -e 0.0 -N 100 assembly.fasta reads.1.fastq reads.2.fastq + +#Convert fastq to fasta +python ../../../errorgenerator/convertFASTQ.py reads.1.fastq reads.fasta + +rm -f reads.1.fastq +rm -f reads.2.fastq + + +python ../../../breakpoint-detection/generate_unaligned.py ../../../data/buchnera/7000/buchnera-udp.assembly.fasta reads.fasta singleUnaligned.txt + + +#attempt to align +python ../../../breakpoint-detection/breakpoint_indices.py -a ../../../data/buchnera/7000/buchnera-udp.assembly.fasta -u singleUnaligned.txt -o errorDetected.txt --alpha 20 --algorithm naive + + +if [ ! -f "errorDetected.txt" ] +then + echo "No errors found" + exit 1 +fi + +#run verifier +python ../../../verifier/verifier.py -o oracle -r errorDetected.txt + + +if [ ! -f "success" ] +then + echo "No errors found" + exit 1 +fi + +rm -f singleUnaligned.txt +rm -f singleErrorAssembly.fasta +rm -f singleReads.1.fasta +rm -f *.sam + +exit 0 diff --git a/testcases/group_3/tc_single_break_mid_low/README.md b/testcases/group_3/tc_single_break_mid_low/README.md new file mode 100644 index 0000000..db084b1 --- /dev/null +++ b/testcases/group_3/tc_single_break_mid_low/README.md @@ -0,0 +1,16 @@ +Multiple breakpoint, low coverage test case +=== + +--- + + +This script creates and tests a multiple breakpoint and low coverage test case. + +Settings used for this test case + + Length of genome sequence = 3000 + Number of errors = 3000/250 = 12 + Error Length = 200 + Read Coverage = 5x + + diff --git a/testcases/group_3/tc_single_break_mid_low/cleanup.sh b/testcases/group_3/tc_single_break_mid_low/cleanup.sh new file mode 100755 index 0000000..7f68269 --- /dev/null +++ b/testcases/group_3/tc_single_break_mid_low/cleanup.sh @@ -0,0 +1,5 @@ +#!/bin/bash + +rm -f multiple* +rm -f oracle +rm -f errorDetected* diff --git a/testcases/group_3/tc_single_break_mid_low/errorDetected.txt b/testcases/group_3/tc_single_break_mid_low/errorDetected.txt new file mode 100644 index 0000000..0aa2e65 --- /dev/null +++ b/testcases/group_3/tc_single_break_mid_low/errorDetected.txt @@ -0,0 +1,2 @@ +ContigName StartError EndError type confidence +error_0 3353 3353 break 2 diff --git a/testcases/group_3/tc_single_break_mid_low/multipleErrorAssembly.fasta b/testcases/group_3/tc_single_break_mid_low/multipleErrorAssembly.fasta new file mode 100644 index 0000000..389bf01 --- /dev/null +++ b/testcases/group_3/tc_single_break_mid_low/multipleErrorAssembly.fasta @@ -0,0 +1,2 @@ +>1 +AAGCTTATTCTCTTGGAATTAGAAATTCTACATCAAAAATTTCCAAAATTATTCACGATGTTAGCAATAAAATATAAACAATTGCTAACAATACAAATATTAAATATTTTTACTTAAAAAATTAAAAAATGAACATAAATAAGATAAAAAAAAATAATTTTTTTAAAGAAAAAAAAATTCTAAAAATTCATCTGATTGGAATTGCTGGATCAGGAATGAGTGGAATTGCTTTAATTTTATTCAATTTAGGATATAAAATCAGTGGTTCGGATTTATTAGAAAACTTTATGACAAAAAAATTAAAAAATATGGGAATAAATATTTATTTTCAACATTCTGAAGAAAATATTAAATATGCTGATTTTATTATTATATCTAGTGCGATTCCTTCTGATAATCCCGAAATTAAAGCAGCTAAAAAAAAAATATTCCTATATTATTAAGAGCTGAAATGCTTCAAATATTCATGCAATTTAAATTTGGAATAGCAGTTTCAGGGACACATGGAAAAACTACACTACTTGCAATGATTTTTGATATATTAAATCAAAATAAATTAGATCCTACAGTTATTAATGGAGGTTTGATAAAATCAATTAATTCTCATGCAAAACTTGGGTTTTCTAAATATTTTATTGCAGAAGCAGATGAAAGTGATGGTTCTTTTCTTTGTTTAAATCCAACAACAGCTATTATAACTAATATAGAACCTGATCATATAGATAATTATAATGGTGAATTTAAACTATTAAAAAAAACATTTTTAGATTTCTTAAATAAAATTCCATCATACGGTATTGCTATACTATGTACAGACAACAAAGCCATTCTTAATATTTTACCGAAAATAAAATGCAAAGTTATTACATATGGATTTAATAAAAGTGCAGAATTTCGTATTACATCTTATAAACAATCTGATTTTATAAGTAATTTTACATTAATTAGAAAAAAACAATTAAATAATTTAGAAATTATCTTAAATTTACCCGGTGAACATAACGCATTAAATGCTACAGCTGCTATTGCTTTTGCAACATATCAAAAAATACCTGATGAAAAAATTTATCAATCGTTAAAAAATTTTAAAGGCACTTCAAGACGATTTGAATATGTTGGAAAATTATTTATAAAAAAAAAATCTATTCAAAATAAAAGTGTTATGTTAATAAATGATTATGGACATCATCCTACTGAATTATCTGAAACTATTAAAACAATACGAAAAAGCTGGCCTAAAAAAAATTTAATAATGATATTTCAACCTCATCGATATACAAGAACCCGAAATCTATATTTCGATTTTATTAAAATTTTATCTCAAGTAGACTCTTTATTAATACTAAATGTATATTCTGCAAACGAATCATTTATTTCAGGAGCAGATAGTTTTTCACTTTATAGTGACATAAAGAAAATAAAAAAAAATGTAATCTTAGTAACTAATCGCAATTTAATATTAAATTATCTTCTGCCTCATTTAAACGGAAATGATATTATTTTAATACAAGGTGCGGGAGATATAGATACTATAATAAATAAAATTTTTATCTTAAAAAATAAAAAAGTGATAATATGAAAAAAAAAATAGCAGTATTATTAGGAGGAATTCTTTCTGAAAGGAAAATTTCAATTAAATCAGGATATGCAATTCTTCAAAGTTTATTAAGATCTGGATTTAACGCATATGCAATTGATACTCGTGATTTTCCTATTATGCAACTAAAAAAACAAGGTTTTGACAGTGCTTATATTGCACTGCATGGAACAGGAGGTGAAGATGGTAGTATTCAAGGAATTCTTGAATATTTAAATATTCCTTATACAGGTAGTGGAATCATGTCCTCTGCAATTTCTTTAGATAAATGGAGAACTAAATTATTGTGGAAATCTTTATCGCTGCGAGTATTACCAGATATATATCTACAAAAAAAAGATATTTCAAAATATACGTATTCTTATATTTTAAAAAAAATTTTAAAATTAAAATTTCCCGTTGTAATAAAACCAAATAATGCTGGTTCTAGTATAGGAATCACAATAGTTAATCATCCAGATCTATTAATTGACTCTATTAATCTCGCATTCAATTATAGTAATAATATAATTATTGAAAAATTTTTAAAAGGAACGGAATACACAGTATCAATTCTTAATAAAAAAGTATTACCTCCGATAAAAATTATTACAAAAAATAATTTTTACGATTATAGTTCTAAATATATAGAATCTTCGACTGAATATATATGTCCAAGTGGATTAAATTATCAAAAAGAAGAAGAGTTAAAAAAAATTGTAGAAATAGCTTGGAATTCTTTAGGATGTAAAGGTTGCGGAAGAATAGATGCAATATTAGATAATAAAGATAAATTTTGGTTGTTAGAAATAAACACTATTCCTGGCATGACTCATCGAAGTTTAGTTCCAATGGCCAGCAAAAAGTATAGGATATCATTTGTGAATCTGATATTAAAAATTTTGAAAATAAATAAATAAATAAAAAAAATAATTTTTATAATTATTACTAATTTTTAATTTTTTGATTAATAAAACTATTTAAAATTAAAAATTTCTTCAATAAAGATCAGAACAGAATATACTATATTAGTGATATTTGTAATTTAATAAATAGCTATATCCTATAATATTTTTTTAAATAATCTTGTATAAATAAAAAAATAAACTAATTTATAAAAATTAATCATTTCTATAAAATAAACACCGTAAAAAAGCAAATATTATTTATATTAAATAATTACGTTATAAAATAAATATAAAAAATTAGAAATCCTGTTTTATTATAAAAGTAATATTTAAAAATATAGTATAGGCTAAAGAATAATGATTATATCAAAAAATAGAAAATTAGTAGTTGGATTAGAGATCGGCACTACGAAAGTGGTAACTTTAGTAGGAGAAGTTTTAACAAATGGTAAAATAAAAATAATTGGAATCGGAATATGTCAATCTAACGGAATAGACAAAGGTAGAATAAATGATTTAGATGCAGTAATTTCATGTATACGAGAATCTATCCATCAAGCTGAAATTATGGCTAATTGTCAAATAACTTCTGTTTATTTATCTTTGTCAAGTAAGTATATTAACTGTCCAAATGAAATAGGCATAGTTCCTATTTCTGAAGATGAAGTTACAAAGGAAGATATAGAAAACGTAATACATACTGCAAAATCTGTAAAAATTCTTAATGAACATCATATATTACATGTAATTCCACAAGAGTATTCTATTGATCAACAATCTGGTATAAAAAATCCTATAGGTTTATCTGGAACAAGAATGCAAGTAAGAGTACATTTAATTACATGTCATCAAAATATGGCTAAAAATATATAATGGACGTATACCTTATTGGACTGATAGAACATATCTAGGTAGTTATATTCATTATTCCAGATAACAAGGAGGAGGATACAGTTAGTATGTTTGCGGGTCAAATGTAAGTAGAAGTCAATTTTGTCGAAACGATCTTCGTTCTGGTCTTTTATATTGAACTAGTTGAAATTATAGTGTGAAAAGATGACGAAATTATTTGTAACTAAAGATATTTCATATGCTTTTAGTACATCTTATTCTGATTCAGAAAAGATCAAAATTAAATATGGTTCTGCAATAAAACTTTCTCCTGGAACATCAAAAAACATTGATTTGTCCAGTAAATATGGAAATTTTCAGAAAAATTTACAACAAGATACAGTGATAGAAGTAATTGATTCAAGATATAATGAATTATTGCATTTAATTAACAATAGAATTCTTTATGTACAAAAAAAACTTTATAAAGAAGGAAGAAAATATCAATTAACAGGTGGTATAGTTCTTACTGGAGGTGCTTCAACAATTTCGTTTTTAACAGAATGTGCAGAAAAAATTTTCCAAAAAAAAATTCGAATTGCCAAACCTCTTAATATTTCAGGACTAACAGACAATGTAACTGAACCGCATTATTCAACAGTAGTTGGCTTATTACACTACGGAAAAGAATTTTACTTTGATGACACAAACCAAAAAAGGGAAATTTCTTTTATTGAAAAATGGTTTCAAAAAATTAGTAATTGGTTTAAAAAAGAATTTTAAAAATTAAAAAACCTTCTAACATTAAAGATAGATAATGGAATTAAATTATGTTTGAACCTGTAGAATTAAGTAATAATGCAGTAATTAAGGTAGTTGGTGTTGGTGGTGGTGGTGGAAATGCAGTAGAACATATGGTACGAGAACGAATTGAAGGTGTTGAATTTTTTGCTATTAATACTGATGCGCAAGCTTTAAGAAAGGTAGAAGTGGGACAAACTATACAAATAGGGAATAATATTACTAAAGGATTAGGAGCTGGTGCCAATCCAGAAATTGGAGTAACTTCGGCAGAAGAAGATAAAGAATTATTAAAATCTGCATTAGATGGTTCTGATATGGTATTTATAGCAGCAGGAATGGGTGGAGGAACTGGAACTGGAGCAGCACCTGTAGTTGCAGAAATAGCAAAAGAATTAGGTATTTTAACAGTTGCTGTAGTAACAAAACCCTTTAATTTTGAAGGTAAAAAAAGAATGATGGTTGCTGATCAAGGAGTTTTAGAACTATCAAAACATGTAGATTCTTTGATTACAATACCTAATGACAAATTACTCAAAGTATTAAGTCGAGGTATTTCTTTATTAGATGCTTTTGGTGCCGCTAACAACGTTTTAAAAGGAGCTGTACAAGGAATTGCAGAATTAATTACTCGACCTGGTTTAATGAACGTAGATTTTGCCGACGTGAGAACTGTTATGGTTGAAATGGGATATGCAATGATGGGAACTGGAATATCTTCTGGAGAAAATCGTGCTGAAGAAGCCGCAGAAATTGCTATATCTAGCCCCTTGTTAGAAGATATAGATTTATCAGGAGCACGAGGTGTCTTAGTGAATATTACCGCTGGTTTTGATTTAAAATTAGATGAATTTGAAACTGTGGGTAATACCATTAGATCTTTCGCTTCAGATAACGCAACAGTGGTTATAGGAACTTCTTTAGATCCTGATATGAATGATACACTTCGAGTAACAGTAGTTGCAACAGGTATTGGAATGGAAAAATATTCAGATGTCAATCAGACAAAAAATAAATCTTCTAAAGAAATACTAATGGATTATCGCTATCAATATTTAAATATTTCTCCTACAGCAATAGATAAAAAAAATGTAAAAAATGAAATAAAAGAAACAGATAATAAAAAAAGAAAGGAACCAGAATATTTAGATATTCCAGCATTTCTTAGCAAACGATCTGATTAACTTTTCTTACAAGCATTTAAAAAATGAATATATTAAGAAATATTATTGTAAATCTTTTTTTATTCTAACGAATTAAAATAATATTATTATTCCATAACCTGCGCCAATAATTAATGTATTATCTATCGGCGCAAGGACTTATTTTTTATAGTAAAAAAAATTGATTTAACATTTTTCATACTAAAAATATGTTTAAAATTGTTTTTTATGATAAAATTAAATAAAATATTTTATTTTCTAAAATTTCTTTAAATATTTTGAGAATATATTAAAAATGGAAAAAAATCCTATAAAATACATTGAGTTCACTAATTCAGCTGCTAAAAAAATAAAAAGCATTATTAAAGAAAAAAAAAATAAAAATGTTAAATTAAGAATATATATTATTGGTGGTGGATGCAGTGGATTATATCAATTTATTTTCGATGAAAAAATTAATGAAGATGATATTTTAGTTAAAAAATTAAATATTTGTCTTGTAATTGATCCCATCAGTTTACAGTATTTACATGGTGGTACAATAGATTATTTAGAAAATTTAGAAGGGTCAAAATTTATAGTATCTAATCCAAACGCTAAAAACACCTGCGGATGCGGTCTATCTTTCAGTATTTAAAATATTGCATTAATTTTAAAAAATTAAAATTCTAAAAATTATTAATACTCTAAAAAAATTATATCTTATTGGAAAAAATGAAAATTGGAATCATTGGTGCTATAGAACAAGAAATTAGAAAAATCAAAGAAATTATAAATAATTTAAAAATAAAAAAAATTGGCAATATTAAAATTTATACAGGAACATTTAAAAAAATAGAAATTTTCTTGATTCTATCAGGAATTGGAAAAGTTTCTGCTAGTATGTCTACTACGATTAGTATAAATTTATTTCAACCTGATTTTATTATTAATAGTGGTTCTGCGGGAAGTTTAAATGCTTGTTTAAAGATAGGTGATATTATTATTCCCAAAAAAACATGTTACTATGATGTAGATTTAACAAATTTTGGCTATTCTAAGGGACAAATACCTGAATATCCTCAAACCTTTAAAACAAATAAAAATTTACGTGAAATTCTAAAAGAAATTGCTGTTGAATTTAAATTTAAATTTTTGACAGGACTACTTGTTACTGGAGATTCTTTTATTAGAAAAAGTAATTGTATAAAAAAAATAAAAAATCAATTTTCTTCAGCAATAGGAGTAGATATGGAATCTACCGCAATAGGTCAAGTGTGTCATAATTTTAAAATACCATTTATTATAATAAAATCAATATCTGATTTATCCGATAATAACGCTACTTCGCATTTTGAGAAAAACATTCCAATTGCATCGTTAAAATCTTCAAAATTAGTTAAATTATTATTAAAAAAAATAAGTTCTCAAAATTCTATTTAATTAAAAATAACATTTTTATTATATTCTTAATAAGTTTGTAGTATCTTTTGAATTC 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a/testcases/group_3/tc_single_break_mid_low/run_test.sh b/testcases/group_3/tc_single_break_mid_low/run_test.sh new file mode 100755 index 0000000..eec95e5 --- /dev/null +++ b/testcases/group_3/tc_single_break_mid_low/run_test.sh @@ -0,0 +1,45 @@ +rm -f errorDetected.txt +rm -f success + +#Generate assembly on short original with one error (2000 out of 3000) +python ../../../errorgenerator/errorGen.py -a ../../../data/buchnera/7000/buchnera-udp.assembly.fasta -o assembly.fasta -m oracle -e 5000 -l 200 + +#Generate 5x read coverage over error assembly +wgsim -1 700 -2 700 -R 0.0 -X 0.0 -e 0.0 -N 50 assembly.fasta reads.1.fastq reads.2.fastq + +#Convert fastq to fasta +python ../../../errorgenerator/convertFASTQ.py reads.1.fastq reads.fasta + +rm -f reads.1.fastq +rm -f reads.2.fastq + + +python ../../../breakpoint-detection/generate_unaligned.py ../../../data/buchnera/7000/buchnera-udp.assembly.fasta reads.fasta singleUnaligned.txt + + +#attempt to align +python ../../../breakpoint-detection/breakpoint_indices.py -a ../../../data/buchnera/7000/buchnera-udp.assembly.fasta -u singleUnaligned.txt -o errorDetected.txt --alpha 20 --algorithm naive + + +if [ ! -f "errorDetected.txt" ] +then + echo "No errors found" + exit 1 +fi + +#run verifier +python ../../../verifier/verifier.py -o oracle -r errorDetected.txt + + +if [ ! -f "success" ] +then + echo "No errors found" + exit 1 +fi + +rm -f singleUnaligned.txt +rm -f singleErrorAssembly.fasta +rm -f singleReads.1.fasta +rm -f *.sam + +exit 0 diff --git a/testcases/tc_trivial/run_test.sh b/testcases/tc_trivial/run_test.sh deleted file mode 100755 index 840ad72..0000000 --- a/testcases/tc_trivial/run_test.sh +++ /dev/null @@ -1,3 +0,0 @@ -#! /usr/bin/sh - -exit 0 \ No newline at end of file diff --git a/tutorial/read_coverage/breakpoint_mess/breakpoint_indices.py b/tutorial/read_coverage/breakpoint_mess/breakpoint_indices.py new file mode 100644 index 0000000..6bc695e --- /dev/null +++ b/tutorial/read_coverage/breakpoint_mess/breakpoint_indices.py @@ -0,0 +1,154 @@ +""" +Input: an assembly fasta file and a set of unaligned reads in fasta format. +Input: alpha, window size at the beginning of the unaligned reads. +Output: a distribution over the indices of the assembly where errors are likely + +Example usage (from inside tutorials directory): +python breakpoint_indices.py -a ../../data/influenza-A/influenza-A.assembly.fasta -u unaligned.txt --alpha 5 +""" + +import sys +from optparse import OptionParser + + +#reads an assembly from a FASTA file as one contiguous string. Returns said string. +def readAssembly(assembly_file): + infile = open(assembly_file,'r') + + assembly=[] + headerCount = 0 + for line in infile: + #if this line is a header line, skip it + if line[0]==">": + headerCount+=1 + continue + else: + assembly.append(line) + + + print 'Read %d headers' % headerCount + + assemblyString = "".join(assembly) + strippedString = assemblyString.strip().replace('\n','') + return strippedString + +#reads in a list of singletons from a FASTA file. Returns list of strings. +def readSingletons(unaligned_file): + infile = open(unaligned_file,'r') + + singletons=[] + currentSingleton=[] + singletonCount=0 + for line in infile: + if line[0]==">": + singletonCount+=1 + + #if the current singleton is not the empty list, join it and add it to the singletons list + if len(currentSingleton)!=0: + singletonString = "".join(currentSingleton) + strippedString = singletonString.strip().replace('\n','') + singletons.append(strippedString) + + currentSingleton=[] + continue + else: + currentSingleton.append(line) + + #get last singleton, since there are no more header lines + singletonString = "".join(currentSingleton) + strippedString = singletonString.strip().replace('\n','') + singletons.append(strippedString) + + return singletons + + +# given a singleton, an assembly, and a windowsize alpha +# returns a list of indices where the singleton matches the assembly + +def matchSingleton(singleton,assembly,alpha): + #ensure alpha is a small window + if alpha >= len(singleton): + print 'Alpha = '+alpha+' is greater than length of singleton '+singleton + sys.exit() + + #get alpha string + alphaString = singleton[0:alpha] + + #result set of indices + indices=[] + + resultIndex = 0 + currentStart=0 + while resultIndex != -1: + resultIndex = assembly.find(alphaString,currentStart,len(assembly)) + if resultIndex != -1: + print 'Found match at position: '+str(resultIndex) + indices.append(resultIndex) + currentStart=resultIndex+1 + + return indices + +# given a list of singletons, an assembly, and a windowsize alpha +# returns an array where each index represents the number of singletons that match at that point +# with that alpha +def naiveBreakpointDetect(singletons,assembly,alpha): + #initialize empty array + matchArray = [] + for i in range(len(assembly)): + matchArray.append(0) + + #for each singleton, increment matchArray everywhere a singleton matches + i=1 + for s in singletons: + print 'Processing singleton ' + str(i) + ' of ' + str(len(singletons)) + matchIndices = matchSingleton(s,assembly,alpha) + for index in matchIndices: + matchArray[index]+=1 + i+=1 + + return matchArray + + + + +def Main(): + parser = OptionParser() + parser.add_option("-a","--assembly-file", dest = "assembly_file") + parser.add_option("-u","--unaligned-file",dest = "unaligned_file") + parser.add_option("--alpha",dest = "alpha") + + (options, args) = parser.parse_args() + + if not options.assembly_file: + print 'Provide assembly file (-a, --assembly-file)' + sys.exit() + + if not options.unaligned_file: + print 'Provide unaligned reads file (-u, --unaligned-file)' + sys.exit() + + if not options.alpha: + print 'Provide alpha (--alpha)' + sys.exit() + + alpha = int(options.alpha) + + print 'Using alpha of: '+str(alpha) + + #read assembly + assemblyString = readAssembly(options.assembly_file) + + print 'Successfully read assembly of length %d' % len(assemblyString) + + #read singletons + singletons = readSingletons(options.unaligned_file) + + print 'Successfully read %d singletons' % len(singletons) + + #match singletons to assembly + matchArray = naiveBreakpointDetect(singletons,assemblyString,alpha) + + + +if __name__=="__main__": + Main() \ No newline at end of file diff --git a/tutorial/read_coverage/breakpoint_mess/clean.sh b/tutorial/read_coverage/breakpoint_mess/clean.sh new file mode 100755 index 0000000..70cb256 --- /dev/null +++ b/tutorial/read_coverage/breakpoint_mess/clean.sh @@ -0,0 +1,2 @@ +rm *inf* + diff --git a/tutorial/read_coverage/breakpoint_mess/runOurs.sh b/tutorial/read_coverage/breakpoint_mess/runOurs.sh new file mode 100755 index 0000000..713d07a --- /dev/null +++ b/tutorial/read_coverage/breakpoint_mess/runOurs.sh @@ -0,0 +1,5 @@ +#!/bin/bash + +echo $1 + +python breakpoint_indices.py -a ../../data/influenza-A/influenza-A.assembly.fasta -u unaligned.txt --alpha "$1" \ No newline at end of file diff --git a/tutorial/read_coverage/breakpoint_mess/unaligned.txt b/tutorial/read_coverage/breakpoint_mess/unaligned.txt new file mode 100644 index 0000000..526a045 --- /dev/null +++ b/tutorial/read_coverage/breakpoint_mess/unaligned.txt @@ -0,0 +1,276 @@ +>gnl|ti|1086975884 name:1099575910438 mate_pair:1086975787 +GGCCCGGATCAGATTGAGATTTTGTGCGACAATGCTTCAACCCGATGATTGTCGAACTTGCAGAAAAAGC +AATGAAAGAGTATGGAGAGGATCTGAAAATTGAAACAAACAAATTTGCAGCAATATGCACCCACTTGGAG +GTATGTTTCATGTATTCAGATTTTCATTTCATCAATGAACAAGGCGAATCAATAATGGTAGAACTTGATG +ATCCAAATGCACTGTTAAAGCACAGATTTGAAATAATCGAGGGGAGAGACAGAACAATGGCCTGGACAGT +AGTAAACAGTATCTGCAACACTACTGGAGCTGAAAAACCGAAGTTTCTACCAGATTTGTATGATTACAAG +GAGAACAGATTCATCGAAATTGGAGTGACAAGAAGAGAAGTCCACATATATTACCTTGAAAAGGCCAATA +AAATTAAATCTGAGAACACACACATTCACATTTTCTCATTCACTGGGGAGGAAATGGCCACAAAGGCAGA +CTACACTCTCGACGAGGAAAGCAGAGCTAGGATTAAAACCAGGCTGTTCACCATAAGGCAAGGTCATAGC +TGTTTACTAACGATCCCTAAACGAAACTTATCAACGCGGAGACTGTTAAAAGTGCATAAATTTGGTATCA +CCTGTTGTCAAGGAAGCAAATAGTCCTATAATTGCCGAAGTTTCTCCTTA +>gnl|ti|1086975771 name:1099575910444 mate_pair:1086975820 +CTTTTTTTCTTACTGGGGAGGAAATGGCCACAAAGGCAGACTACACTCTCGACGAGGAAAGCAGAGCTAG +GATTAAAACCAGGCTATTTACCATAAGACAAGAAATGGCCAACAGAGGCCTCTGGGATTCCTTTCGTCAG +TCCGAAAGAGGCGAAGAAACAATTGAAGAAAAATTTGAAATCTCAGGAACTATGCGTAGGCTTGCCGACC +AAAGTCTCCCACCGAACTTCTCCTGCCTTGAGAATTTTAGAGCCTATGTGGATGGATTCGAACCGAACGG +CTGCATTGAGGGCAAGCTTTCTCAAATGTCCAAAGAAGTGAATGCCAAAATTGAACCTTTTCTGAAGACA +ACACCAAGACCAATCAAACTTCCTAATGGACCTCCTTGTTATCAGCGGTCCAAATTCCTCCTGATGGATG +CTTTGAAATTGAGCATTGAAGACCCAAGTCACGAAGGAGAAGGGATTCCATTATATGATGCAATCAAATG +CATGAGAACATTGGTCATACTGATTTTCCTGAAAGTTCAACAAGGCCTGCAAGCTGACTGATTCGTCTGG +ATAGAGCTCGATGAAATTGGAAAGGACGTACCCCCAATTGAATACATTGCAAGCATGAGGAGGAATTATT +TCACAGCAGAGGTGTCCCATTGCAGGTCAAAAAGGTGTCCCCGGAGATGGATA +>gnl|ti|1086975788 name:1099575910474 mate_pair:1086975871 +GCGGTAAACAACGACTGAAGAACAAGCTGTGGATATATGCAAGGCTGCAATGGGATTGAGAATCAGCTCA +TCCTTCAGCTTTGGTGGGTTTACATTTAAAAGAACAAGCGGGTCATCAGTCAAAAAAGAGGAAGAAGTGC +TTACAGGCAATCTCCAAACATTGAAGATAAGAGTACATGAGGGGTATGAGGAGTTCACAATGGTGGGGAA +AAGAGCAACAGCTATACTCAGAAAAGCAACCAGAAGATTGGTTCAGCTCATAGTGAGTGGAAGAGACGAA +CAGTCAATAGCTGAAGCAATAATCGTGGCCATGGTGTTTTCACAAGAGGATTGCATGATAAAAGCAGTTA +GAGGTGACCTGAATTTCGTCAACAGAGCAAATCAGCGGTTGAACCCCATGCATCAGCTTTTAAGGCATTT +TCAGAAAGATGCGAAAGTGCTTTTTCAAAATTGGGGAATTGAACACATCGACAGTGTGATGGGAATGGTT +GGAGTATTACCAGATATGACTCCAAGCACAGAGATGTCAATGAGAGGAATAAGAGTCAGCAAAATGGGTG +TGGATGAATACTCCAGTACAGAGAGGGTGGTGGTTAGCATTGATCGGTTTTTGAGAGTTCGAGACCAACG +TGGGAATGTATTATTATCTCCTGAGGAGGTCAGCGAAACAGGTCATAGTGTGTTTTCCTGACGGGATTTT +TTTATGAAAATCACTGTACGTTTTCGGATTGGTATGAAAATCAAAAAACGAATGATGTCTCACCACCCCC +CTTCTACTGGAAATATTTCCCCCACCCTTTTGCCTGACTTTTATTCCTCTCGTGGCTTCGTGGCTCTGGA +GTCAAACTGGTAATACTCCACTTCCACATTTGTCAGTCTGTTGAATTCCATCTATGAAATAGCATAGAAC +TTTTGAAAATGCCATAATGCTGAAGAGGGGGGGATCGCGATAAATGCCTATAGACAAGGTATAGGTACTC +AAGGCTTTAAAGGGTTCCAAGGGGAACACAGGCCAACGATGTGC +>gnl|ti|1086975772 name:1099575910493 +GCGGTTGATCTCAGTAAGAGAGGGTGGTGGTTAGCATTGATCGGTTTTTGAGAGTTCGAGACCAACGTGG +GAATGTATTATTATCTCCTGAGGAGGTCAGTGAAACACAGGGAACTGAGAGACTGACAATAACTTATTCA +TCGTCGATGATGTGGGAGATTAACGGTCCTGAGTCGGTTTTGGTCAATACCTATCAATGGATCATCAGAA +ATTGGGAAGCTGTCAAAATTCAATGGTCTCAGAATCCTGCAATGTTGTACAACAAAATGGAATTTGAACC +ATTTCAATCTTTAGTCCCCAAGGCCATTAGAAGCCAATACAGTGGGTTTGTCAGAACTCTATTCCAACAA +ATGAGAGACGTACTTGGGACATTTGACACCACCCAGATAATAAAGCTTCTCCCTTTTGCAGCCGCTCCAC +CAAAGCAAAGCAGAATGCAGTTCTCTTCATTGACTGTAAGGTCATAGCTGTTTCCTAATGTCGACGACAA +GACTTTATGGATTACTTCGACCGTGATACTAACCAACAGCAGTTTAATGGGAAGAAATTGTTGTTGAATG +CCTTAAAAACAAACTTGTGGTGTGGCTATACTGCC +>gnl|ti|1086975875 name:1099575910521 mate_pair:1086975865 +CACAATATAGTAGCTATAGATTTCCTCAAGGATGTGATGGAATCAATGGATAAAGAGGAAATGGAGATAA +CAACACACTTTCAAAGAAAAAGGAGAGTAAGAGACAACATGACCAAGAAAATGGTCACACAAAGAACAAT +AGGGAAGAAAAAACAAAGAGTGAATAAGAGAGGCTATCTAATAAGAGATTTGACATTGAACACGATGACC +AAAGATGCAGAGAGAGGTAAATTAAAAAGAAGGGCTATTGCAACACCAGGGATGCAAATTAGAGGGTTCG +TGTACTTCGTTGAAACTTTAGCTAGAAGCATTTGCGAAAAGCTTGAACAGTCTGGACTTCCGGTTGGGGG +TAATGAAAAGAAGGCCAAACTGGCAAATGTTGTGAGAAAAATGATGACTAATTCACAAGACACTGAGCTT +TCTTTCACAATCACTGGGGACAACACTAAGTGGAATGAAAATCAAAACCCTCGAATGTTTTTGGCGATGA +TTACATATATCACAAAAAATCAACCTGAGTGGTTCAGAAACATCCTGAGCATCGCCCCCATAATGTTCGG +TCATAGTGGTTTTTCAATGACAACCGTCTCGCCGATATTTAGAAGTGACAGAGTTGAAAAGAGCATAAGA +GTAACAAAGAATTGTAGTATTAGCTACAGATTTGTCAAGTTGAGAAGTAAAACATACAATCATACATTGA +TTTTGACATTTGACA +>gnl|ti|1086975856 name:1099575910536 mate_pair:1086975784 +GGGGCATGGATGAGATATCGGGGAGACTTTGTAACCCCCTGAATCCCTTTGTCAGCCATAAAGAAATTGA +GTCTGTAAACAATGCTGTAGTGATGCCAGCTCATGGTCCAGCCAAAAGTATGGAATATGATGCCGTTGCA +ACTACACACTCCTGGATTCCCAAGAGGAACCGCTCTATTCTCAACACAAGCCAAAGGGGAATTCTTGAGG +ATGAACAGATGTACCAAAAGTGCTGCAACTTGTTCGAGAAATTTTTCCCTAGTAGTTCATATAGGAGACC +GATTGGAATTTCTAGCATGGTGGAGGCCATGGTGTCTAGGGCCCGGATTGATGCCAGAATTGACTTCGAG +TCTGGACGGATTAAGAAGGAAGAGTTCTCTGAGATCATGAAGATCTGTTCCACCATTGAAGAACTCAGAC +GGCAAAAATAATGAATTTAGCTTGTCCTTCATGAAAAGGTCATAGCTGTTTCCTAAAGAAGGACGAGCTA +CATTTAGTATTTTTGCCGTCAGAGTTCTACAATGGTGGAACACATTTGCATGATCTCGAGCAATCTGCGA +TCAAAAGCCCGAAACTAAATGATTCTGGCATAATCGGGGCCCTAAAACCAGGGCTCCACCAGGCTAAAAA +TTTCCGACGGTCTCCTTATAAACTAGGAGGGAAGAATTTAGGAAAAGTGCGCGGTTTGGGTACTCTTTTA +TCGGGGAAATTCCCTGGGGGCTTGTTTGAGAAAACCCGGGTTCCCTGTGGAGACGGGGAGTCTGTGGTTT +ACAAAGGGCGGGGCGGTTTTTGGGGGGCCGGAGCGGCCTCATACGCTTTTTTAATAAACCACTATTTAAA +TATACGCAAAAAGGGGTTCCTGGAAACTCCCCCCCCTTTCCCCCATTTCGTGCTCGGGGGTCGCTGT +>gnl|ti|1086975871 name:1099575910551 mate_pair:1086975788 +GAGAACCACCTCCGGAAAAAATAATACATTCCCACGTTGGTCTCGAACTCTCAAAAACCGATCAATGCTA +ACCACCACCCACTCTGTACTGGAGTATTCATCCACACCCATTTTGCTGACTCTTATTCCTCTCATTGACA +TCTCTGTGCTTGGAGTCATATCTGGTAATACTCCAACCATTCCCATCACACTGTCGATGTGTTCAATTCC +CCAATTTTGAAAAAGCACTTTCTCATCTTTCTGAAAATGCCTTAAAATCTGATGCATGGGGTTCAACCGC +TGATTTGCTCTGTTGACAAAATTCAGGTCACCTCTAACTGTTTTTATCATGCAATCCTCTTGTGAAAACA +CCATGGTCACAAATATTGCTTTAGATATTGACTGTTATTCTCTTCCACTCTTTTTGACCTGAACCAATCT +TCTGGTTGCTTTTCTGAGTATAGCTGTTGCTCTTTCTCCTTTTTCTTTGAACTCCTGTTACCCCTCCCGT +TTCCTCTTTATCCATTGATTCAAATTGCCTCTTAACAAATCCTCTTCTTCTTTGACAGTCAACCCCTGTT +GACTGTTTAAATGTAAACCCACCAAAGCTGAAGGATGAGCTGATTCTCAATCCCATTGCAGCCTTGCATA +TATCCCACAACTTGTTCTTCAGTCGGGTTCTGGCCTAAGAATGTCACTGGCCGTCGTTTTAAAA +>gnl|ti|1086975848 name:1099575910584 mate_pair:1086975830 +AGACTGGGGTCACGGAACGATAGTGAAAACAATCACGAATGACCAAATTGAAGTTACTAATGCTACTGAG +CTGGTTCAGAGTTCCTCAACAGGTGGAATATGCGACAGTCCTCATCAGATCCTTGATGGAGAAAACTGCA +CACTAATAGATGCTCTATTGGGAGACCCTCAGTGTGATGGCTTCCAAAATAAGAAATGGGACCTTTTTGT +TGAACGCAGCAAAGCCTACAGCAACTGTTACCCTTATGATGTGCCGGATTATGCCTCCCTTAGGTCACTA +GTTGCCTCATCCGGCACACTGGAGTTTAACAATGAAAGCTTCAATTGGACTGGAGTCACTCAAAATGGAA +CAAGCTCTGCTTGCAAAAGGAGATCTAATAACAGTTTCTTTAGTAGATTGAATTGGTTGACCCATTTAAA +ATTCAAATACCCAGCATTGAACGTGACCATGCCAAACAAGGTAATAGCTGTTTCCTAATAATCCTAAGAG +GGAGGCCCACGGTGGGGAAGGCATGTCAGTCTGCTGCACTTCAAAAGCAAGCATTGCCAATGTTCCTATA +AGGGACGGAAGTATCTCCACGGGGGAAACTGTCAACTAGACGAGTACAAATTGCTTCAATGTGATGGTCT +CACGCGAGGCTCAGGAAGGGACATTGTTGTATTAGTGCCGGATTTTTCCATTG +>gnl|ti|1086975911 name:1099575910585 mate_pair:1086975915 +TGGGCCTTAAGTATAGTTGCCTCATCCGGCACACTGGAGTTTAACAATGAAAGCTTCAATTGGACTGGAG +TCACTCAAAATGGAACAAGCTCTGCTTGCAAAAGGAGATCTAATAACAGTTTCTTTAGTAGATTGAATTG +GTTGACCCATTTAAAATTCAAATACCCAGCATTGAACGTGACTATGCCAAACAATGAAAAATTTGACAAA +TTGTACATTTGGGGGGTTCACCACCCGGGTACGAACAATGACCAAATCAGCCTATATGCTCAAGCATCAG +GAAGAATCACAGTCTCTACCAAAAGAAGCCAACAAACTGTAATCCCGAATATCGGATCTAGACCCAGGGT +AAGGGATATCCCCAGCAGAATAAGCATCTATTGGACAATAGTAAAACCGGGAGACATACTTTTGATTAAC +AGCACAGGGAATCTAATTGCTCCTCGGGGTTACTTCAAAATACGAAGTGGGAAAAGCTCAATAATGAGAT +CAGATGCACCCATTGGCAAATGCAATTCTGAATGCATCACTCCAAATGGAAGCATTTCCAATGAGGTAAT +AGTGGTTTCCTGATCTCGCGCGCATCTGTCACTAGAGAGTACAAATTGCTTCAAATGATGGTCTTACGTT +GTACTTTAAAAAAAATTTTATTTTAAAAAAAAAGTTTTTCAAATCCAGAAAACACACCACCCCGTAAGGT +TATTTTTTCAAATCAATTTAGTGTGGGAGTTTGTTGGGGGGTTTCAAAACGGTGAA +>gnl|ti|1086975861 name:1099575910586 +AGGTGTGCCTGGGTCCTCAAAATGGAACAAGCTCTGCTTGCAAAAGGAGATCTAATAACAGTTTCTTTAG +TAGATTGAATTGGTTGACCCATTTAAAATTCAAATACCCAGCATTGAACGTGACTATGCCAAACAATGAA +AAATTTGACAAATTGTACATTTGGGGGGTTCACCACCCGGGTACGAACAATGACCAAATCAGCCTATATG +CTCAAGCATCAGGAAGAATCACAGTCTCTACCAAAAGAAGCCAACAAACTGTAATCCCGAATATCGGATC +TAGACCCAGGGTAAGGGATATCCCCAGCAGAATAAGCATCTATTGGACAATAGTAAAACCGGGAGACATA +CTTTTGATTAACAGCACAGGGAATCTAATTGCTCCTCGGGGTTACTTCAAAATACGAAGTGGGAAAAGCT +CAATAATGAGATCAGATGCACCCATTGGCAAATGCAATTCTGAATGCATCACTCCAAATGGAAGCATTCC +CAATGACAAACCCTTTCAAAAGGTCATAGCTGTTTCCTGAAGCCCCGGAGACCCTTTCACCAGACCTACT +CTTCATGTCATAGCTGTTAGACAAATAAACATGATACGTATCTGACCTTGAATACGAACATCCCATATGG +AGGTTGGTCATATT +>gnl|ti|1086975845 name:1099575910587 mate_pair:1086975896 +CCGGAACTACTGCTCCTCGGGGTTACTTCAAAATACGAAGTGGGAAAAGCTCAATAATGAGATCAGATGC +ACCCATTGGCAAATGCAATTCTGAATGCATCACTCCAAATGGAAGCATTCCCAATGACAAACCATTTCAA +AATGTAAACAGGATCACATATGGGGCCTGTCCCAGATATGTTAAGCAAAACACTCTGAAATTGGCAACAG 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+GGTTGATCGGGAAAACCAACGAGAAATTCCATCAGATTGAAAAAGAATTCTCAGAAGTAGAAGGGAGAAT +TCAGGACCTCGAGAAATATGTTGAGGACACTAAAATAGATCTCTGGTCATACAACGCGGAGCTTCTTGTT +GCCCTGGAGAACCAACATACAATTCATCTAACTGACTGGTCATAGCTGTTTCCTGATGAACTTCTGAAAG +ATGGACCCCGAATAAGCAAGTTAGGAGGGTTCTACATAAAGGTAAGATCCCATTTGCTGAAGGACACACA +TATGGTAAAGATTATGATCGTGAAGGTCATATTATTCCTGGTCTATAGAAACTT +>gnl|ti|1086975897 name:1099575910593 mate_pair:1086975814 +TGGCGGAATAGTATCGGGAACCAACGAGAAATTCCATCAGATTGAAAAAGAATTCTCAGAAGTAGAAGGG +AGAATTCAGGACCTCGAGAAATATGTTGAGGACACTAAAATAGATCTCTGGTCATACAACGCGGAGCTTC +TTGTTGCCCTGGAGAACCAACATACAATTGATCTAACTGACTCAGAAATGAACAAACTGTTTGAAAGAAC +AAAGAAGCAACTGAGGGAAAATGCTGAGGATATGGGCAATGGTTGTTTCAAAATATACCACAAATGTGAC +AATGCCTGCATAGGGTCAATCAGAAATGGAACTTATGACCATGATGTATACAGAGATGAAGCATTAAACA +ACCGGTTCCAGATCAAAGGTGTTGAGCTGAAGTCAGGATACAAAGATTGGATCCTATGGATTTCCTTTGC +CATATCATGTTTTTTGCTTTGTGTTGCTTTGTTGGGGTTCATCATGTGGGCCTGCCAAAAAGGCAACATT +AGGTGCAACATTTGCATTTGAGTGCATTAATTAAAAACACCCTTGTTTGGTAAAGCTGTTAAAAAAGCGA +TACAAAAAACCTATTTAGCTGGTTTCTTCATAAAGAGAATATCCCATTTGTAGAAGGACACATTGTAGCA +AACTTGATGCTCGTGGAGGTCATATGTTTCTTGATCAAAAGAAAATCCTCCAATCCCCGGAGTCAGAATG +CGTTTGTATCAATGGAACTTGTACA +>gnl|ti|1086975909 name:1099575910612 mate_pair:1086975859 +CGGGACAATGACGATGGACTGATGGGGATCGCCAGAATGCAACTGAGATTAGGGCATCCGTCGGGAAGAT +GATTGATGGAATTGGGAGATTCTACATCCAAATGTGCACTGAACTTAAACTCAGTGATCATGAAGGGCGA +TTGATCCAGAACAGCTTGACAATAGAGAAAATGGTGCTCTCTGCTTTTGATGAAAGAAGGAATAAATACC +TGGAAGAACACCCCAGCGCGGGGAAAGATCCCAAGAAAACTGGGGGACCCATATACAGGAGAGTAGATGG +AAAATGGATGAGGGAACTCGTCCTTTATGACAAAGAAGAAATAAGGCGAATCTGGCGCCAAGCCAACAAT +GGTGAGGATGCGACAGCTGGTCTAACTCACATAATGATCTGGCATTCCAATTTGAATGATGCAACATACC +AGAGGACAAGAGCTCTTGTTCGAACTGGAATGGATCCCAGAATGTGCTCTCTGATGCAGGGCTCGACTCT +CCCTAGAAGGTCCGGAGCTGCAGGTGCTGCAGTCAAAGGAATCGGGACAATGGTGATGGAACTGATCAGG +TCATAGTGTTTTTACTAAAATCAGTGCCATCACGATTGGTCCCGAATGCCTGGAAGGCAGCACCTGCGCT +CCGAACTTTCGGGGGAAGTCAAGCCCTGCATCAAAAGCAATTCGGGGATCATTCCGTTCGAAAAGAGCTC +TTGTTCTCTGGTATGTTGCACACTCAAATAGGAATGCAATAATATGTGAGTTAGACCATCTCTCGCACCC +ATTGTGGCGTGGCGCGAGTACCTAATACTCTGTGTCTATGGACAGATCCTCTCCTTTGTCATCTCACTCG +AGTAATTGGTCACGTTGTCTCGAGATCGTTCCGACATGGGGTGTTTCTACGGTCTTTTATACATACTTCC +CAAGCAAAGGCATTTCTCTTGCTAGGCGGGTCATGATATTACCTCCAACTCACGGAGTTGAGTCTCGATG +GAGATAATATCATGCCTCTCTCACAGCCAAAAATTAGACCGCCTGTTCTCATGA +>gnl|ti|1086975868 name:1099575910624 mate_pairs:1086975886,1086975893 +TCCGTCGGCTTGAGATTTAAGATTGTTAAGCTTCATCAGAGGGACAAAAGTATCTCCTCGGGGGAAACTG +TCAACTAGAGGGGTACAAATTGCTTCAAATGAGAACATGGATAATATGGGATCGAGCACTCTTGAACTGA +GAAGCGGGTACTGGGCCATAAGGACCAGGAGTGGAGGAAACACTAATCAACAGAGGGCCTCCGCAGGCCA +AACCAGTGTGCAACCTACGTTTTCTGTACAAAGAAACCTCCCATTTGAAAAGTCAACCATCATGGCAGCA +TTCACTGGAAATACGGAGGGAAGAACTTCAGACATGAGGGCAGAAATCATAAGAATGATGGAAGGTGCAA +AACCAGAAGAAGTGTCATTCCGGGGGAGGGGAGTTTTCGAGCTCTCAGACGAGAAGGCAGCGAACCCGAT +CGTGCCCTCTTTTGATATGAGTAATGAAGGATCTTATTTCTTCGGAGACAATGCAGAAGAGTACGACAAT +TAAGGAAAAAATACCCTTGTTTCTACTGGTCATACTGTTTTCCTGAACCATAAGGTATGACCCTTCGTCA +TGAAAGATCCCGGAGAAATTACATGGAATATCGATATTGGAAATCTTCGCCCCTGTTGGTTGCATGGTTT +TTAGG +>gnl|ti|1086975842 name:1099575910625 mate_pairs:1086975886,1086975893 +CCTTCCTTCTTGAGATTTAAGATTGTTAAGCTTCATCAGAGGGACAAAAGTATCTCCTCGGGGGAAACTG +TCAACTAGAGGGGTACAAATTGCTTCAAATGAGAACATGGATAATATGGGATCGAGCACTCTTGAACTGA +GAAGCGGGTACTGGGCCATAAGGACCAGGAGTGGAGGAAACACTAATCAACAGAGGGCCTCCGCAGGCCA +AACCAGTGTGCAACCTACGTTTTCTGTACAAAGAAACCTCCCATTTGAAAAGTCAACCATCATGGCAGCA +TTCACTGGAAATACGGAGGGAAGAACTTCAGACATGAGGGCAGAAATCATAAGAATGATGGAAGGTGCAA +AACCAGAAGAAGTGTCATTCCGGGGGAGGGGAGTTTTCGAGCTCTCAGACGAGAAGGCAGCGAACCCGAT +CGTGCCCTCTTTTGATATGAGTAATGAAGGATCTTATTTCTTCGGAGACAATGCAGAAGAGTACGACAAT +TAAGGAAAAAATACCCTTGTTTCTACTGGTAATAGCTGGTTTACTGAAGATCGGTATTACCGATTTCCCG +GAGTCGATCATAGAAAGATAAAGTGAGCACGTTTCTGTAACGGGGTAATGTTTCAATT +>gnl|ti|1086975815 name:1099575910641 mate_pair:1086975834 +GGGAGACAGCTCTTTACAATGGGAGGCTTGTAGATAGTATTGTTTCATGGTCCAAAGAAATCCTCAGAAC +CCAGGAGTCAGAATGCGTTTGTATCAATGGAACTTGTACAGTAGTAATGACTGATGGGAGTGCTTCAGGA 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+GGCAGCTGATCAGCAAGGTCTCATAGGCAAATGGTGACAACAACCAATCCATTAATAAAACATGAGAACA +GAATGGTTTTGGCCAGCACTACAGCTAAGGCTATGGAGCAAATGGCTGGATCAAGTGAGCAGGCAGCGGA +GGCCATGGAAATTGCTAGTCAGGCCAGGCAAATGGTGCAGGCAATGAGAGCCGTTGGGACTCATCCTAGC +TCCAGTACTGGTCTAAGAGATGATCTTCTTGAAAATTTGCAGACCTATCAGAAACGAATGGGGGTGCAGA +TGCAACGATTCAAGTGACCCGCTTGTTGTTACCGCGAGTATCATTGGGATCTTGCACTTGATATTGTGGA +TTCTTGATCGTCTTTTTTTCAAATGCGTCTATCGACTCTTCAAACACGGCCTTAAAAGAGGCCCTTCTAC +GGAAGGAGTACCTGAGTCTATGAGGGAAGAATATCGAAAGGAACAGCAGAATGCTGTGGATGCTGACGAC +AGTCATTTTGTCAGCATAGAGTTGGAGTAAAAAACTACCTTGTTTCGGTAATATAACTGGCTGGTGTTTG +TTGAGTTTAGGGAGCAGGTTAGGGGAAAAGGGGACCAGGCAAAATGGAGGAGGTTGCAACAGAGGGAAGA +GGGGCCCGGAGGGAATATGACAGGTCGTGAAGAAAAGCCCT +>gnl|ti|1086975889 name:1099575910952 mate_pair:1086975769 +ATCCAACGTGGATCTTAATAACCAAGTGGGAAGCCTCATAATGAGATCCGATGCACCCATTGGCAAATGC +AATTTTGAAAGCATCACTCCAAATGGAACCATTCCCAATGACAAACCATTTCAAAATGTAAACACGATCT +CATAAGGGGCCTGTCCCATATATGTTAAACAAAACACTCCGAAATTGGCAACATGGATGCGAAATGTACC +TTAGAAAAAAACTAGAGGCATATTTGGCGCAATCGCGGGTTTCATAGAAAATGGTTGGCAGGGAATGGTG +GATGGTAGTCACTGCTTCAGGCATCAAAATTCTGAGGGAAAATCAATTCAGCTGATCTCATAAGCACTCA +GGCTGCCTAAACCCAAATCAATGGGAAGCTGAAAACGTTGATCGGAAAAACCACCGAAAAATTCCCTCTA +ATTGAAAAATAATTTTCAAAAGAATAATGGAAAATTCAGACCTCCACAATTATGTTGAGGACACTATAAT +AAATCTCTTTTCATACAATGCGGATCTTCTTGATACCCTGGAGAACCACCATCCAATTCATCTAACTGAC +TCAAAAATGAACAAACTGTTACATAGAACAAATAAGCAACTGAGGGAAAATGCTGAGGATTTGGGCAATG +GTAGTTTCCAAATATACCACAAATGTGACAATGCCTGCATAGGGTCAATCAGAAATGGAACTTATGACCA +TGATGTATACAGAGATGAAGCATTAAACAACCGGTTCCAGATCAAAGGTGTTGAGCTGAAGTCAGGATAC +AAAGATTGGATCCTATGGATTTCCTTTGCCATATCATGTTTTTTGCTTTGTGTTGCTTTGTTGGGGTTCA +TCATGTGGGCCTGCCAGAGAGGCAACATGGGTCATAGCTTGTATAATGCCCTC diff --git a/tutorial/read_coverage/sample_coverage.sh b/tutorial/read_coverage/sample_coverage.sh old mode 100644 new mode 100755 index 212a4ae..375560c --- a/tutorial/read_coverage/sample_coverage.sh +++ b/tutorial/read_coverage/sample_coverage.sh @@ -1,10 +1,10 @@ -#! /usr/bin/bash +#!/bin/bash # First build the index that bowtie2 will use the align the reads. bowtie2-build ../../data/influenza-A/influenza-A.assembly.fasta influenza-A.bt2 # Run bowtie2 to get the alignments. -bowtie2 -x influenza-A.bt2 -f -U ../../data/influenza-A/influenza-A.sequences.fasta -S influenza-A.sam +bowtie2 --un unaligned.txt -x influenza-A.bt2 -f -U ../../data/influenza-A/influenza-A.sequences.fasta -S influenza-A.sam # Quick and dirty command to get the starting point and binning it in 100bp segments. -awk '{print int($4/100)}' influenza-A.sam | sort -nr | uniq -c > influenza-A.cov \ No newline at end of file +#awk '{print int($4/100)}' influenza-A.sam | sort -nr | uniq -c > influenza-A.cov diff --git a/verifier/verifier.py b/verifier/verifier.py new file mode 100644 index 0000000..3555474 --- /dev/null +++ b/verifier/verifier.py @@ -0,0 +1,84 @@ +import random +import sys +from optparse import OptionParser +import math + + +def main(): + parser = OptionParser() + parser.add_option('-o',"--oracle-file",dest="oracle_file") + parser.add_option("-r","--result-file", dest = "result_file") + + (options, args) = parser.parse_args() + + if not options.oracle_file: + print 'provide oracle file -o' + sys.exit() + if not options.result_file: + print 'provide result file -r' + sys.exit() + + in_oracle = open(options.oracle_file,'r') + errors = [] + + for line in in_oracle: + tokens = line.split() + contigName = tokens[0] + errorStart = int(tokens[1]) + errorEnd = int(tokens[2]) + + errors.append((errorStart,errorEnd)) + + in_oracle.close() + + #have tuples in errors + + predictions = [] + + in_predictions = open(options.result_file,'r') + for line in in_predictions: + tokens = line.split() + contigName = tokens[0] + errorStart = int(tokens[1]) + errorEnd = int(tokens[2]) + + predictions.append((errorStart,errorEnd)) + + in_predictions.close() + + + #have errors, predictions + + foundErrors = 0 + totalErrors = len(errors) + + if totalErrors == 0: + print 'There were zero errors to find.' + outFile = open("success","w") + outFile.write("yay") + outFile.close() + sys.exit() + + #check: for each error, is there a predicted error which is within 10 base pairs + for (errorStart,errorEnd) in errors: + foundError = False + for (predictionStart,predictionEnd) in predictions: + if math.fabs(predictionStart-errorStart) < 50: + foundError = True + break + + if foundError == True: + foundErrors+=1 + + + if float(float(foundErrors)/float(totalErrors)) > .2: + print 'Found more than 20 percent of the errors!' + outFile = open("success","w") + outFile.write("yay") + outFile.close() + else: + print 'Failed to find more than 20 percent of the errors.' + + +if __name__ == '__main__': + main() \ No newline at end of file