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Conversation

@Bisaloo
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@Bisaloo Bisaloo commented May 5, 2025

This is @avallecam speaking:

Dear reviewers, thank you for nominating yourself to review the automatic translation of episodes:

The translated files are accessible in the "Files changed" tab of this PR. Find the Rmd file that corresponds to your assigned episode. Then, click on Load diff.

We are open to accepting your specific changes to one or multiple lines using the "Files changed" tab. To start your review, you can follow steps 5 to 8 from this how-to guide on Reviewing proposed changes in a pull request. Using this method, your line comments are pending and only visible to you. Press Submit Review when finished.

If you prefer an alternative method for review, please let me know, and we can coordinate another platform according to your needs. Each episode could be reviewed on different platforms.

Lastly, we mostly want your review of the French translation of the text only. If you have a thematic or technical improvement you would like the tutorials to have, please feel free to fill an issue. We encourage you to focus on the written content only.

After merging:

@github-actions
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github-actions bot commented May 5, 2025

Thank you!

Thank you for your pull request 😃

🤖 This automated message can help you check the rendered files in your submission for clarity. If you have any questions, please feel free to open an issue in {sandpaper}.

If you have files that automatically render output (e.g. R Markdown), then you should check for the following:

  • 🎯 correct output
  • 🖼️ correct figures
  • ❓ new warnings
  • ‼️ new errors

Rendered Changes

🔍 Inspect the changes: https://github.com/epiverse-trace/tutorials-late/compare/md-outputs..md-outputs-PR-97

The following changes were observed in the rendered markdown documents:


What does this mean?

If you have source files that require output and figures to be generated (e.g. R Markdown), then it is important to make sure the generated figures and output are reproducible.

This output provides a way for you to inspect the output in a diff-friendly manner so that it's easy to see the changes that occur due to new software versions or randomisation.

⏱️ Updated at 2025-11-24 14:37:55 +0000

github-actions bot pushed a commit that referenced this pull request May 5, 2025
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@kellymccain28 kellymccain28 left a comment

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Review is not finished as of 18 September -- will edit review soon!

@avallecam
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Review is not finished as of 18 September -- will edit review soon!

thanks @kellymccain28, the way you are proceeding is appropriate. I can wait until you give me the notification that it is finished.

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@kellymccain28 kellymccain28 left a comment

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I have finished reviewing the translation. One section I am unsure about what to do about -- it seems that the English version was updated after making this French translation. See line 130ish

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@kellymccain28 kellymccain28 left a comment

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pending the rest of the review


### Avons-nous besoin d'un [déterministe](../learners/reference.md#deterministic) ou [stochastique](../learners/reference.md#stochastic) stochastique ?

Les structures des modèles diffèrent en fonction de l'ampleur et de la nature de l'épidémie. Lorsque le nombre d'infections simulées est faible, la variation stochastique (c'est-à-dire le caractère aléatoire que nous pouvons définir mathématiquement) des résultats peut avoir une incidence significative sur le déclenchement ou non d'une épidémie. Les épidémies, qui sont généralement des événements localisés, peuvent être mieux modélisées à l'aide d'approches stochastiques afin de saisir l'incertitude de la dynamique de transmission précoce. Les épidémies, qui sont des événements à plus grande échelle, peuvent souvent être modélisées efficacement à l'aide d'approches déterministes, car la variation stochastique devient moins importante par rapport à la dynamique globale. Il est important de noter que les termes "flambée" et "épidémie" peuvent parfois être utilisés de manière interchangeable en fonction du contexte, les flambées étant parfois considérées comme des épidémies localisées.

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In French I don't believe there is a different word for outbreak and epidemic so i've edited the text to say ' localized epidemics' and 'larger-scale epidemics' and to remove the last sentence comparing the two words

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@kellymccain28 kellymccain28 left a comment

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I have finished this review

- Durée de la simulation : 120 jours
- Valeurs des paramètres :
- $R_0$ (`r0`) = 1.1,
- $p^I$ (`infectious_period`) = 12,

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I didn't translate these bits here (infectious_period, etc.) as it seems like they are variable names

### Code pour les conditions initiales

```{r}
# set population size

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Suggested change
# set population size
# définir la taille de la population


E0 <- 10
I0 <- 5
# prepare initial conditions as proportions

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Suggested change
# prepare initial conditions as proportions
# préparer les conditions initiales sous forme de proportions.


### Indice : simulations de modèles multiples

Adaptez le code de la [la prise en compte de l'incertitude](../episodes/simulating-transmission.md#accounting-for-uncertainty) de l'incertitude

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Suggested change
Adaptez le code de la [la prise en compte de l'incertitude](../episodes/simulating-transmission.md#accounting-for-uncertainty) de l'incertitude
Adaptez le code de la section [prise en compte de l'incertitude](../episodes/simulating-transmission.md#accounting-for-uncertainty)


2. Exécutez le modèle 100 fois et représentez la moyenne, les quantiles supérieurs et inférieurs à 95 % du nombre d'individus infectieux en fonction du temps.

Nous exécutons le modèle 100 fois avec l'option *même* valeurs des paramètres.

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Suggested change
Nous exécutons le modèle 100 fois avec l'option *même* valeurs des paramètres.
Nous exécutons le modèle 100 fois avec les *même* valeurs des paramètres.

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@kellymccain28 kellymccain28 left a comment

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in progress reiew

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@kellymccain28 kellymccain28 left a comment

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Finished reviewing!

)
```

Le graphique montre que le pic du nombre total d'individus infectieux en cas de vaccination est beaucoup plus faible que lors des fermetures d'écoles et des interventions avec port de masques.

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Suggested change
Le graphique montre que le pic du nombre total d'individus infectieux en cas de vaccination est beaucoup plus faible que lors des fermetures d'écoles et des interventions avec port de masques.
Le graphique montre que le pic du nombre total d'individus infectieux en cas de vaccination est beaucoup plus faible que lors des fermetures d'écoles et des interventions avec port du masque.


Différents types d'intervention peuvent être mis en œuvre à l'aide de la modélisation mathématique. La modélisation des interventions nécessite des hypothèses sur les paramètres du modèle qui sont affectés (par exemple, les matrices de contact, le taux de transmission), ainsi que sur l'ampleur et le moment de la simulation d'une épidémie.

L'étape suivante consiste à quantifier l'effet d'une intervention. Si vous souhaitez apprendre à comparer les interventions, veuillez suivre le didacticiel suivant [Comparer les résultats des interventions en matière de santé publique](../episodes/compare-interventions.md).

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Suggested change
L'étape suivante consiste à quantifier l'effet d'une intervention. Si vous souhaitez apprendre à comparer les interventions, veuillez suivre le didacticiel suivant [Comparer les résultats des interventions en matière de santé publique](../episodes/compare-interventions.md).
L'étape suivante consiste à quantifier l'effet d'une intervention. Si vous souhaitez apprendre à comparer les interventions, veuillez suivre le tutoriel suivant [Comparer les résultats des interventions en matière de santé publique](../episodes/compare-interventions.md).

Comment on lines 440 to 441
- L'effet des NPI peut être modélisé comme une réduction des taux de contact entre les groupes d'âge ou une réduction du taux de transmission de l'infection.
- La vaccination peut être modélisée en supposant que les individus passent à un état pathologique différent. $V$

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Suggested change
- L'effet des NPI peut être modélisé comme une réduction des taux de contact entre les groupes d'âge ou une réduction du taux de transmission de l'infection.
- La vaccination peut être modélisée en supposant que les individus passent à un état pathologique différent. $V$
- L'effet des NPI peut être modélisé comme une réduction des taux de contact entre les groupes d'âge ou une réduction du taux de transmission de l'infection.
- La vaccination peut être modélisée en supposant que les individus passent à un état pathologique différent $V$.

Co-authored-by: kellymccain28 <78891336+kellymccain28@users.noreply.github.com>
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Co-authored-by: kellymccain28 <78891336+kellymccain28@users.noreply.github.com>
github-actions bot pushed a commit that referenced this pull request Nov 18, 2025
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@avallecam avallecam left a comment

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thanks @kellymccain28 for adding the missing translations at the end!

github-actions bot pushed a commit that referenced this pull request Nov 18, 2025
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avallecam and others added 2 commits November 24, 2025 14:32
Co-authored-by: kellymccain28 <78891336+kellymccain28@users.noreply.github.com>
Co-authored-by: kellymccain28 <78891336+kellymccain28@users.noreply.github.com>
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