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locale/fr/learners/setup.md

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+title: Mise en place
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+## Motivation
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+**Éclosions** de maladies infectieuses peuvent apparaître à cause de différents agents pathogènes et dans différents contextes, mais elles conduisent généralement à des questions de santé publique similaires, allant de la compréhension des schémas de transmission et de gravité à l'examen de l'effet des mesures de contrôle ([Cori et al. 2017](https://royalsocietypublishing.org/doi/10.1098/rstb.2016.0371#d1e605)). Nous pouvons relier chacune de ces questions de santé publique à une série de tâches d'analyse des données relatives aux épidémies. Plus ces tâches sont efficaces et fiables, plus nous pouvons répondre rapidement et avec précision aux questions sous-jacentes.
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+Epiverse-TRACE vise à fournir un écosystème logiciel pour [**l'analyse des épidémies**](reference.md#outbreakanalytics) grâce à des logiciels intégrés, généralisables et évolutifs pilotés par la communauté. Nous soutenons le développement de nouveaux progiciels R, nous aidons à relier les outils existants pour les rendre plus conviviaux et nous contribuons à une communauté de pratique composée d'épidémiologistes de terrain, de scientifiques des données, de chercheurs en laboratoire, d'analystes d'agences de santé, d'ingénieurs en logiciel et bien d'autres.
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+### Tutoriels Epiverse-TRACE
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+Nos tutoriels sont construits autour d'un pipeline d'analyse d'épidémies divisé en trois étapes : **Tâches préliminaires**, **Tâches intermédiaires** et **Tâches tardives**. Les résultats des tâches accomplies au cours des étapes précédentes alimentent généralement les tâches requises pour les étapes ultérieures.
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+![Aperçu des thèmes abordés dans le cadre du tutorat](https://epiverse-trace.github.io/task_pipeline-minimal.svg)
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+Chaque tâche a son site web de tutorat et chaque site web de tutorat consiste en un ensemble d'épisodes couvrant différents sujets.
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+| [Tutoriels pour les premières tâches ➠](https://epiverse-trace.github.io/tutorials-early/)                                                                                                                                | [Didacticiels pour les tâches intermédiaires ➠](https://epiverse-trace.github.io/tutorials-middle)                                                                                                                                          | [Travaux dirigés tardifs ➠](https://epiverse-trace.github.io/tutorials-late/)                                                                   | 
+| ------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------- | ----------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------- | ------------------------------------------------------------------ |
+| Lire et nettoyer les données de l'affaire, et établir une liste de contrôle                                                     | Analyse et prévision en temps réel                                                                                                        | Modélisation de scénarios                                          | 
+| Lire, nettoyer et valider les données des cas, convertir les données de la liste des lignes en incidence pour la visualisation. | Accéder aux distributions des retards et estimer les paramètres de transmission, prévoir les cas, estimer la gravité et la superposition. | Simulez la propagation de la maladie et étudiez les interventions. | 
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+Chaque épisode contient :
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+- **Vue d'ensemble** Cet épisode décrit les questions auxquelles il sera répondu et les objectifs de l'épisode.
+- **Conditions préalables** La description des épisodes/paquets qui doivent idéalement être couverts avant l'épisode en cours.
+- **Exemple de code R** Le site web de la Commission européenne contient des exemples de code R afin que vous puissiez travailler sur les épisodes sur votre propre ordinateur.
+- **Défis** Les défis : des défis à relever pour tester votre compréhension.
+- **Explicatifs** Les Explicateurs sont des boîtes qui vous permettent de mieux comprendre les concepts mathématiques et de modélisation.
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+Consultez également le site [glossaire](./reference.md) pour connaître les termes qui ne vous sont pas familiers.
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+### Paquets Epiverse-TRACE R
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+Notre stratégie consiste à incorporer progressivement des **R spécial** dans un pipeline d'analyse traditionnel. Ces progiciels devraient combler les lacunes dans les tâches spécifiques à l'épidémiologie en réponse aux épidémies.
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+![Dans le cadre de l'analyse de l'épidémie de grippe aviaire, le **R** l'unité fondamentale du code partageable est le **paquet**. Un paquetage regroupe du code, des données, de la documentation et des tests et est facile à partager avec d'autres ([Wickham et Bryan, 2023](https://r-pkgs.org/introduction.html))](episodes/fig/pkgs-hexlogos-2.png)
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+:::::::::::::::::::::::::::: prereq
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+Ce contenu suppose une connaissance intermédiaire de R. Ces tutoriels sont pour vous si :
+
+- Vous savez lire des données dans R, les transformer et les remodeler, et créer une grande variété de graphiques.
+- Vous connaissez les fonctions de `{dplyr}`, `{tidyr}` et `{ggplot2}`
+- Vous pouvez utiliser le tube magrittr `%>%` et/ou le tuyau natif `|>`.
+
+Nous attendons des apprenants qu'ils soient familiarisés avec les concepts de base de la statistique, des mathématiques et de la théorie des épidémies, mais PAS avec une connaissance intermédiaire ou experte de la modélisation.
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+::::::::::::::::::::::::::::
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+## Configuration du logiciel
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+Suivez ces deux étapes :
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+### 1\. Installez ou mettez à jour R et RStudio
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+R et RStudio sont deux logiciels distincts :
+
+- **R** est un langage de programmation et un logiciel utilisé pour exécuter du code écrit en R.
+- **RStudio** est un environnement de développement intégré (IDE) qui facilite l'utilisation de R. Nous vous recommandons d'utiliser RStudio pour interagir avec R.
+
+Pour installer R et RStudio, suivez les instructions suivantes <https://posit.co/download/rstudio-desktop/>.
+
+::::::::::::::::::::::::::::: callout
+
+### Déjà installé ?
+
+Ne perdez pas de temps : C'est le moment idéal pour vous assurer que votre installation R est à jour.
+
+Ce tutoriel nécessite **R version 4.0.0 ou ultérieure**.
+
+:::::::::::::::::::::::::::::
+
+Pour vérifier si votre version de R est à jour :
+
+- Dans RStudio, votre version de R sera imprimée en [la fenêtre de la console](https://docs.posit.co/ide/user/ide/guide/code/console.html). Ou exécutez `sessionInfo()` là.
+
+- **Pour mettre à jour R** téléchargez et installez la dernière version à partir du site [site web du projet R](https://cran.rstudio.com/) pour votre système d'exploitation.
+
+  - Après l'installation d'une nouvelle version, vous devrez réinstaller tous vos paquets avec la nouvelle version.
+
+  - Pour Windows, l'option `{installr}` peut mettre à jour votre version de R et migrer votre bibliothèque de paquets.
+
+- **Pour mettre à jour RStudio** ouvrez RStudio et cliquez sur
+  `Help > Check for Updates`. Si une nouvelle version est disponible, suivez les instructions suivantes
+  instructions à l'écran.
+
+::::::::::::::::::::::::::::: callout
+
+### Vérifiez régulièrement les mises à jour
+
+Bien que cela puisse paraître effrayant, c'est **bien plus courant** de rencontrer des problèmes dus à l'utilisation de versions obsolètes de R ou de paquets R. Il est donc recommandé de se tenir au courant des dernières versions de R, de RStudio et de tous les paquets que vous utilisez régulièrement.
+
+:::::::::::::::::::::::::::::
+
+### 2\. Installez les paquets R requis
+
+Ouvrez RStudio et **copiez et collez** le morceau de code suivant dans la fenêtre [fenêtre de la console](https://docs.posit.co/ide/user/ide/guide/code/console.html) puis appuyez sur la touche <kbd>Entrer</kbd> (Windows et Linux) ou <kbd>Retour</kbd> (MacOS) pour exécuter la commande :
+
+```r
+# for episodes on access delays and quantify transmission
+
+if(!require("pak")) install.packages("pak")
+
+new_packages <- c(
+  "EpiNow2",
+  "epiparameter",
+  "incidence2",
+  "tidyverse"
+)
+
+pak::pkg_install(new_packages)
+```
+
+```r
+# for episodes on forecast and severity
+
+if(!require("pak")) install.packages("pak")
+
+new_packages <- c(
+  "EpiNow2",
+  "cfr",
+  "epiparameter",
+  "incidence2",
+  "outbreaks",
+  "tidyverse"
+)
+
+pak::pkg_install(new_packages)
+```
+
+```r
+# for episodes on superspreading and transmission chains
+
+if(!require("pak")) install.packages("pak")
+
+superspreading_packages <- c(
+  "epicontacts",
+  "fitdistrplus",
+  "superspreading",
+  "epichains",
+  "epiparameter",
+  "incidence2",
+  "outbreaks",
+  "tidyverse"
+)
+
+pak::pkg_install(superspreading_packages)
+```
+
+Ces étapes d'installation peuvent vous demander `? Do you want to continue (Y/n)` écrire `Y` et d'appuyer sur <kbd>Entrez</kbd>.
+
+::::::::::::::::::::::::::::: spoiler
+
+### obtenez-vous une erreur avec EpiNow2 ?
+
+Les utilisateurs de Windows auront besoin d'une installation fonctionnelle de `Rtools` afin de construire le paquet à partir des sources. `Rtools` n'est pas un paquetage R, mais un logiciel que vous devez télécharger et installer. Nous vous suggérons de suivre les instructions suivantes :
+
+1. **Vérifier `Rtools` l'installation**. Vous pouvez le faire en utilisant la recherche Windows sur l'ensemble de votre système. En option, vous pouvez utiliser `{devtools}` l'exécution :
+
+```r
+if(!require("devtools")) install.packages("devtools")
+devtools::find_rtools()
+```
+
+Si le résultat est `FALSE` vous devez passer à l'étape 2.
+
+2. **Installer `Rtools`**. Téléchargez le `Rtools` l'installateur à partir de <https://cran.r-project.org/bin/windows/Rtools/>. Installez avec les sélections par défaut.
+
+3. **Vérifiez `Rtools` l'installation**. Encore une fois, nous pouvons utiliser `{devtools}`:
+
+```r
+if(!require("devtools")) install.packages("devtools")
+devtools::find_rtools()
+```
+
+:::::::::::::::::::::::::::::
+
+Vous devriez mettre à jour **tous les paquets** nécessaires au tutoriel, même si vous les avez installés relativement récemment. Les nouvelles versions apportent des améliorations et d'importantes corrections de bogues.
+
+Lorsque l'installation est terminée, vous pouvez essayer de charger les paquets en collant le code suivant dans la console :
+
+```r
+# for episodes on access delays and quantify transmission
+
+library(EpiNow2)
+library(epiparameter)
+library(incidence2)
+library(tidyverse)
+```
+
+```r
+# for episodes on forecast and severity
+
+library(EpiNow2)
+library(cfr)
+library(epiparameter)
+library(incidence2)
+library(outbreaks)
+library(tidyverse)
+```
+
+```r
+# for episodes on superspreading and transmission chains
+
+library(epicontacts)
+library(fitdistrplus)
+library(superspreading)
+library(epichains)
+library(epiparameter)
+library(incidence2)
+library(outbreaks)
+library(tidyverse)
+```
+
+Si vous ne voyez PAS d'erreur comme `there is no package called '...'` vous êtes prêt à partir ! Si c'est le cas, [contactez-nous](#your-questions)!
+
+## Jeux de données
+
+### Télécharger les données
+
+Nous téléchargerons les données directement à partir de R pendant le tutoriel. Cependant, si vous vous attendez à des problèmes de réseau, il peut être préférable de télécharger les données à l'avance et de les stocker sur votre machine.
+
+Les fichiers de données pour le tutoriel peuvent être téléchargés manuellement ici :
+
+- <https://epiverse-trace.github.io/tutorials-middle/data/ebola_cases.csv>
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+- <https://epiverse-trace.github.io/tutorials-middle/data/sarscov2_cases_deaths.csv>
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+## Vos questions
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+Si vous avez besoin d'aide pour installer le logiciel ou si vous avez d'autres questions concernant ce tutoriel, veuillez envoyer un courriel à l'adresse suivante [andree.valle-campos@lshtm.ac.uk](mailto:andree.valle-campos@lshtm.ac.uk)
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