Add soykb-generator and upgrade soykb-workflow-worker

[matplinta]

Info skopiowane ze slacka naszego, jeżeli pamięta Pan to nie ma sensu czytać.

• workflow-generator zrobiony na bazie montage2-generatora. Jako że mamy jeden rodzaj danych, i jedyne co można zmieniać to ilość wpisów pliku inputs-fastq.txt , generator działa tak, że podajemy jedynie liczbę, do jakiej tej plik ma być wypełniony, wg dostępnej listy sekwencji plików zawartych w kontenerze z danymi, tutaj uwaga, liczba tych plików powinna być podzielna przez 2 wg obecnej konfiguracji soykb, żeby dało się wygenerować workflow
• jest jeszcze tymczasowy skrypt editWorkflow.py , działający jako tymczasowy workaround, uzupełniający dane workflow.jsona o nazwę workflowu oraz wersję
• data-container - ten plik pozostawiam bez zmian, z tą róznicą, że generowany workflow tutaj tworzy plik Gmax_275_v2.0.dict , który jest już w paczce z danymi, przez co jak pisałem wyżej, przy deploymencie kuberentesowym skutkuje to zatrzymaniem się workflowu. Jak usuniemy ten plik, to workflow przechodzi cały bez problemów
• software - nowe wrappery dodane, wszystkie lekko zmienione aby na workerze wszystko dobrze działało
• Dockerfile - dockerfile niestety musiał zostać całkowicie zmieniony. Wynika to z faktu, że jeden z wrapperów, samtools, korzysta z bibliotek glibc, które po prostu są nie dostępne na alpine linuxa - on korzyta z musl itd. Są pewne obudowania na glibc na alpine, próbowałem żmudnie z nich skorzystać, niestety zakończyło się to fiaskiem. W związku z tym nowy obraz zaczerpnąłem z archlinuxa, dodałem biblioteki curses5 potrzebne właśnie do tego samtools aby działało. Zostawiłem stary Dockerfile.alpine w razie czego w repie na razie.