InterSubMod (Under development)

InterSubMod - performs read-level integration of methylation profiles with haplotypes, somatic alleles, and tumor/normal labels, enabling somatic variant validation, subclone resolution, and single-molecule epigenomic clustering.

環境需求 (Prerequisites)

• C++ Compiler: 支援 C++17 (GCC 7+, Clang 5+, MSVC 2019+)
• CMake: >= 3.14
• Libraries:
  • htslib (需預先安裝, e.g., sudo apt install libhts-dev)
  • OpenMP (通常隨編譯器附帶)
  • Eigen3 (e.g., sudo apt install libeigen3-dev)
  • zlib

建置與編譯 (Build Instructions)

1. Clone 專案

git clone https://github.com/liaoyoyo/InterSubMod.git
cd InterSubMod

2. 建立並編譯 (Debug 模式)

Debug 模式包含偵錯符號 (-g) 並關閉優化 (-O0)，適合開發與測試。

mkdir -p build
cd build
cmake -DCMAKE_BUILD_TYPE=Debug ..
make -j$(nproc)

若需 Release 模式 (高效能)，請將 -DCMAKE_BUILD_TYPE=Debug 改為 -DCMAKE_BUILD_TYPE=Release。

執行與測試 (Usage & Testing)

執行主程式

編譯完成後，執行檔位於 build/bin/inter_sub_mod。

./bin/inter_sub_mod --help

範例指令 (需自行準備測試資料):

./bin/inter_sub_mod \
    --tumor-bam data/tumor.bam \
    --reference data/ref.fa \
    --vcf data/somatic.vcf \
    --output-dir results

執行單元測試

我們使用 GoogleTest 進行自動化測試。

./bin/run_tests

預期輸出應類似：

[==========] Running 5 tests from 2 test suites.
[  PASSED  ] 5 tests.